מכון ויצמן למדע מנוהל על-ידי המועצה הבין-לאומית ומועצת המנהלים. מועצת המנהלים בוחרת את נשיא המכון, שאחראי על מינוי סגניו.
המועצה הבין-לאומית
מועצת המנהלים
סגן הנשיא
סגן הנשיא למינהל ולכספים
סגן הנשיא לפיתוח משאבים
סגן הנשיא ליישומים טכנולוגיים
אגפים ויחידות מינהלה: אגף כספים, אגף משאבי אנוש, אגף בינוי, אגף מערכות מידע, אגף תפעול, אגף רכש, יחידת הבטיחות, ואגף פיתוח משאבים
