החלבונים האלה זוהו במהלך השנים האחרונות על-ידי המדענים באמצעות סריקות גנטיות, אך לא די ברשימת החומרים כדי לקבוע את מנגנון הפעולה שלהם. לשם כך נקטו המדענים שיטות ממוחשבות, ויצרו מודלים תיאורטיים כדי לבחון איזה מהם יוכל להסביר את מפלי הריכוזים שזוהו בניסויים. הם חיפשו מפלי ריכוזים אשר שומרים על יציבות גם כאשר רמתם של חלבונים בודדים אינה יציבה. "אנו יודעים מניסויים קודמים, כי הדרישה הזו מגבילה באופן ניכר את המנגנונים האפשריים", אומרת פרופ' ברקאי. למרות שמספר הרכיבים אכן היה מצומצם, המנגנון שהציעו המדענים מתוחכם למדי, ולפחות אחד הרכיבים שבו לובש מספר צורות. חלבון זה – שהוא ההורמון אשר מניע את הפעולה – קרוי "שפעצל", מכיוון שבהעדרו, העובר לובש צורה מאורכת, בדומה לאיטרייה הגרמנית.
ההורמון שפעצל, בצורתו הבלתי- פעילה, מצוי בכל היקפו של הקרום הפנימי של העובר הצעיר, אך האנזים שמפעיל אותו – באמצעות חיתוך ה"שפעצל" לשני חלקים – פועל רק באיזור הבטן. עם הפעלתו, שני חלקיו של ההורמון מפעפעים אל מחוץ לאיזור הבטן. שני החלקים יכולים גם להתחבר מחדש בצורות שונות, אותן אפשר להפעיל מחדש. יחסי הגומלין בין המרכיבים המסוגלים לפעפע אל מעבר לגבול הבטן לבין אלה שמוגבלים לאיזור זה, יוצרים מצב שבו ריכוזו של חלבון שפעצל פעיל הולך וגדל לקראת איזור הבטן – וכך נוצר מפל הריכוזים. פרופ' שילה: "במודל שיצרנו אנו רואים, כי הצורה הפעילה של חלבון השפעצל נדחפת, בסופו של דבר, לכיוון המרכז".
עם המנגנון שהציע המודל חזרו המדענים אל שולחן המעבדה. הם הצליחו להראות, כי ההורמון שפעצל אכן מופיע במספר צורות שונות זו מזו. כאשר גרמו למניפולציות בגנים האחראים לרכיבים שונים במודל, גילו המדענים כי הם יכולים לקבוע את ריכוזי ההורמון, ואף לייצר עוברים של זבובי פירות שבהם נוצרה הבטן במיקום בו אמור להופיע זנב. ניסויים אלה שיכנעו את המדענים בנכונותו של המודל הממוחשב.