האחוזה כוללת גנים מרהיבים המשתרעים על 44 דונם. המבנה הפיסי של הגן תוכנן על-ידי אדריכל הבית, אריך מנדלסון. להבדיל מהקווים הישרים של הבית, כל שבילי הגן מעוגלים במטרה לגרום למטייל בגן "ללכת לאיבוד". יוצא דופן הוא השביל המוביל אל קברם המשותף של בני הזוג ויצמן, שנסלל לאחר מותו של הנשיא.
 
את תכנון הצמחייה ביצע אדריכל הגנים משה אורן, חבר קיבוץ יגור. הצמחייה מגוונת וכוללת מינים רבים של צמחי ארץ-ישראל (הדרים, זיתים, תאנים, אלונים), וכן צמחים טרופיים מגן צמחי האיקלום על שם ד"ר ורבורג (מנגו, אפרסמון, ועוד), וביניהם שיחים, מדשאות ופרחים.