"מאזן אימה" בין גן תקין למוטציה שלו, אחראי לחלק ממקרי הלוקמיה

עברית

שרידותם של תאים לוקמיים תלויה דווקא בעותק הנורמלי, הלא מוטנטי, של הגן הגורם ללוקמיה מיילואידית חריפה

תאי לוקמיה מצליחים לעשות את מה שאנשים רבים חולמים לעשות. הם מצליחים לחיות כמעט לנצח. איך הם עושים זאת? מדעני מכון ויצמן למדע גילו שבכרבע ממקרי הלוקמיה, מופעל בתאים הסרטניים "מאזן אימה" פנימי האחראי להישרדותם ולהתרבותם. כאשר גרסה של גן מסוים עוברת מוטציה, הגן שעבר מוטציה הופך לגן מקדם סרטן אונקוגן. אולם מתברר כי דווקא הגרסה המקורית, הנורמלית, של הגן, לצד גרסת המוטציה, היא שמחזיקה את התא הסרטני בחיים, שומרת על אופיו הסרטני ומאפשרת לו לגרום נזק הרסני לגוף. ממצאים אלה התפרסמו באחרונה בכתב-העת המדעי Cell Reports.


הגן שבו מדובר, RUNX1, ממלא תפקיד חיוני בהתפתחות מערכת הדם ובתחזוקתה. הגן מקודד לחלבון המתפקד כגורם שיעתוק: חלבון השולט בהתבטאותם של גנים רבים אחרים. במערכת הדם מנחה RUNX1 את התמיינותם של תאי גזע המצויים בלשד העצם, כך שיתפתחו לסוגים שונים של תאי דם בוגרים. די במוטציה בודדת בגן RUNX1 בתאי גזע אלה, כדי לדרדר אותם במדרון החלקלק המוביל להתמרה סרטנית. דוגמה לכך היא הלוקמיה המיילואידית החריפה (AML), שנגרמת בעקבות סוג מסוים של מוטציה הנגרמת מנדידה של חלק מכרומוזום 8 אל תוך הגן RUNX1, בכרומוזום 21. כתוצאה מכך נוצר גן סרטני (אונקוגן) המבטא חלבון מאוחה, אשר כולל הן מרכיבים של RUNX1 והן מרכיבים שמקורם בפיסה הגנטית הנוספת. החלבון המאוחה הוא הגורם לוקמיה. בתהליך דומה מתפתחת הלוקמיה הנפוצה ביותר בקרב ילדים, ALL.


"החלבון הסרטני המאוחה, המווסת באופן ישיר את פעילותם של גנים רבים, גורם לסדרה של שינויים גנטיים נוספים בתא", אומר פרופ' יורם גרונר מהמחלקה לגנטיקה מולקולרית, שעמד בראש צוות המחקר, ואשר ביצע בעבר מספר מחקרים שהתמקדו בגן RUNX1 ובגנים נוספים המצויים על כרומוזום 21. במחקרים אלה הצליח פרופ' גרונר, בין היתר, לפענח את תפקידו של RUNX1 בלוקמיה התוקפת חולי תסמונת דאון.


את המחקר הנוכחי הוביל החוקר הבתר-דוקטוריאלי ד"ר אורן בן עמי, מקבוצתו של פרופ' גרונר, והשתתפו בו חברי קבוצת המחקר של ד"ר עמוס תנאי מהמחלקה למדעי המחשב ומתמטיקה שימושית וד"ר דינה לשקוביץ מהמרכז הלאומי לרפואה מותאמת אישית, הפועל במכון ויצמן למדע. כהכנה למחקר הנוכחי סרקו המדענים מיגוון מאגרי מידע, והבחינו בתופעה יוצאת דופן: הנתונים הקליניים רמזו כי העותק הנורמלי של הגן RUNX1 – זה שלא עבר מוטציה – נשמר תמיד בתאים הלוקמיים, ופעילותו גבוהה. ידוע כי בכל אחד מתאי גופנו מצויים שני עותקים של כל גן: אחד שמקורו באם ושני שמקורו באב. המוטציות הגורמות לסרטן מתרחשות רק באחד משני העותקים האלה, וגורמות להתפתחות המחלה. העותק הבריא, לעומתו, מושתק בדרך כלל, כך שרק העותק המוטנטי בא לידי ביטוי.


במקרה זה נראה כי העותק הבריא של RUNX1 אינו מושתק בתאים הלוקמיים. עובדה זו העלתה את החשד כי העותק הבריא ממלא גם הוא תפקיד בהתפתחות המחלה. אולם כיצד הוא עושה זאת, ובאיזה שלב? כדי לענות על השאלה גידלו המדענים תאים לוקמיים, שבחלקם הושתק העותק המוטנטי של הגן RUNX1, בחלקם הושתק העותק הנורמלי, ובחלקם שני העותקים פעלו כרגיל. התברר שכאשר העותק הנורמלי מושתק, התאים מתים. לעומתם, התאים בהם שני העותקים פעילים שמרו על אופיים הסרטני. בדיקה מדוקדקת הראתה כי תאים סרטניים אלה הצליחו לחמוק ממסלול של מוות תאי הקרוי אפופטוזיס – מנגנון התאבדות שנועד, בין היתר, למנוע את הישרדותם והתרבותם של תאים הנושאים מוטציות סרטניות. במילים אחרות, נראה כי העותק הנורמלי של RUNX1, ולא העותק המוטנטי, אחראי להישרדותם העקשנית של התאים הסרטניים – אחת מתכונותיהם המסוכנות ביותר.


פרופ' גרונר אומר שהתאים הלוקמיים "מכורים" לגרסה הנורמלית של RUNX1, כלומר, הם תלויים בה באופן פיסיולוגי לצורך הישרדותם. "במהלך הזמן רוכש הגן האונקוגני המאוחה 'מומחיות' בהפיכת התאים לתאים סרטניים. ככל שהתהליך הסרטני התוך-תאי מתקדם, התא זקוק ל'מאזן האימה' בין שתי הגרסאות של הגן כדי להתקיים".
התובנה החדשה מחוללת מהפכה בהבנת הלוקמיה. המדענים סבורים כי התגלית המפתיעה תוביל לפיתוח שיטות מתקדמות, יעילות ומדויקות, לאיבחון סוגים אלה של לוקמיה, ולטיפול במחלה.

שרידותם של תאים לוקמיים תלויה דווקא בעותק הנורמלי, הלא מוטנטי, של הגן הגורם ללוקמיה

 

מידע נוסף ותמונות אפשר לקבל במשרד דובר מכון ויצמן למדע: 08-934-3856
 

שרידותם של תאים לוקמיים תלויה דווקא בעותק הנורמלי, הלא מוטנטי, של הגן הגורם ללוקמיה
מדעי החיים
עברית

טובים השניים

עברית
גישה חדשה המחקה את מנגנוני ההגנה הטבעיים של הגוף עשויה להוביל לטיפול בסוג של סרטן השד המגלה עמידות לתרופות.

תרופות אנטי-סרטניות מהדור המולקולרי החדש תוקפות את סרטן השד בצורה ממוקדת: הן חוסמות מולקולות אופייניות לתאי הגידול הממאיר, דהיינו, קולטנים להורמונים אסטרוגן ופרוגסטרון, וכן קולטן הקרוי HER2, אשר נקשר לגורמי צמיחה רבים. אולם בערך אחד מכל שישה גידולים ממאירים בשד אינו מכיל אף אחד מהקולטנים האלה. גידולים מסוג זה, המכונים "טריפל-נגטיב", הם תוקפניים במיוחד ועמידים לטיפול.

בחלק מסרטנים אלה קיימת מטרה מולקולרית אפשרית אחרת, קולטן הנקשר לגורם צמיחה הקרוי EGFR, אך תרופות אשר לבלימת EFGR לא הועילו בטיפול בסרטן הטריפל-נגטיב. במחקר שהתפרסם באחרונה בכתב-העת המדעי Proceedings of the National Academy of Sciences, מציעים מדעני מכון ויצמן למדע פתרון אפשרי: לטפל בסרטן השד הטריפל-נגטיב באמצעות שני נוגדנים הבולמים את ה-EGFR, במקום אחד. שילוב של שני נוגדנים מסוימים אכן מנע את צמיחתם ואת התפשטותם של גידולים אלה בעכברים. קבוצת המחקר, בראשות פרופ' יוסף ירדן מהמחלקה לבקרה ביולוגית ופרופ' מיכאל סלע מהמחלקה לאימונולוגיה, כללה את ד"ר דניאלה פרארו, ד"ר נדאז' גבורית, ד"ר רות מרון, ד"ר הדס כהן-דבשי, ד"ר זיו פורת, ד"ר פרסיה פרכה, שרה לביא, ד"ר מושית לינדזן וניר בן שטרית.

המדענים ניסו מספר שילובים של נוגדנים ומצאו כי הטיפול עבד כאשר שני הנוגדנים נקשרו לחלקים שונים של הקולטן EGFR. ההשפעה המשולבת של שני הנוגדנים הייתה גדולה יותר ממה שאפשר היה לצפות מחיבור בין ההשפעות הנפרדות של כל אחד מהם. נראה שהשימוש בשני נוגדנים יצר מנגנון חדש לגמרי של חסימת הסרטן: הנוגדנים לא רק בלמו את ה-EGFR, ולא רק הזעיקו את עזרתם של תאים חיסוניים, אלא גם גרמו כנראה ל-EGFR לקרוס תחת משקלם, כך שהקולטן נבלע מקרום התא אל תוכו. בעקבות כך, ללא EGFR על פני השטח, הפסיקו התאים לקבל את אותות הצמיחה, ונמנעה הצמיחה של הגידול הסרטני. הגישה הזו מזכירה את תפקודה הטבעי של המערכת החיסונית, אשר נוטה לבלום אנטיגנים חשובים במספר אתרי קישור בעזרת נוגדנים רבים.

בעתיד עשויה שיטת שני הנוגדנים, בשילוב כימותרפיה, להוביל לפיתוח טיפול יעיל נגד סרטן שד מסוג טריפל-נגטיב.
 
מדעי החיים
עברית

מרוץ שליחים: כיצד עוצרים את המסרים המולקולריים הגורמים לסרטן?

עברית

ידיעה מסוימת עשויה להיות בשורה טובה למישהו – ובשורת איוב לאחר. כך גם בסרטן. כאשר תא מסוים מקבל מסר המצווה עליו לגדול ולהתרבות ללא מגבלה, מדובר בחדשות טובות לתא, אך באסון לאדם הנושא אותו. כדי לעצור את הסרטן, מנסים המדענים לפענח ולבלום את המסרים המולקולריים המובילים לצמיחה בלתי מרוסנת של תאים.

המסר המולקולרי מגיע תחילה לקרום התא, אך מטרתו הסופית היא הגרעין, בו נמצא הדי-אן-איי. המרחק ביניהם הוא עצום, שווה ערך ל-50 קילומטר עבור אדם. כדי לחצות את המרחק הזה במהירות, מועבר המסר דרך שרשרת שליחים, ממולקולה אחת לשנייה. לפני יותר משני עשורים, השתתף פרופ' רוני זגר ממכון ויצמן למדע בגילוי שרשרת כזאת, המובילה לסוגי סרטן רבים: זוהי שרשרת המורכבת, בין השאר, מהאנזימים MEK1, MEK2, ERK1 ו-ERK2.

פרופ' זגר חקר תחילה את העברת המסרים על-ידי אנזימים אלה בקרבת קרום התא. רק לפני כארבע שנים הצליחו הוא וקבוצתו לגלות את השלב החיוני ביותר: הכנסת המסר לתוך הגרעין. הם זיהו מקטע של האנזימים, הקרוי NTS, שעובר שינוי באמצעות הוספת מולקולות זרחן – המאפשר את הכניסה לגרעין. כאשר הם הרכיבו פפטיד קטן דמוי NTS , המסר נבלם, לא הגיע לגרעין, וכתוצאה מכך התא הפסיק להתרבות. בניסויים בעכברים, היה הפפטיד יעיל בבלימת ההתפתחות של מספר סוגי סרטן, אך במיוחד בבלימת מלנומה: הגידולים לא רק הפסיקו לגדול, אלא נעלמו.

ממצאים אלה של פרופ' זגר מצויים כיום בשלבים ראשונים של בחינת אפשרויות לפיתוח יישומים בתעשייה הביוטכנולוגית.
 
מדעי החיים
עברית

מתמקדים במטרה

עברית
למערכת החיסונית יש כלי נשק רבים שבאמצעותם היא נלחמת בסרטן, אך כמובן, אף אחד לא יכול לנצח בכל המערכות. לפעמים, לצערנו, המנצח הוא דווקא הגידול הסרטני. אחד הניסיונות לחזק את מערך

ההגנה החיסוני כנגד הסרטן, מבוסס על השתלת תאים חיסוניים שהונדסו במיוחד למטרה זו. בטיפול זה, הנבחן כיום בניסויים קליניים ראשוניים,  מזריקים למטופל תאים חיסוניים שנלקחו מגופו שלו. לשם כך יש להוציא מגוף המטופל תאים חיסוניים, לגדל אותם במעבדה – ולהחזירם לגוף. זהו תהליך ארוך, מורכב ויקר מאוד, שלעתים אי-אפשר לבצעו כלל, מסיבות טכניות שונות.

 
כדי להתמודד עם הקושי הזה, פיתחו מדעני מכון ויצמן שיטה חדשה להשתלת תאים חיסוניים. שיטה זו, שפותחה בידי פרופ' זליג אשחר, תלמיד המחקר אסף מרכוס וטכנאית המעבדה טובה וקס במחלקה לאימונולוגיה במכון ויצמן למדע, תוארה באחרונה בכתב-העת המדעי-רפואי Blood. היא מבוססת על שימוש בתאי T שהוכנו מראש, שמקורם בתורמים זרים, ולא על התאים של המטופל עצמו. תאי T הם תאים קטלניים המהווים את "הנשק הכבד" של המערכת החיסונית. הם מזהים את אויביהם באמצעות קולטנים המוצגים על פני השטח שלהם, ונקשרים לתאי האויב. שינוי מבני הקולטנים, למשל בטכניקות של הנדסה גנטית, עשוי להפנות את ה"נשק" אל אויבים שונים, ובהם, כמובן, גידולים סרטניים שונים.
 
בתהליך פיתוח השיטה החדשה, דיכאו המדענים את המערכת החיסונית של העכברים באמצעות קרינה מתונה יחסית, בשילוב עם תרופות נוספות. בדרך זו עלה בידם למנוע לזמן מוגבל את דחיית התאים הקטלניים הזרים מגוף המקבל ולעכב חלקית את פעילותם כנגד הגוף בו הושתלו. טיפול זה לא מנע מהתאים המהונדסים לתקוף את הגידול. כך, בזמן שדחייתם של תאי ה-T עוכבה, הם מספיקים לחסל את הגידול הסרטני.
 
אם השיטה הזאת אכן תפעל בהצלחה בבני-אדם, היא עשויה להוות טיפול זול ופשוט יחסית בהשתלת תאים חיסוניים שיפגעו בסוגים שונים של גידולים סרטניים. טיפול כזה יתבסס על מאגר מוכן של תאי T המצוידים בקולטנים אשר יאפשרו להם להתמקד בסוגים שונים של סרטן.
 
עדכון מספטמבר 2011
באוגוסט 2011 התפרסם בכתב העת הרפואי The New England Journal of Medicine , כי חוקרים מאוניברסיטת פנסילבניה הצליחו ליישם בהצלחה את שיטתו של פרופ' זליג אשחר. החוקרים טיפלו בשלושה חולים הסובלים מלויקמיה לימפוציטית כרונית באמצעות תאי T אשר הוצאו מגופם של החולים, הונדסו גנטית והוחזרו לחולים. "מחקר זה הוכיח באופן עקרוני שתרפיית תאי ה-T שפיתחנו עובדת גם בבני אדם, ולא רק בעכברים", אומר פרופ' אשחר. ד"ר קרל ג'ון, שעמד בראש קבוצת המחקר באוניברסיטת פנסילבניה, פירט את התוצאות: "תוך שלושה שבועות הסרטן פשוט נעלם. השיטה עבדה טוב הרבה יותר מכפי שציפינו". בעקבות הצלחה ראשונית זו מתכוונים ד"ר ג'ון ועמיתיו ליישם את השיטה בסוגי סרטן נוספים, כולל לימפומת הודג'קין, לויקמיה לימפוציטית אקוטית וסוגי לויקמיה בילדים שאינם ניתנים לריפוי באמצעות טיפול סטנדרטי. בנוסף, יתכן שהם ישתמשו בתאי T מהונדסים גם לטיפול גידולים מוצקים, כמו סרטן השחלות והלבלב.
 
מדעי החיים
עברית

מדעני המכון גילו קבוצת גנים אשר בולמים חלוקת תאים מוגברת - שעלולה לגרום לסרטן

עברית
בסביבה שלנו לא חסרים פיתויים לעבור על החוק, אך רק אדם בעל "יסוד נפשי הנדרש לביצוע פשע" (כפי שאומרים זאת המשפטנים), יהפוך לפושע. כך גם התאים: בגופנו פועלים כל הזמן גורמי גדילה רבים, אך רק תאים סרטניים מושפעים מהם בקלות, ו"מתפתים" להתחלק שוב ושוב. לעומת זאת, תאים בריאים נענים להשפעת גורמי הגדילה ומתחלקים רק לאחר שהם נחשפים להם במשך שמונה שעות. מה קורה בתא הבריא, המתנגד לקריאה להתחלק, במשך שמונה השעות האלה? ועוד יותר חשוב, מה לא פועל כשורה בשעות אלה בתא סרטני? מדוע התאים הסרטניים נכנעים להשפעה ומתחלקים בקלות כזו?

מחקר חדש של מדעני מכון ויצמן למדע, שפורסם באחרונה בכתב-העת המדעי Molecular Cell, הוביל לקבלת תשובות לשאלות אלה. המדענים מצאו, שכאשר התא מקבל לראשונה אות מגורם גדילה, מופעלות בתא עשר קבוצות גנים, הכוללות כ-8,000 גנים. קבוצה אחת בולטת בחשיבותה. היא כוללת כתריסר גנים הנשלטים על-ידי חלבון הקרוי p53, בולם הסרטן, והם מונעים את חלוקת התא. רק אם אות הגדילה ממשיך לפעול במשך שמונה שעות, משחרר ה-p53 את אחיזתו בדי-אן-אי של התא, ומאפשר לו להתחלק. התא פועל כאן כמו נהג זהיר, אשר מתחיל את נסיעתו בלחיצה על הבלמים כדי לייצב את המכונית ולמנוע החלקה והתהפכות: הפעלת ה-p53 ברגע שהתא מקבל אות מגורם גדילה מונעת חלוקה מיידית. בכך מבטיח תא בריא שהחלוקה לא תתבצע כתוצאה מקבלת אותות גדילה מקריים, שגויים ומיותרים, ושהתא יתחלק אך ורק כאשר מגיע אות ממושך ונחוץ. בתאים סרטניים מנגנון זה אינו תקין, כי ברובם ה-p53 פגום או חסר. לפיכך, כל גורם גדילה מזדמן גורם להם להתחלק ומוביל לצמיחה של גידול ממאיר.

מחקר רב-תחומי זה בוצע בשיתוף בין שלוש קבוצות מחקר במכון ויצמן למדע, בראשות פרופ' יוסף ירדן מהמחלקה לבקרה ביולוגית, פרופ' איתן דומאני מהמחלקה לפיסיקה של מערכות מורכבות, ופרופ' משה אורן מהמחלקה לביולוגיה מולקולרית של התא. ריכזה את המחקר תלמידת המחקר לשעבר ד"ר יערה צונג, והשתתפו בו אלדמע שושנה חן, רועי אברהם, ד"ר מתיה לאוראולה, יותם דרייאר, ד"ר טל שי, אפרת שמע ואפרת לידור-נילי. במחקר השתתפו גם חוקרים קליניים: ד"ר יסמין יעקב-הירש, ד"ר נינט אמריליו ופרופ' גדעון רכבי מהמרכז הרפואי על-שם חיים שיבא, וכן ד"ר וילינג לו וד"ר גורדון מילס מהמרכז לחקר הסרטן אם. די. אנדרסון של אוניברסיטת טקסס.

המחקר שופך אור חדש על ההבדל בין תאים בריאים לתאים סרטניים. הוא עשוי לסייע בפיתוח גישה חדשה ויעילה לטיפול בסרטן באמצעות תרופות כימותרפיות. הסרטן מפתח לפעמים עמידות לטיפולים אלה, בין היתר מפני שהטיפול מכניס את הגוף לעקה, ובכך גורם להיווצרותם של גורמי גדילה אשר גורמים לחלוקת תאים, כך שהטיפול, בסופו של דבר, מכשיל את עצמו. הבנה טובה יותר של פעולת אותות הגדילה עשויה לאפשר מתן טיפולים כימותרפיים במירווחים אשר מונעים חלוקה מוגברת של תאים סרטניים.
 
מדעי החיים
עברית

חדשות טובות

עברית
עומדים מימין: חנה בילואר, חגי מרמור, ד"ר איריס נשיא, ד"ר סבינה אדית וינוגרד-כץ, ד"ר רפי עמנואל. יושבות מימין: אור-ים שושנה, פרופ' ירדנה סמואלס ורנד ערפה. חתימה מולקולרית
 
 
ביום ראשון אחד לפני כעשר שנים עבדה פרופ' ירדנה סמואלס, אז חוקרת בתר-דוקטוריאלית צעירה, במעבדה באוניברסיטת ג'ונס הופקינס. היא שמה לב כי בדי-אן-אי של שני חולי סרטן מצויה מוטציה זהה בגן מסוים. המעבדה הייתה ריקה, ומלבדה היה שם רק המנחה שלה, פרופ' ברט ווגלשטיין, מבכירי חוקרי סרטן בעולם. הוא העיף מבט אחד בממצא והכריז: "אני חושב שיש כאן home run". סמואלס, שהגיעה לארצות הברית רק מספר חודשים לפני כן, לא הכירה את הביטוי המתייחס להצלחה גדולה במשחק הבייסבול, אך הבינה מיד שמדובר בחדשות טובות במיוחד.
 
כך אכן היה. לא רק שהיא גילתה גן חדש הגורם לסרטן, אלא התברר שהגן, הקרוי PIK3CA, הוא אחד הגנים השכיחים ביותר מבין אלה שגורמים לסוגי סרטן שונים. הממצאים, שהתקבלו מיד לפרסום בכתב-העת Science, פתחו כיוון מחקר חדש, אשר משך אליו במהירות עשרות חוקרים מאוניברסיטאות ומחברות תרופות.
 
סמואלס רשמה הישג מרשים נוסף בשנת 2006, לאחר שהקימה מעבדה משלה במכון הלאומי לחקר הגנום האנושי בבתסדה שבמרילנד. בשלב זה היא כבר החליטה להתמקד במלנומה, אחד מסוגי הסרטן הקטלניים ביותר, שהגנטיקה שלו עדיין מאוד לא ברורה. בשיתוף עם פרופ' סטיבן רוזנברג, ראש אגף הכירורגיה במכון הלאומי לסרטן, היא זיהתה מוטציה גנטית חדשה המופיעה בכ-20% מחולי המלנומה. "נראה היה שמצאנו את עקב אכילס של חלק נכבד ממקרי המלנומה", אומרת פרופ' סמואלס.
 
התגלית מעודדת ביותר, מפני שהיא בעלת חשיבות מיידית לטיפול בחולים. פיתוח תרופה חדשה נמשך שנים, אך המוטציה החדשה נמצאת בגן הקרוי ERBB4, שכבר מהווה מטרה לתרופה – נגד סרטן השד. מחקרים קליניים כבר החלו לבדוק האם תרופה זו יכולה לעזור גם לחולי מלנומה.
 

 

במעבדתה החדשה במחלקה לביולוגיה מולקולרית של התא ממשיכה פרופ' סמואלס לחקור מוטציות גנטיות המעורבות במלנומה. כאשר גידול סרטני מאובחן, הגנים שבתאיו כבר מכילים עשרות, אם לא אלפי, מוטציות, חלקן מוטציות "מובילות"  ממלאות תפקיד בצמיחת הגידול, אך חלקן מוטציות "נלוות", שאינן ממלאות תפקיד חשוב בהתפתחות הסרטן. בעזרת נתונים גנומיים ממאות חולים מפתחת פרופ' סמואלס גישות שיבחינו בין המוטציות המובילות לבין אלה הנלוות.
 
 
בעבודתה היא מסתמכת על מאגר רקמות שנלקחו מגידולי מלנומה ומרקמות בריאות תואמות, אותו הקימה בשיתוף עם המכון הלאומי לסרטן בארצות הברית. באמצעות נגיפים היא מחדירה "סמנים" מולקולריים לדי-אן-אי, במטרה לפתח גישה שיטתית
לקביעת תפקידם של גנים מוטנטיים. הסימון מאפשר לה להשוות בין פעילותם של גנים נורמליים לבין זו של גנים מוטנטיים בתאי אדם.
 
המטרה הסופית היא רפואה מותאמת אישית. פרופ' סמואלס שואפת לזהות תת-קבוצות עיקריות של סרטן המלנומה, שכל אחת מהן מזוהה באמצעות "חתימה" מולקולרית ייחודית. בעתיד יותאמו הטיפולים למוטציות המסוימות המאפיינות כל תת-קבוצה.
 
 
 

אישי

כשהייתה ילדה קטנה אהבה פרופ' סמואלס להתבונן בחרקים. בגיל שש היא כבר כתבה "מאמר" על עיכול, גרסה גלולות לאבקה כדי ליצור "תרופות", וביקשה מהוריה לקנות לה מיקרוסקופ. אך רק בגיל 17, לאחר שהשתתפה במחנה קיץ על שם בסי לורנס במכון ויצמן למדע, החליטה להיות מדענית.
 
סמואלס נולדה בתל אביב וגדלה בישראל, במקסיקו, בצרפת ובאנגליה. היא למדה בתיכון בפאריס, שם עדיין עובדים הוריה: אביה, יליד אנגליה, מועסק במרכז שמעון ויזנטל, ואמה, ילידת ארגנטינה, עובדת באונסק"ו.
 
סמואלס חזרה לארץ לאחר שסיימה תואר ראשון באוניברסיטת קיימברידג' שבאנגליה ושירתה בצה"ל בחיל הרפואה. היא קיבלה תואר שני מבית-הספר לרפואה "הדסה" של האוניברסיטה העברית בירושלים, ובשנת 2002 קיבלה תואר שלישי בביולוגיה מולקולרית של הסרטן מהקולג' האימפריאלי שבלונדון. בלימודי הדוקטורט שלה מצאה משפחה חדשה של גנים המבקרים את פעילותו של p53, אחד מהגנים המרכזיים הבולמים סרטן.
 
לאחר מחקר בתר-דוקטוריאלי באוניברסיטת ג'ונס הופקינס ניהלה מעבדה משלה במכון הלאומי לחקר הגנום האנושי בבתסדה שבמרילנד במשך שש שנים. בשנת 2012 הצטרפה לצוות מכון ויצמן למדע כפרופסור חבר. היא גרה ברחובות עם בעלה, ד"ר אורי לב, מומחה לביואתיקה. לזוג שני בנים: גיל, יליד 2005, וניצן, יליד 2008.
 
עומדים מימין: חנה בילואר, חגי מרמור, ד"ר איריס נשיא, ד"ר סבינה אדית וינוגרד-כץ, ד"ר רפי עמנואל. יושבות מימין: אור-ים שושנה, פרופ' ירדנה סמואלס ורנד ערפה. חתימה מולקולרית
מדעי החיים
עברית

הקשרים

עברית
 
ד"ר רביד שטראוסמן וד"ר דבורה רוזנברג. עמידות
"תמיד ראיתי בעצמי רופא", אומר ד"ר רביד שטראוסמן, בעל תואר כפול MD/PhD, שהצטרף באחרונה למחלקה לביולוגיה מולקולרית של התא במכון. "אך בתקופה שבה סיימתי את הלימודים הלכתי ונמשכתי למח
קר. ועדיין, גם כשאני עוסק במחקר במעבדה, המחשבה שלי נתונה לחולה הזקוק לטיפול". לחולים עליהם חושב ד"ר שטראוסמן יש כיום מעט מאוד תקווה לריפוי, מכיוון שסוגי הסרטן מהם הם סובלים עמידים לכימותרפיה. מדוע גידולים מסוימים מצטמקים בתחילת הטיפול הכימי, אולם מסרבים להיעלם לחלוטין, ואילו גידולים 
אחרים משלימים את התהליך עד סופו, אך חוזרים בגירסה עמידה מאוחר יותר? מדוע מתברר שטיפול אשר משמיד לחלוטין תאים סרטניים במבחנה – יעיל הרבה פחות בגוף האנושי?
 
 

תאים נורמליים (מסומנים באדום) מסוגלים להגן על תאים סרטניים (בירוק) מפני טיפול כימותרפיד"ר שטראוסמן החל לחקור את תופעת העמידות של סוגים שונים של סרטן במהלך מחקרו הבתר-דוקטוריאלי במכון "ברוד" של הרווארד ושל המכון הטכנולוגי של מסצ'וסטס. במעבדתו של פרופ' טוד גולוב, המדען הראשי של מכון ברוד וראש התוכנית לחקר הסרטן, הוא חקר שאלה זו מזווית לא שגרתית. בעוד מדענים רבים מחפשים את התשובה בתאים הסרטניים עצמם, באמצעות השוואה בין אלה שמגיבים לכימותרפיה לבין אלה שעמידים אליה, ד"ר שטראוסמן ועמיתיו חשבו שהמפתח להבנת הבעיה נעוץ במקום אחר – בתיפקודם של תאי הגוף הבריאים.

 
הסיבה לכך, הוא מסביר, היא שתאים סרטניים, כמו כל תאי הגוף, הם חלק ממערכת גדולה, מתוחכמת ומקושרת, בה מופעלים מנגנונים שונים לעזרה ולתמיכה הדדית. לתאים בריאים יש יכולת להזעיק עזרה מחלקים מרוחקים של הגוף, כמו לשד העצם, כאשר הם נפגעים או מצויים תחת התקפה. המדענים חשדו, כי באופן דומה, התאים הסרטניים מזעיקים עזרה כאשר הם מצויים תחת מתקפה כימותרפית.
 
 

 

על מנת לבדוק השערה זו גידלו החוקרים סוגים שונים של תאים סרטניים, ובחנו את רגישותם לתרופות כימותרפיות. ואכן, הם גילו כי גידולים הנבדקים במבחנה ומכילים אך ורק תאים סרטניים, רגישים ביותר לסוגים שונים של כימותרפיה. אולם, כאשר הוסיפו 

ביופסיה מגידול מסוג מלנומה. החץ האדום מצביע על עור תקין, והחץ הכחול מסמן את תאי הגידול הסרטניים. התאים המאורכים בצבע חום מכילים את החומר HGF, אשר מופרש מהתאים הרגילים ומציל את התאים הסרטניים מכימותרפיה

למבחנה סוגים שונים של תאים נורמליים, המצויים באופן רגיל בסביבת הגידול, הרגישות צנחה – ובמקרים מסוימים אף נעלמה לחלוטין. לאחר שמצאו כי תופעה זו מתרחשת בסוגים רבים של סרטן ובסוגים רבים של תרופות כימותרפיות, החליט הצוות להתמקד במלנומה – סוג הסרטן האחראי לרוב מקרי המוות מסרטן עור. הם גילו חלבון המופרש מתאים בריאים מסוימים אשר מצויים בגידול, ומגן על תאי המלנומה מפני אחת התרופות הכימותרפיות המתקדמות ביותר המשמשות כיום לטיפול במחלה זו. החלבון, שהוא גורם גידול המשפיע על תאי כבד (HGF - hepatocyte growth factor), ממלא תפקידים נוספים, בהם החלמה של פצעים.
 
בהמשך חיפשו המדענים עדויות לפעילותו של החלבון בדוגמאות גידול שנלקחו מחולי מלנומה. או אז הראו התוצאות, שכאשר תאים בסביבתו הקרובה של הגידול ייצרו כמויות גדולות של HGF, הגידול הראה עמידות לכימותרפיה, ואילו חולים שבהם התאים לא ייצרו HGF הפגינו תגובה טובה הרבה יותר לטיפול. מכך עולה כי HGF, כשלעצמו, מסייע להישרדות התאים הסרטניים בתגובה לכימותרפיה. בהתבסס על ממצאים אלה מתוכננים להתקיים בקרוב ניסויים קליניים שבמסגרתם יינתנו מעכבי HGF לחולי מלנומה, ביחד עם הטיפול הכימותרפי הסטנדרטי.
 
 
"גידול רגיל מכיל סוגים שונים של תאים – סרטניים ונורמליים כאחד", אומר ד"ר שטראוסמן. "מיגוון התאים הנורמליים המצויים בסביבתו הקרובה של הגידול עשוי לייצר עשרות חומרים שונים, אשר מסייעים לגידול לשרוד את הטיפול הכימותרפי. אנחנו מצויים בתחילתה של הדרך בניסיון להבין מה הם חומרים אלה וכיצד הם מסייעים לעמידות".
 

אישי

רביד שטראוסמן נולד ברמת-גן, ושירת כקצין בחיל האוויר. הוא סיים מסלול MD/PhD בבית הספר לרפואה של האוניברסיטה העברית בירושלים, ובמעבדתה של פרופ' שושנה רביד. לאחר שנה שבמהלכה עבד בבית-החולים "בילינסון" ביצע מחקר בתר-דוקטוריאלי במעבדתו של פרופ' חיים סידר באוניברסיטה העברית בירושלים. לאחר מכן המשיך למחקר בתר-דוקטוריאלי נוסף במעבדתו של פרופ' טוד גולוב במכון ברוד. "רביד, סידר וגולוב היו מנטורים במלוא מובן המלה", הוא אומר. "זו הייתה זכות גדולה לעבוד לצדם".
 
רביד נשוי לשרון, אנדוקרינולוגית של ילדים, ואב לארבעה ילדים בגילים שמ-11 עד שנתיים. בזמנו הפנוי הוא נוהג לשחק טניס.
 
 
 
ד"ר רביד שטראוסמן וד"ר דבורה רוזנברג. עמידות
מדעי החיים
עברית

החיים הכפולים של הגן הסרטני

עברית
 

מימין: בני שפירו, ד"ר ננסי גברט ופרופ' אברי בן-זאב. עומדים מאחור: אנה שואב וגל הזה. "הגיבור הטוב"

 
 
 
רוצח הופך למציל חיים - אמנם זה נשמע כמו תפנית בסרט פעולה, אך מדעני מכון ויצמן גילו שתסריט מסוג זה יכול להתרחש גם במחלת הסרטן. במחקר שהתפרסם לאחרונה בכתב-העת Cancer Research הם מצאו, כי גן הידוע כגורם סרטן (אונקו-גן) יכול למנוע את התפשטותו הקטלנית של הגידול הסרטני בשלב מאוחר יותר של המחלה.
 
מטרת המחקר הייתה לזהות גנים המעורבים בהיווצרות גרורות של סרטן המעי הגס. בניסוי בעכברים, להם הוזרקו תאים מגידולים סרטניים של בני אדם, פענחו המדענים שרשרת ארוכה של אירועים ביוכימיים המובילה להיווצרות גרורות. השרשרת מתחילה במוטציה, הנמצאת אצל למעלה מ-80% מהחולים בסרטן המעי הגס, אשר משבשת מנגנון איתות מסוים בתאים. הם גילו כי השיבוש, כשלעצמו, מעלה את רמתו של גן האחראי להידבקות תאים, הקרוי L1, וכך מגדיל את תנועתיות התאים בחזית הפולשנית של הגידול. דבר זה מסייע, בסופו של דבר, לשליחת גרורות לאיברים רחוקים, בעיקר לכבד.
 
יתר על כן, המדענים גילו כי L1 משפיע גם על הביטוי של אחד הגנים בשרשרת האיתות - הגן הקרוי c-Kit, שבמקרה זה מונע יצירת גרורות. כאשר רמת הביטוי של c-Kit הייתה נמוכה, הגידולים שלחו גרורות לכבד, אך כאשר העלו המדענים את רמתו של c-Kit - לא נוצרו גרורות, אפילו בנוכחות L1. הגן c-Kit מונע את היווצרות הגרורות באמצעות עידוד התאים להיצמד האחד לשני בצורה מסודרת, בדרך בה התאים מאורגנים ברקמות ריריות נורמליות, ולא כפי שמתנהגים תאים סרטניים פולשניים.
 
הממצא היה מפתיע ביותר, מכיוון ש-c-Kit מוכר בתור אונקו-גן, כלומר, גן הגורם סרטן. במילים אחרות, התברר כי אותו גן הגורם סרטן בתחילת התפתחותו של הגידול, כולל התרבות מוגברת של תאי סרטן המעי הגס, מונע את התפשטותם של תאים אלה כגרורות לכבד בשלבים מאוחרים יותר.
 
בהמשך התברר עוד, כי ממצאים אלה רלבנטיים לבני אדם. כאשר המדענים בדקו את הפרופיל הגנומי של גידולים מ-300 חולים בסרטן המעי הגס, הם מצאו כי רמות ה-c-Kit ברקמות המעי היו נמוכות בכל החולים בהשוואה למעי של אנשים בריאים.
 
צוות המחקר, בראשות פרופ' אברי בן-זאב מהמחלקה לביולוגיה מולקולרית של התא, כלל את ד"ר ננסי גברט, אנה שואב, ד"ר אמיר בן-שמואל, גל הזה ואסתר בקוש. המחקר בוצע בשיתוף
פעולה עם ד"ר מיכל שפר מקבוצתו של פרופ' איתן דומאני, מהמחלקה לפיסיקה של מערכות מורכבות.
 
המחקר אמנם חושף את אחד המנגנונים המולקולריים שבאמצעותו שולח סרטן המעי הגס את גרורותיו לכבד, האתר הנפוץ ביותר להתפשטותו, אך בנוסף מצביע על התהליך הסרטני בכל מורכבותו. מתברר, שאותו הגן יכול להיות "הגיבור הרע" בשלב אחד של מחלת הסרטן ו"הגיבור הטוב" בשלב אחר. מדעני מכון ויצמן למדע מסיקים מכך, שנדרשת זהירות רבה בטיפולים בסרטן המכוונים כנגד אונקו-גנים מסוימים. במיוחד, כאשר ניתנת תרופה על מנת לדכא את c-Kit, במטרה למנוע את התפשטות הסרטן, צריך לוודא שהטיפול אינו משבש את תיפקודו של אותו הגן במניעת יצירת הגרורות. במסקנה זו תומכים ממצאים של מדענים אחרים, שגילו באחרונה כי אונקו-גן נפוץ נוסף, c-Myc, מתנהג באותה צורה כפולה כמו c-Kit: הוא מגביר את היתרבותם של תאי סרטן השד, אך כשהוא מתבטא ביתר, הוא מונע את התפשטותם ואת יצירת הגרורות.
 
ללא הגן c-Kit מתנהגים תאי המעי הגס באופן פראי ופולשני (משמאל), אך כאשר c-Kit מתבטא כראוי, התאים חוזרים להתנהגותם המסודרת (מימין)
 
 
 
 
מימין: בני שפירו, ד"ר ננסי גברט ופרופ' אברי בן-זאב. עומדים מאחור: אנה שואב וגל הזה. "הגיבור הטוב"
מדעי החיים
עברית

המכורים לטוב

עברית

מימין: פרופ' יורם גרונר, דינה לשקוביץ, ד"ר אורן בן עמי ופרופ' עמוס תנאי. לחיות לנצח

 
תאי לוקמיה מצליחים לעשות את מה שאנשים רבים חולמים לעשות. הם מצליחים לחיות כמעט לנצח. איך הם עושים זאת? מדעני מכון ויצמן למדע גילו, שבכרבע ממקרי הלוקמיה מופעל בתאים הסרטניים "מאזן אימה" פנימי האחראי להישרדותם ולהתרבותם. כאשר מתחוללת מוטציה בגרסה של גן מסוים, הופך הגן שבו התרחשה המוטציה לגן מקדם סרטן - אונקוגן. אולם, מתברר, דווקא הגרסה המקורית, הנורמלית, של הגן, לצד גרסת המוטציה, היא שמחזיקה את התא הסרטני בחיים, שומרת על אופיו הסרטני, ומאפשרת לו לגרום נזק הרסני לגוף. ממצאים אלה התפרסמו באחרונה בכתב-העת המדעי Cell Reports.
 
הגן שבו מדובר, RUNX1, ממלא תפקיד חיוני בהתפתחות מערכת הדם ובתחזוקתה. הגן מקודד לחלבון המתפקד כגורם שיעתוק: חלבון השולט בהתבטאותם של גנים רבים אחרים. במערכת הדם מנחה RUNX1 את התמיינותם של תאי גזע המצויים בלשד העצם, כך שיתפתחו לסוגים שונים של תאי דם בוגרים. די במוטציה בודדת בגן RUNX1 בתאי גזע אלה כדי לדרדר אותם במדרון החלקלק המוביל להתמרה סרטנית. דוגמה לכך היא הלוקמיה המיילואידית החריפה (AML), שנגרמת בעקבות סוג מסוים של מוטציה המתרחשת כאשר חלק מכרומוזום 8 נודד אל תוך הגן RUNX1, בכרומוזום 21. כתוצאה מכך נוצר גן סרטני (אונקוגן) המבטא חלבון מאוחה, אשר כולל הן מרכיבים של RUNX1 והן מרכיבים שמקורם בפיסה הגנטית הנוספת. החלבון המאוחה הוא זה שגורם לוקמיה. בתהליך דומה מתפתחת הלוקמיה הנפוצה ביותר בקרב ילדים, ALL.
 
"החלבון הסרטני המאוחה, המווסת באופן ישיר את פעילותם של גנים רבים, גורם סדרה של שינויים גנטיים נוספים בתא", אומר פרופ' יורם גרונר מהמחלקה לגנטיקה מולקולרית, שעמד בראש צוות המחקר, וביצע בעבר מספר מחקרים שהתמקדו בגן RUNX1 ובגנים נוספים המצויים על כרומוזום 21. במחקרים אלה הצליח פרופ' גרונר, בין היתר, לפענח את תפקידו של RUNX1 בלוקמיה התוקפת חולי תסמונת דאון.
 
את המחקר הנוכחי הוביל החוקר הבתר-דוקטוריאלי ד"ר אורן בן עמי, מקבוצתו של פרופ' גרונר, והשתתפו בו חברי קבוצת המחקר של ד"ר עמוס תנאי מהמחלקה למדעי המחשב ומתמטיקה שימושית, ודינה לשקוביץ מהמרכז הלאומי לרפואה מותאמת אישית, הפועל במכון ויצמן למדע. כהכנה למחקר הנוכחי סרקו המדענים מיגוון מאגרי מידע, והבחינו בתופעה יוצאת דופן: הנתונים הקליניים רמזו, כי העותק הנורמלי של הגן RUNX1 – זה שלא התרחשה בו מוטציה – נשמר תמיד בתאים הלוקמיים, ופעילותו גבוהה. ידוע, כי בכל אחד מתאי גופנו מצויים שני עותקים של כל גן: אחד שמקורו באם ושני שמקורו באב. המוטציות הגורמות סרטן מתרחשות רק באחד משני העותקים האלה, וגורמות את התפתחות המחלה. העותק הבריא, לעומתו, מושתק בדרך כלל, כך שרק העותק המוטנטי בא לידי ביטוי.
 
במקרה זה נראה, כי העותק הבריא של RUNX1 אינו מושתק בתאים הלוקמיים. עובדה זו העלתה את ההערכה, כי העותק הבריא ממלא גם הוא תפקיד בהתפתחות המחלה. אולם כיצד הוא עושה זאת, ובאיזה שלב?
 
כדי לענות על שאלה זו גידלו המדענים תאים לוקמיים, שבחלקם הושתק העותק המוטנטי של הגן RUNX1, בחלקם הושתק העותק הנורמלי, ובחלקם פעלו שני העותקים כרגיל. התברר, שכאשר העותק הנורמלי מושתק, התאים מתים. לעומת זאת, התאים בהם היו שני העותקים פעילים שמרו על אופיים הסרטני. בדיקה מדוקדקת הראתה, כי תאים סרטניים אלה הצליחו לחמוק ממסלול של מוות תאי אשר קרוי אפופטוזיס – מנגנון התאבדות שנועד, בין היתר, למנוע את הישרדותם ואת התרבותם של תאים הנושאים מוטציות סרטניות. במילים אחרות, נראה כי העותק הנורמלי של RUNX1, ולא העותק המוטנטי, הוא האחראי להישרדותם העקשנית של התאים הסרטניים – אחת מתכונותיהם המסוכנות ביותר.
 
פרופ' גרונר אומר, שהתאים הלוקמיים "מכורים" לגרסה הנורמלית של RUNX1, כלומר, הם תלויים בה באופן פיסיולוגי לצורך הישרדותם. "במהלך הזמן רוכש הגן האונקוגני המאוחה 'מומחיות' בהפיכת התאים לתאים סרטניים. ככל שהתהליך הסרטני התוך-תאי מתקדם, התא זקוק ל'מאזן האימה' בין שתי הגרסאות של הגן כדי להתקיים".
 
התובנה החדשה מחוללת מהפכה בהבנת הלוקמיה. המדענים סבורים, כי התגלית המפתיעה תוביל לפיתוח שיטות מתקדמות, יעילות ומדויקות, לאיבחון סוגים אלה של לוקמיה, ולטיפול במחלה.
 
 
מימין: פרופ' יורם גרונר, דינה לשקוביץ, ד"ר אורן בן עמי ופרופ' עמוס תנאי. לחיות לנצח
מדעי החיים
עברית

המתמטיקה של הסרטן

עברית

מדעני המכון מציעים דרך מקורית להסקת מסקנות מ"ערימות" המידע הגנומי הקשורות לסרטן

רופאים השואפים להתאים טיפול אישי לכל חולה סרטן ניצבים בפני חוסר ודאות גדול. האם הגידול מתפתח במהירות? כמה "אלים" צריך הטיפול להיות? ואיזה טיפול עשוי להיות היעיל ביותר?

לשאלות האלה עדיין אין תשובות חד-משמעיות, וזאת למרות שבעשור האחרון הצטברו כמויות אדירות של מידע על הגנום האנושי, של אנשים בריאים וחולים כאחד. למעשה, כמות המידע האדירה היא חלק מהבעיה. סרטן הוא מחלה של גנים פגומים, אך לבני-אדם יש למעלה מ-20 אלף גנים, כך שרופא המנסה להגדיר גידול מסוים מבחינה גנטית מתמודד עם אתגר בעל ממדים עצומים.

מימין: ד"ר מיכל שפר, ד"ר יותם דרייאר ופרופ' איתן דומאני. טיפול יעיל
 
מדעני מכון ויצמן מציעים דרך מקורית ופשוטה יחסית להסקת מסקנות מ"ערימות" המידע הגנומי הקשורות לסרטן. פרופ' איתן דומאני וד"ר יותם דרייאר, מהמחלקה לפיסיקה של מערכות מורכבות, פיתחו אלגוריתם הקרוי Pathifier, שיכול לסייע לחוקרים ולרופאים לחזות את מהלך ההתפתחות של  גידול סרטני על סמך הפרופיל הגנטי שלו. כפי שדווח בכתב-העת של האגודה הלאומית האמריקאית למדעים (PNAS), הצליחו המדענים, יחד עם החוקרת הבתר-דוקטוריאלית ד"ר מיכל שפר, להשתמש ב-Pathifier כדי לזהות תת-סוגים של סרטן שלא היו ידועים קודם, שהם בעלי פרוגנוזות שונות.
 
כפי שמשתמע משמו, ה-Pathifier  מנתח מסלולים ביוכימיים (באנגלית pathways), כלומר שרשרות של תגובות ביוכימיות השולטות בחיי התא, שכל אחד מהם כולל כ-20 עד 30 גנים. כ-500 מסלולים כאלה ידועים למדע. בכל גידול סרטני, לפחות כמה מהמסלולים אינם מתפקדים כראוי. למשל, אם קיים שיבוש במספר מסלולים האחראים לצמיחת התא, הוא מתחלק ללא ריסון, וכך נוצר גידול אשר ממשיך להתפתח. מידת השיבוש של מסלולים שונים היא שונה בסרטנים שונים ובכל חולה וחולה.
 
Pathifier משווה מידע גנומי מתאים סרטניים ומתאים בריאים, ונותן "ציון שיבוש" לכל מסלול ביוכימי. הסכום של ציונים אלה מהווה את הפרופיל של הגידול. המדענים מאמינים, כי פרופיל זה יכול לעזור בהערכת מידת התוקפנות של הסרטן, מאפשר לחזות את סיכויי הטיפול בו באמצעות תרופה מסוימת, ואולי אף יוכל לסייע בזיהוי תהליכים ביוכימיים מרכזיים, שבעתיד יהוו יעד לשיטות ריפוי חדשות.
 
היות שהאלגוריתם החדש מתמקד במסלולים ובתהליכים ביולוגיים, הוא נותן תמונה אמינה יותר של תכונות הסרטן – לעומת שיטות העוקבות אחר גנים בודדים. "זה כמו לבחון מכונית באמצעות בדיקת פעילות המנוע, הבלמים ומערכות אחרות שלה, במקום לפרק אותה לגורמים בסיסיים ולהסתכל על כל החלקים והברגים בנפרד", אומר פרופ' דומאני. יתר על כן, השיטה היא אמינה, מפני שהיא מסתמכת על ניתוח מאגרים גדולים של מידע גנומי ממאות חולים. יחד עם זאת, השיטה גם יעילה, מפני שהיא מתמקדת במידע חיוני בלבד, ואינה מנסה לכלול מספר עצום של פרטים גנומיים.
 
במחקר החדש הפעילו המדענים את אלגוריתם ה- Pathifierלבחון סרטן מוח מסוג גליובלסטומה. ידוע ממחקרים גנטיים קודמים, כי חולים עם סוג מסוים של סרטן זה חיים זמן ממושך יותר מאשר אחרים. בהסתמך על הפרופיל של הגידולים הצליח האלגוריתם לבודד תת-קבוצה של חולים שאכן חיים זמן ממושך יותר, לעומת שאר החולים הסובלים מאותו סוג סרטן. בנוסף, באמצעות ה-Pathifier זיהו המדענים שלושה מסלולים ביוכימיים בסרטן המעי הגס, שמידת השיבוש שלהם יכולה לחזות את תוחלת החיים של החולים.
 
ה-Pathifier יכול לשמש ככלי מחקר אשר מאפשר למדענים לעבד באופן אמין מידע גנומי הקשור לסרטן. אך בעתיד הוא יוכל להוביל לפיתוח סמנים שיעזרו לרופאים לבחור טיפולים מתאימים לחולים שלהם. סמנים אלה יהיו מבוססים על מדידה של רמת כימיקלים שונים המעידים על פעילותם של מסלולים ביוכימיים מרכזיים. הרופאים יסתמכו על סמנים אלה כדי להעריך את פרופיל השיבוש של הגידול.  
הטבלה מרכזת את "ציוני השיבוש" של מאות חולים עם גידול במוח: כל שורה מתייחסת למסלול או תהליך ביוכימי, וכל עמודה – לדגימה מחולה מסוים. כל צבע מסמל מספר – ערך "ציון השיבוש" של המסלול הביוכימי, כפי שחושב עבור החולה. כחול כהה מצביע על פעילות נורמלית של המסלול הביוכימי ברקמת מוח בריאה, לעומת אדום כהה המצביע על סטייה חזקה מהתנהגות נורמלית. קבוצת הדגימות של תאי מוח מאנשים בריאים מופיעה כפס אנכי כחול כהה, המסומן TgS7, המופיע באמצע הטבלה. הפס המסומן TgS15 מתאר את תת-הקבוצה של חולים בעלי תחזית הישרדות לזמן ממושך יותר
 
 
הטבלה מרכזת את "ציוני השיבוש" של מאות חולים עם גידול במוח: כל שורה מתייחסת למסלול או תהליך ביוכימי, וכל עמודה – לדגימה מחולה מסוים. כל צבע מסמל מספר – ערך "ציון השיבוש" של המסלול הביוכימי, כפי שחושב עבור החולה. כחול כהה מצביע על פעילות נורמלית של המסלול הביוכימי ברקמת מוח בריאה, לעומת אדום כהה המצביע על סטייה חזקה מהתנהגות נורמלית. קבוצת הדגימות של תאי מוח מאנשים בריאים מופיעה כפס אנכי כחול כהה, המסומן TgS7, המופיע באמצע הטבלה. הפס המסומן TgS15 מתאר את תת-הקבוצה של חולים בעלי תחזית הישרדות לזמן ממושך יותר
מדעי החיים
עברית

עמודים