הגן האחראי להיווצרותה של עגבניה ורודה ומתוקה יחסית, החביבה במיוחד על בני המזרח הרחוק, נחשף באחרונה במעבדתו של ד"ר אסף אהרוני,. מחקריו של ד"ר אהרוני וחברי קבוצתו מתמקדים בשכבת ההגנה הדקיקה אשר עוטפת את הצמח, הקרויה קוטיקולה,
ומורכבת בעיקר מחומרים שומניים כמו שעווה. בעגבניה רגילה, שכבה זו מכילה גם כמויות גדולות של חומרים נוגדי חימצון הקרויים "פלבונואידים", אשר מתייצבים "בקו החזית" של הצמח כדי להגן עליו, וצובעים את הקוטיקולה של העגבניה בצהוב עז. הקוטיקולה של העגבניה המוטנטית, לעומת זאת, היא בעלת גוון ורדרד-שקוף.
במעבדתו של ד"ר אהרוני הוקמה מערכת ייחודית בארץ, ואחת ממספר מערכות הקיימות בעולם, המאפשרת לזהות במהירות וביעילות מאות החומרים המצויים בצמח ("מטבוליטים"). באמצעות שילוב שיטות ממוחשבות לעיבוד הנתונים, ושיטות אנליטיות מולקולריות וכימיות נוספות, מאפשרת גישה זו - שהתפתחה בעשור האחרון, וקיבלה את השם "מטבולומיקס" - ליצור פרופיל מקיף של כל החומרים המיוצרים בצמח המוטנטי, ולהשוותו לצמח הרגיל.
עבודת המחקר - שביצעו ד"ר אביטל אדטו, ד"ר אילנה רוגצ'ב ותלמידת המחקר טלי מנדל - הראתה כי ההבדלים בין העגבניה הוורודה לבין העגבניה האדומה הרגילה אינם מסתכמים בהיעדרות הפיגמנט הצהוב בקליפה: המדענים זיהו כ-400 גנים שפעילותם בעגבניה המוטנטית גדולה או קטנה לפחות פי שניים. למוטציה השפעה נרחבת על ייצור חומרים נוספים, בעיקר ממשפחת הפלבונואידים - הן בקוטיקולה והן בציפת הפרי. כך, לדוגמה, התגלה כי העגבניה הורודה מכילה כמויות פחותות של ליקופן - פיגמנט אדום בעל פעילות נוגדת חמצון חזקה, שמחקרים רפואיים הראו כי צריכתו מקושרת לסיכון נמוך יותר לפתח מחלות כמו סרטן, מחלות לב וסוכרת. הקוטיקולה של העגבניה הוורודה דקה יותר וגמישה פחות מזו העוטפת את העגבניה הרגילה - בגלל שינויים בהרכב החומרים השומניים המרכיבים אותה.
המדענים גילו כי המוטציה האחראית להיווצרות העגבניה הורודה פוגעת בגן SIMYB12. גן זה מתפקד כמעין "מתג ראשי", שכן החלבון הנוצר ממנו אחראי להפעלתם של גנים רבים נוספים. באופן זה מווסת הגן רשת שלמה של גנים, אשר קובעת את הצטברות הפיגמנט הצהוב - כמו גם חומרים רבים נוספים - בפרי העגבניה. ד"ר אהרוני: "הודות לזיהוי הגן, יוכלו חוקרים להשתמש בו כבסמן, ולקבוע באמצעותו את צבע הקליפה העתידי של הפירות כבר בשלב מוקדם מאוד של התפתחות הצמח - אפילו חודשים מספר לפני הפריחה ויצירת הפרי. כך יתאפשר להאיץ את השבחת העגבניה ופיתוח זנים חדשים למזרח הרחוק - תהליך שנמשך, בדרך כלל, מעל 10 שנים".