שי מרקוס התמנה לתפקיד מנהל המחלקה לפיתוח עסקי בחברת "
ידע מחקר ופיתוח", המקדמת יישומים תעשייתיים ורפואיים על בסיס המצאותיהם של מדעני המכון.
בתפקידו האחרון כיהן מרקוס כסמנכ"ל לפיתוח עסקי ולשיווק של החממה הטכנולוגית "מיטג הייטק ונצ'רס" בקצרין. במסגרת זו היה מופקד על שיווק והפיתוח העסקי של החממה וחברות-הבת שלה, כיהן במועצות המנהלים של חלק מחברות אלה, וניהל את חברת "דרמיפסור" בע"מ המפתחת תרופה חדשה למחלת הפסוריאזיס.
לפני כן, בשנים 2010-2007, היה מנהל מיסחור ב"ידע מחקר ופיתוח", כאחראי על תחומי הפיסיקה, מדעי המחשב, תעשיות נקיות, מיכשור רפואי, ננו-טכנולוגיה וחקלאות.
שי מרקוס הוא בוגר מדרשת פיינברג במכון ויצמן למדע. הוא בעל תואר שני בהנחיית פרופ' שמואל פיטרוקובסקי מהמחלקה לגנטיקה מולקולרית. במקביל כיהן כראש אגודת הסטודנטים במכון ויצמן למדע, וכמנהל תוכנית אקדמית באוניברסיטה הפתוחה.
עם תום לימודיו עבד כיועץ לפיתוח עסקי בחברת "ארנסט אנד יאנג", שם יעץ לחברות הזנק בתחום מדעי החיים. לאחר מכן ייסד את חברת Mobile Nature – חברה לפיתוח מאגרי נתונים ייחודיים ומנועי חיפוש, ושימש כמנכ"ל החברה.
שי מרקוס גר בגדרה עם בת זוגו, דנה פלד, וביחד הם מגדלים שלושה ילדים.