במחקר אחר שנעשה במעבדתו של פרופ' שפירא הצליחו המדענים ליצור "מכונה" סינתטית, עשויה ממולקולות ביולוגיות, ולתכנת אותה כך שתזהה רצף מסוים של די-אן-אי המצוי בתוך תאים חיים, ותשמיד תאים המכילים רצף שגוי. המדענים מאמינים, כי הרעיון המונח בבסיס המכונה החדשה עשוי להוביל לפיתוח שיטות איבחון חדשות ורגישות ביותר, ולהוות צעד חשוב במאמץ המתמשך ליצור ממשקים בין מולקולות ביולוגיות וסינתטיות.
ד"ר תובל בן יחזקאל ותמיר ביז'ונר, ממעבדתו של פרופ' שפירא, יצרו שורה של עותקים של מכונות המבוססות על די-אן-אי. כל אחד מהעותקים הכיל רצף משתנה, שמטרתו לזהות גן מטרה כלשהו, וכן רצף גנטי זהה, מתוכנת מראש. רצף זה מתפקד כמעין "סוכן חשאי", ה"מגייס" לעזרתו מנגנונים טבעיים בתוך התא. לאחר החדרתן לתאי החיידקים גייסו המכונות הזעירות את ה"מגיהים" של התא: מנגנוני התיקון התאיים, שתפקידם הוא לחפש טעויות באותיות הגנטיות – A ,T ,G ו-C. טעויות אלה, הנוצרות בעיקר בזמן חלוקת התא, גורמות לכך שהאות הגנטית המופיעה על גדיל די-אן-אי אחד אינה תואמת את האות המקבילה בגדיל השני. באופן נורמלי, מנגנוני ההגהה מוציאים את האות השגויה מגדיל הדי-אן-אי, ומשתמשים במידע על הגדיל המקביל לצורך תיקון הטעות. בניסוי זה, המכונה משתמשת במנגנוני התיקון התאיים, ומספחת אותם, במטרה להשמיד את התא במקרה בו זוהתה שגיאה ברצף אותו תוכנתה המכונה לבדוק. לכן, רק תאים שמכילים רצף נקי מטעויות ישרדו את התהליך.
בניסוי זה תוכנתו המכונות לשמור על גנים אשר לא נשאו כל יתרון אבולוציוני-סלקטיבי עבור החיידקים. יכולת זו היא אחת מיתרונות השיטה הנוכחית. בשיטות אחרות, המבוססות על האופן בו פועלת הברירה הטבעית, תלוי תהליך הברירה בין רצפים שגויים לרצפים נכונים בתיפקוד של הגן. בנוסף, הן עשויות להחמיץ טעויות קטנות ברצף הגנטי.
גרסאות משופרות של המכונות שהומצאו במחקר זה יוכלו לשמש מדענים שמבקשים להבטיח את הדיוק של הרצפים הגנטיים איתם הם עובדים; לדוגמה, במקרים בהם המדען מייצר די-אן-אי סינתטי, ומעוניין להבטיח כי הרצף נקי ממוטציות. המדענים סבורים, כי לרעיון שפיתחו עשויים להיות יישומים גם בתחום הרפואה: אפשר יהיה להשתמש במכונות כאלה כדי לאתר גנים המצויים בכמויות זעומות בדם – כמו, לדוגמה, מוטציות הרסניות בתאי עובר בודדים המצויים בדם האם, או מוטציות הגורמות לסרטן שמופיעות בתאים בודדים. זאת, משום שהמכונות יוכלו להעשיר את אוכלוסיית מולקולות הדי-אן-אי הפגומות, וכך לשפר את הגילוי שלהן.
הממצאים,
שהתפרסמו באחרונה בכתב-העת המדעי
PLoS One, משלבים היבטים של שני תחומי מחקר צעירים יחסית: ביולוגיה סינתטית ומיחשוב ביולוגי. הם ממחישים כיצד אפשר להחדיר רצף גנטי מעשה ידי אדם לתוך תא חי, ולקיים קשרי גומלין עם המנגנונים הטבעיים בתוכו - הישג שמהווה אתגר מתמשך ורב-משקל עבור מדענים בתחום הביולוגיה הסינתטית. בעזרתם של המנגנונים הטבעיים מתנהג המכשיר הסינתטי כמו גרסה פשוטה של מחשב: הקלט הוא רצף הדי-אן-אי של התא – אשר עשוי להיות נכון או להכיל טעויות, וזה מעובד לשם קבלת פלט – במקרה זה, שמירה של התא או השמדה שלו. "מחקרים עתידיים בכיוון זה עשויים להוביל לשילוב מכשירים מדי-אן-אי מלאכותי בסביבות תאיות מורכבות עוד יותר, כמו יצורים רב-תאיים", אומר פרופ' שפירא. "התפתחות כזו עשויה להוביל לשורה ארוכה של יישומים".
אופרה אחרת
בשנים האחרונות לומד פרופ' שפירא פיתוח קול באקדמיה למוסיקה. באחרונה
הופיע במכון בתפקיד פרופסור אוברון, גיבור "גרסה מדעית" של
- האופרה La Serva Padrona מאת ג'יובאני בטיסטה פרגולזי (1736-1710). האופרה נכתבה על-פי מחזה של ג'אקופו אנג'לו נלי. תרגום והתאמה לעולם המדע: אהוד שפירא. בימוי: שירית לי וייס. פסנתר ועיבוד מוסיקלי: רויטל חכמוב. סופרן: יעלה אביטל. בס: אהוד שפירא.
תקציר סיפור המעשה: פרופ' אוברון (פרופ' אהוד שפירא) הוא חנון מצוי, רווק מושבע, שכל עולמו הוא המעבדה. סרפינה (יעלה אביטל) היא עוזרת המחקר שלו – צעירה, פרועה ומלאת חיות. ביניהם מתנהל מאבק כוחות מתמיד. הרוחות במעבדה מתלהטות, גם היצרים, ומכאן הסיפור כמעט יוצא משליטה.