תקציב התפעול של מכון ויצמן למדע הוא כ-1.5 מיליארד שקל בשנה. כשליש מהמימון מתקבל מממשלת ישראל באמצעות הוועדה לתכנון ולתקצוב של המועצה להשכלה גבוהה, והשאר מקורו בתמלוגים על יישומים של המצאות ותגליות מדעיות, במענקי מחקר, בתרומות ובהכנסות משירותים מדעיים המוענקים לשותפים אקדמיים ומסחריים.

תקציב התפעול (במיליוני שקלים)

התפלגות תקציב התפעול לשנים 2018-2017 (במיליוני שקלים)

הוצאות מדעיות (במיליוני שקלים)

ההוצאות המדעיות צמחו ב-55% בין 2011 ל-2018 בשל הגידול בהיקף הרכישות ובעלויות של מכשור מדעי חדיש.