התמונה האמיתית

עברית
 
 
רבים מאיתנו, בעולם המודרני, מבלים חלק ניכר מזמננו בצפייה בייצוגים דו-ממדיים של העולם התלת-ממדי: ציורים, צילומים, ומסכים אלקטרוניים. המוח שלנו יודע לתרגם באופן אוטומטי את התמונה השטוחה, ולהקנות לה עומק. נוסף על כך, המוח יודע גם, בין היתר, לקבץ עצמים ביחד, להשלים מידע חסר, לזהות עצמים שהוא מכיר גם כשהם מוצגים מזוויות לא מוכרות, ולאמוד מרחק בין עצמים. המחשב הממוצע, לעומת זאת, מתייחס לתמונות כאל אוסף נקודות בצבעים שונים, המונחות על סריג דו-ממדי. אחד האתגרים הגדולים הניצבים בפני מדעני המחשב הוא, כיצד ללמד את המכונות האלה לחלץ את המידע על העולם התלת-ממדי מתוך ייצוגו הדו-ממדי שנמצא ברשותם – ממש כפי שאנשים עושים; כלומר, באמצעות פעולות כמו מיון, סיווג, השוואה, ושימוש בידע נלמד.
 
מימין: נועם אייגרמן, ד"ר רועי פורן וד"ר ירון ליפמן. חיים אמיתיים
את אחד מתחומי עיסוקו של ד"ר ירון ליפמן, שהצטרף בשנת 2011 למחלקה למדעי המחשב ומתמטיקה שימושית במכון, ניתן להגדיר כ"מתמטיקה של שינויי צורה". מדובר הן בשינויי צורה המבחינים בין שני עצמים דומים זה לזה, והן בשינויי הצורה המתחוללים בעצם כאשר הוא מסתובב, מתעקם, נמתח או מתעוות. היישומים של עבודתו משתרעים על מיגוון רחב של תחומים, מביולוגיה והנדסה, ועד גרפיקה, אנימציה וראייה ממוחשבת.
 
אחת השאלות הבסיסיות עמה הוא מתמודד היא: כיצד אפשר לקבוע אם שני עצמים נתונים הם זהים או שונים? זו אינה משימה טריוויאלית, גם בעבור בני-אדם. לעין לא מיומנת תיראה ערימה של עצמות בעלי-חיים, לדוגמה, כאוסף של עצמים זהים, אולם איש מקצוע, כמו מורפולוג או פליאונטולוג, יוכל לסווג אותן למיני בעלי-חיים שונים. מומחיות זו מתפתחת לאורך שנים של תירגול, אך כשם שהאדם הממוצע מסוגל להבחין בין תפוח לאגס ללא כל היסוס, כך מבחין המומחה בין עצמות ממקורות שונים מבלי לעקוב באופן מודע אחר כל צעד בתהליך החשיבה המוביל אותו. כיצד, אם כן, אפשר לתרגם את התהליך המחשבתי הזה, שהוא, לפחות בחלקו, לא מודע, לאלגוריתם מחשב?
 
ד"ר ליפמן ושותפיו למחקר פיתחו אלגוריתם המשווה ומסווג פני שטח אנטומיים, כמו עצמות או שיניים, באמצעות ניתוח שינויי צורה סבירים המתרחשים במודלים התלת-ממדיים אשר מייצגים אותם. אדם הניגש למשימת השוואה בין עצמים יפעל בגישת "מלמטה למעלה": הוא יתמקד בדרך כלל בחיפוש סימנים מזהים בולטים, כמו, לדוגמה, בליטה או שקע בעלי צורה שקל לזהותם, ויחבר את כל הרמזים כדי להגיע למסקנה. המחשב נוקט גישה הפוכה, "מלמעלה למטה": הוא יוצר התאמה כוללת בין שני העצמים, כשהוא מתייחס לכלל פני השטח שלהם כאל יחידה גיאומטרית אחת, תוך מיזעור הכמות הכוללת של הפרעות להתאמה. ד"ר ליפמן בחן את האלגוריתם הזה באמצעות השוואת יכולתו לסווג עצמות ושיניים עם זו של פליאונטולוג מומחה. בכל המבחנים היו הישגי המחשב קרובים מאוד לאלה של האדם (איור 1). ד"ר ליפמן אומר, כי האלגוריתם נותן פתרון טוב למדענים שטרם רכשו די מומחיות, המעוניינים לזהות במהירות ובדייקנות מיני בעלי-חיים לפי דוגמאות של עצמות ושיניים. בעתיד, הוא מקווה, אפשר יהיה להפיק מאלגוריתמים דומים מידע ביולוגי רחב יותר.
 
איור 1: התאמה בין פני שטח אנטומיים (שן) שביצע מחשב (ארבע התמונות בשורה העליונה) וכזו שערך פליאונטולוג מומחה (למטה). אפשר לראות את הדמיון – והשוני – בין התוצאה אליה הגיע המחשב (התמונה הימנית למעלה) לבין זו של המומחה

 
האתגר הניצב בפני מדעני הראייה הממוחשבת – כיצד לפרש, לנתח ולהשוות תוכן חזותי באופן אוטומטי – הופך דוחק מאי-פעם. בניגוד לפני שטח של עצמים, בתמונות מצויים סימנים מזהים בולטים רבים ותכונות נוספות המקלות על המוח האנושי להשוות ביניהן. המחשב, לעומת זאת, ייחס חשיבות זהה לכל נקודה בתמונה. לכן, בדרך כלל, אדם יזהה בקלות כי זוג תמונות שצולמו בתאורה שונה ומזווית שונה מציגות למעשה אותו העצם, אולם אלגוריתם ממוחשב המבוסס על התאמת נקודות עשוי להתקשות בכך. הפתרון שמצא ד"ר ליפמן הוא הוספת אלגוריתם המזהה עיוות, כלומר, קובע גבול מתמטי לדרכים בהן יכול מיקבץ נקודות אחד לשנות צורה למיקבץ אחר. אף שהדבר עשוי להפתיע, שיטה זו מונעת את רוב השגיאות בתחום זה (איור 2).

נושא שלישי שמעניין את ד"ר ליפמן הוא יצירת מודלים של שינויי צורה תלת-ממדיים, המתארים העתקות ועיוותים בעלי תכונות גיאומטריות רצויות. נושא זה קשור לתחום האנימציה הממוחשבת, בו מתקיים חיפוש מתמיד אחר שיטות ליצירת תנועה "חיה" ואמיתית יותר על המרקע; לתחום ההנדסה, שבו משנים מודלים ממוחשבים של עצמים את צורתם ומועתקים ממקומם; וכן לתחומים כמו דימות רפואי ויצירת מודלים ממוחשבים. ההעתקות מבוססות על ייצוג העצמים כרשת של פירמידות, ובמהלך יצירת המודל של התנועה בוחן המחשב כיצד יש להזיז את רשת הפירמידות, כלומר, כיצד נעה כל פירמידה ביחס לאחרות. בחיים האמיתיים מעורבים בתנועה זו משתנים רבים, כמו גמישות, ותבניות תנועה אופייניות של מיפרקים ושל אזורי מפגש בין פני שטח שונים. ד"ר ליפמן מפתח מודלים ייחודיים לתנועה ולשינויי צורה (איור 3), המונעים היווצרות עיוותים גדולים או חדירת חלק אחד של העצם לחלק אחר שלו (לדוגמה, מונעים מהיד לחדור אל תוך הראש כאשר אדם מגרד את ראשו) – שתיים מהדרישות העיקריות ממודלים לשינויי צורה, לצורך יישומם כמייצגים של "החיים האמיתיים".

איור 2: התאמה בין שתי תמונות. במרכז: מערך של זוגות השוואה אפשריים בין שתי התמונות. למטה: תוצאות האלגוריתם הבוחר את מה שנראה לו כ"זוגות הנקודות המתאימים ביותר"           איור 3: שינוי צורה של מודל של כף יד (משמאל). שימוש באלגוריתם שינוי צורה סטנדרטי (במרכז) מוביל לעיוותים גדולים (באדום) ולהיפוכים (בצהוב). מודל שינוי צורה בעל חסמים על גודל העיוות יכול ליצור העתקה דומה ללא היפוכים ועם עיוות חסום (מימין)

 
 
 
 
 
 
 
שינוי צורה של מודל של כף יד (משמאל). שימוש באלגוריתם שינוי צורה סטנדרטי (במרכז) מוביל לעיוותים גדולים (באדום) ולהיפוכים (בצהוב). מודל שינוי צורה בעל חסמים על גודל העיוות יכול ליצור העתקה דומה ללא היפוכים ועם עיוות חסום (מימין)
מתמטיקה ומדעי המחשב
עברית

שערים לוגיים, מחשבים ביולוגיים

עברית
 
מימין: לילך מילוא, ד"ר תום רן ופרופ' אהוד שפירא. ביולוגיה סינתטית
 
 
בעתיד הרחוק – כך מקווים מדענים – יסתובבו מחשבים זעירים בתוך גופנו, כשהם מצוידים בידע רפואי, יזהו מחלות בשלביהן הראשוניים, ויטפלו בהן בו במקום על-ידי שחרור תרופה מתאימה – ללא התערבות חיצונית. כדי שהחזון הזה יקרום עור וגידים, המחשבים צריכים להיות די קטנים כדי להיכנס לתוך תאי הגוף. בנוסף, עליהם לדעת "לדבר" עם המערכות השונות בתא. הדרך היעילה ביותר להתמודד עם שני האתגרים האלה היא ליצור מחשבים המבוססים על מולקולות ביולוגיות, כמו די-אן-אי או חלבונים. זהו אינו רעיון מופרך, שכן יצורים ביולוגיים התפתחו כך שיוכלו לקלוט מידע, לעבד אותו ולהגיב אליו – באופן המזכיר את פעולתו של מחשב. מדענים ממכון ויצמן למדע עשו באחרונה צעד חשוב בכיוון זה, כאשר הצליחו לפתח התקן גנטי עצמאי אשר פועל בהצלחה בתוך תאי חיידקים. ההתקן תוכנת כך שיאבחן פרמטרים מסוימים, ויגיב עליהם בהתאם.

שער לוגי מסוג NOR. במידה ושני גורמי השיעתוק אינם נמצאים בתא, ההתקן מגיב ביצירת אור ירוק

 

ההתקן שיצרו המדענים – פרופ' אהוד שפירא וד"ר תום רן, מהמחלקה לכימיה ביולוגית ומהמחלקה למתמטיקה שימושית ומדעי המחשב – בוחן את נוכחותם של גורמי השיעתוק, חלבונים המווסתים את ביטוי הגנים בתא. במקרים רבים, בעקבות פעילות לא תקינה של גורמים אלה, משתבש ביטויים של גנים שונים, דבר שמוביל להתפתחות מחלה. כך, לדוגמה, בתאים סרטניים משתבשים הגורמים המווסתים את הגדילה ואת החלוקה, דבר שמוביל לחלוקת תאים מוגברת ולהיווצרותו של גידול. ההתקן – אשר עשוי מרצף די-אן-אי שהוחדר לחיידק על-גבי פלסמיד – מבצע מעין "בדיקת נוכחות" של גורמי השיעתוק. אם תוצאות הבדיקה תואמות את הפרמטרים שתוכנתו בו מראש, הוא מגיב ביצירת חלבון הפולט אור ירוק – וכך מספק חיווי חיצוני לאיבחון ה"חיובי". במחקרי המשך, הכוונה היא להחליף את החלבון הפולט אור ירוק בחלבון שישפיע על עתיד התא, כמו לדוגמה, חלבון שיגרום לתא להתאבד. כך ינווט ההתקן אל מותם אך ורק תאים שאובחנו באופן "חיובי".

 
שער לוגי מסוג NOR. נוכחות גורמי השיעתוק חוסמת את הגישה של האנזים המשעתק (Plymerase) לדי-אן-אי, ולכן לא נוצר החומר הירוק
 
ההתקן הראשון שיצרו המדענים הוא למעשה שער לוגי מסוג NOR: התקן זה מתוכנת לבדוק את נוכחותם של שני גורמי שיעתוק, ולהגיב ביצירת אור ירוק אך ורק אם שני הגורמים אינם נמצאים בתא. ואכן, כאשר החדירו המדענים את ההתקן לארבעה סוגי חיידקים מהונדסים גנטית - סוג שמייצר את שני גורמי השיעתוק, סוג שאינו מייצר אף אחד מהם, ושני סוגים שכל אחד מהם מייצר רק אחד מהגורמים - זרחו בירוק רק תאי החיידקים הנכונים. בהתבסס על ההתקן הגנטי הראשון יצרו בהמשך המדענים התקנים גנטיים מורכבים יותר, המיישמים שערים לוגיים מוכרים מעולם הנדסת האלקטרוניקה: שער לוגי מסוג AND (התקן גנטי המתוכנת לאבחן ולייצר אור ירוק אך ורק אם שני גורמי השיעתוק נמצאים בתא), שער לוגי מסוג OR(התקן גנטי המתוכנת לאבחן ולייצר אור ירוק אך ורק אם לפחות אחד מגורמי השיעתוק נוכח), ושער לוגי מסוג NOT (התקן גנטי אשר מאבחן את נוכחותו של גורם שיעתוק אחד, ומייצר אור ירוק אך ורק אם הוא אינו נוכח בתא החיידק). תוצאות המחקר, בו השתתפו גם תלמידי המחקר יוני דואק ולילך מילוא, התפרסמו באחרונה בכתב-העת המדעי Scientific Reports.
 
בעקבות התוצאות המוצלחות בתאי חיידקים, מתכננים החוקרים להמשיך לבחון כיצד ניתן לתכנת ו"לגייס" את החיידקים כמערכת יעילה ונוחה לתפעול למטרות רפואיות, אותה אפשר יהיה גם להחדיר בקלות לגוף האדם (באופן טבעי, בגוף האדם יש פי עשרה תאים חיידקים מתאים אנושיים). מטרה נוספת היא הפעלת מערכת דומה בתוך תאים אנושיים – שהם מורכבים בהרבה מתאי חיידקים.
 

מכונות סינתטיות, מולקולות ביולוגיות

במחקר אחר שנעשה במעבדתו של פרופ' שפירא הצליחו המדענים ליצור "מכונה" סינתטית, עשויה ממולקולות ביולוגיות, ולתכנת אותה כך שתזהה רצף מסוים של די-אן-אי המצוי בתוך תאים חיים, ותשמיד תאים המכילים רצף שגוי. המדענים מאמינים, כי הרעיון המונח בבסיס המכונה החדשה עשוי להוביל לפיתוח שיטות איבחון חדשות ורגישות ביותר, ולהוות צעד חשוב במאמץ המתמשך ליצור ממשקים בין מולקולות ביולוגיות וסינתטיות.
מימין: תמיר ביז'ונר, פרופ' אהוד שפירא וד"ר תובל בן יחזקאל
 
ד"ר תובל בן יחזקאל ותמיר ביז'ונר, ממעבדתו של פרופ' שפירא, יצרו שורה של עותקים של מכונות המבוססות על די-אן-אי. כל אחד מהעותקים הכיל רצף משתנה, שמטרתו לזהות גן מטרה כלשהו, וכן רצף גנטי זהה, מתוכנת מראש. רצף זה מתפקד כמעין "סוכן חשאי", ה"מגייס" לעזרתו מנגנונים טבעיים בתוך התא. לאחר החדרתן לתאי החיידקים גייסו המכונות הזעירות את ה"מגיהים" של התא: מנגנוני התיקון התאיים, שתפקידם הוא לחפש טעויות באותיות הגנטיות – A ,T ,G ו-C. טעויות אלה, הנוצרות בעיקר בזמן חלוקת התא, גורמות לכך שהאות הגנטית המופיעה על גדיל די-אן-אי אחד אינה תואמת את האות המקבילה בגדיל השני. באופן נורמלי, מנגנוני ההגהה מוציאים את האות השגויה מגדיל הדי-אן-אי, ומשתמשים במידע על הגדיל המקביל  לצורך תיקון הטעות. בניסוי זה, המכונה משתמשת במנגנוני התיקון התאיים, ומספחת אותם, במטרה להשמיד את התא במקרה בו זוהתה שגיאה ברצף אותו תוכנתה המכונה לבדוק. לכן, רק תאים שמכילים רצף נקי מטעויות ישרדו את התהליך.
 
בניסוי זה תוכנתו המכונות לשמור על גנים אשר לא נשאו כל יתרון אבולוציוני-סלקטיבי עבור החיידקים. יכולת זו היא אחת מיתרונות השיטה הנוכחית. בשיטות אחרות, המבוססות על האופן בו פועלת הברירה הטבעית, תלוי תהליך הברירה בין רצפים שגויים לרצפים נכונים בתיפקוד של הגן. בנוסף, הן עשויות להחמיץ טעויות קטנות ברצף הגנטי.
 
 
"מכונת הדי-אן-אי" מורכבת ממערך קלט (בירוק) המכיל עותקים רבים של אותו גן ורצף המבצע את ה"החלטה" (בכחול), שהוחדר באמצעו של גן עמידות לפניצילין (אפור)
 
גרסאות משופרות של המכונות שהומצאו במחקר זה יוכלו לשמש מדענים שמבקשים להבטיח את הדיוק של הרצפים הגנטיים איתם הם עובדים; לדוגמה, במקרים בהם המדען מייצר די-אן-אי סינתטי, ומעוניין להבטיח כי הרצף נקי ממוטציות. המדענים סבורים, כי לרעיון שפיתחו עשויים להיות יישומים גם בתחום הרפואה: אפשר יהיה להשתמש במכונות כאלה כדי לאתר גנים המצויים בכמויות זעומות בדם – כמו, לדוגמה, מוטציות הרסניות בתאי עובר בודדים המצויים בדם האם, או מוטציות הגורמות לסרטן שמופיעות בתאים בודדים. זאת, משום שהמכונות יוכלו להעשיר את אוכלוסיית מולקולות הדי-אן-אי הפגומות, וכך לשפר את הגילוי שלהן.

 

הממצאים, שהתפרסמו באחרונה בכתב-העת המדעי PLoS One, משלבים היבטים של שני תחומי מחקר צעירים יחסית: ביולוגיה סינתטית ומיחשוב ביולוגי. הם ממחישים כיצד אפשר להחדיר רצף גנטי מעשה ידי אדם לתוך תא חי, ולקיים קשרי גומלין עם המנגנונים הטבעיים בתוכו - הישג שמהווה אתגר מתמשך ורב-משקל עבור מדענים בתחום הביולוגיה הסינתטית. בעזרתם של המנגנונים הטבעיים מתנהג המכשיר הסינתטי כמו גרסה פשוטה של מחשב: הקלט הוא רצף הדי-אן-אי של התא – אשר עשוי להיות נכון או להכיל טעויות, וזה מעובד לשם קבלת פלט – במקרה זה, שמירה של התא או השמדה שלו. "מחקרים עתידיים בכיוון זה עשויים להוביל לשילוב מכשירים מדי-אן-אי מלאכותי בסביבות תאיות מורכבות עוד יותר, כמו יצורים רב-תאיים", אומר פרופ' שפירא. "התפתחות כזו עשויה להוביל לשורה ארוכה של יישומים". 
 

אופרה אחרת

 
בשנים האחרונות לומד פרופ' שפירא פיתוח קול באקדמיה למוסיקה. באחרונה הופיע במכון בתפקיד פרופסור אוברון, גיבור "גרסה מדעית" של
  - האופרה La Serva Padrona מאת ג'יובאני בטיסטה פרגולזי (1736-1710). האופרה נכתבה על-פי מחזה של ג'אקופו אנג'לו נלי. תרגום והתאמה לעולם המדע: אהוד שפירא. בימוי: שירית לי וייס. פסנתר ועיבוד מוסיקלי: רויטל חכמוב. סופרן: יעלה אביטל. בס: אהוד שפירא.
 
תקציר סיפור המעשה: פרופ' אוברון (פרופ' אהוד שפירא) הוא חנון מצוי, רווק מושבע, שכל עולמו הוא המעבדה. סרפינה (יעלה אביטל) היא עוזרת המחקר שלו – צעירה, פרועה ומלאת חיות. ביניהם מתנהל מאבק כוחות מתמיד. הרוחות במעבדה מתלהטות, גם היצרים, ומכאן הסיפור כמעט יוצא משליטה.
 
 
 
 
 
שער לוגי מסוג NOR. נוכחות גורמי השיעתוק חוסמת את הגישה של האנזים המשעתק (Plymerase) לדי-אן-אי, ולכן לא נוצר החומר הירוק
מתמטיקה ומדעי המחשב
עברית

פרויקט התינוק הדיגיטלי

עברית
 
 
 
 
תינוקות לומדים במהירות להשליט סדר בעולם שסובב אותם; למעשה, יכולת התפיסה שלהם – כבר בגיל צעיר ביותר – עולה בהרבה על זו של מערכת אינטליגנטית ממוחשבת. השאלה, כיצד תינוקות יוצרים את תמונת העולם שלהם, מהווה אתגר לחוקרים בתחומי הפסיכולוגיה הקוגניטיבית ומדעי המחשב כאחד. התינוקות, מצד אחד, אינם יכולים להסביר לחוקרים כיצד הם לומדים להבין את סביבתם. מחשבים, מהצד האחר, למרות תיחכומם הרב, עדיין זקוקים לעזרה אנושית כדי לסווג ולזהות עצמים במטרה ללמוד אותם. מדענים רבים סבורים, כי כאן בדיוק קבור הכלב: כדי שמחשבים יוכלו "לראות" את העולם כפי שאנו רואים אותו, עליהם ללמוד לסווג ולזהות עצמים – בדומה מאוד לאופן שבו עושים זאת תינוקות.
 
חיזוי כיוון המבט: תוצאות האלגוריתם (באדום), לעומת תוצאות של שני נבדקים (בירוק). תמונות הפנים (מלמעלה למטה) הן של פרופ' שמעון אולמן, דניאל הררי, ונמרוד דורפמן
 

 

פרופ' שמעון אולמן, ותלמידי המחקר דניאל הררי ונמרוד דורפמן, מהמחלקה למדעי המחשב ומתמטיקה שימושית במכון, יצאו לחקור את אסטרטגיות הלמידה של תינוקות, ויצרו מודל ממוחשב המבוסס על העקרונות שלפיהם תינוקות מסתכלים על העולם. המחקר שלהם התמקד בידיים. תינוקות לומדים תוך חודשים ספורים להבחין בין הידיים לבין עצמים אחרים או חלקי גוף אחרים למרות שהיד היא איבר מורכב ביותר: היא עשויה להופיע במיגוון גדלים וצורות, ולנוע באופנים שונים. צוות המדענים יצר אלגוריתם לזיהוי ידיים, במטרה לבחון האם המחשב יכול ללמוד לזהות כפות ידיים באופן עצמאי מתוך סרטי וידאו, גם כאשר הידיים מופיעות בצורות שונות, או נראות מזוויות שונות. האלגוריתם לא אמר למחשב באופן ישיר "זו היא יד", אלא נדרש לגלות, תוך כדי הצפייה בסרטים, מה הם המאפיינים של ידיים.
 
האלגוריתם התבסס על מספר תובנות לגבי הגירויים שמושכים את תשומת ליבם של תינוקות. לדוגמה, תינוקות מסוגלים לעקוב אחרי תנועה מהרגע בו הם פוקחים את עיניהם, ותנועה זו עשויה "להצביע" על  עצמים מסוימים שאותם כדאי להם לבחור מתוך הסביבה. המדענים שאלו, האם סוגים מסוימים של תנועה עשויים להיות בעלי משמעות רבה יותר לתינוקות לעומת סוגים אחרים, והאם סוגים אלה יכולים לספק את המידע הנחוץ ליצירת מושג חזותי. לדוגמה, יד יוצרת שינוי בשדה הראייה של התינוק, משום שבדרך כלל היא מזיזה חפצים. בסופו של דבר התינוק לומד להכליל, ולקשר בין האירוע של עצם המזיז עצם אחר לבין הופעתה של יד. המדענים כינו את הפעולה הזאת בשם "אירוע הזזה".
 
לאחר שתיכננו אלגוריתם הלומד לזהות אירועי הזזה, המדענים "הראו" למחשב סדרה של סרטונים. בחלקם נראו אירועי הזזה: ידיים שמשנות את מיקומם של עצמים שונים. סרטונים אחרים צולמו מנקודת מבטו של תינוק, המתבונן בתזוזת הידיים שלו-עצמו, וסרטונים נוספים הראו תנועות ידיים אחרות, שאינן מעורבות בהזזת עצמים, או תבניות כלליות כמו אנשים וחלקי גוף שונים. תוצאות הניסויים האלה הראו בבירור, שדי באירועי הזזה כדי ללמד את המחשב לזהות ידיים, וכי אמצעי זה יעיל הרבה יותר מכל השיטות האחרות – כולל צפייה בידיים של הצופה עצמו.
 
 
פרופ' שמעון אולמן
בכך לא הושלם המודל. באמצעות אירועי ההזזה המחשב אמנם הצליח ללמוד לזהות ידיים, אולם הוא עדיין התקשה כשנתקל בתנוחות שונות שלהן. שוב חיפשו המדענים את הפתרון בעקרונות המנחים את תפיסתם של תינוקות: אלה יכולים לא רק לזהות את התנועה, אלא גם לעקוב אחריה. בנוסף, הם מקדישים תשומת לב רבה לפנים. כאשר הוסיפו לאלגוריתם מנגנון המאפשר לעקוב אחר הידיים שזוהו – וכך ללמוד את התנוחות האפשריות שלהן, וכן להשתמש בפנים ובגוף כבנקודת ייחוס למיקום ידיים, השתפר תהליך הלמידה במידה ניכרת.
 
בשלב הבא של המחקר התבוננו המדענים בעיקרון נוסף של למידת תינוקות, שמחשבים מתקשים לתפוס – לקבוע על מה מסתכל אדם אחר. המדענים התבססו על שתי התובנות בהן השתמשו קודם - שאירועי הזזה הם חיוניים, ושתינוקות מגלים עניין בפנים, והוסיפו תובנה שלישית: כאשר אנשים אוחזים עצם כלשהו בידיהם, הם מסתכלים בכיוון הידיים. בהתבסס על שלושת העקרונות האלה יצרו המדענים אלגוריתם נוסף, ובחנו את הרעיון שתינוקות לומדים לזהות את כיוון המבט באמצעות קישור בין פנים לבין אירועי הזזה. ואכן, המחשב הצליח ללמוד לעקוב אחרי כיוון המבט במידת הצלחה המשתווה לזו של אדם בוגר.
 
המדענים סבורים, כי המודלים שיצרו מראים, שתינוקות נולדים עם תוכניות "מחווטות" מראש במוחם, כמו העדפות לסוגים מסוימים של תנועה או של אותות ויזואליים. הם מתייחסים לתוכניות אלה כאל "מושג מוקדם", מעין אבני בניין מוכנות מראש, שבאמצעותן יכולים התינוקות להתחיל להרכיב ולהבין את תמונת העולם. כך, לדוגמה, "המושג המוקדם" הבסיסי של אירועי הזזה יכול להתפתח לכדי הבנת מושגים כמו ידיים או כיוון המבט, ובסופו של דבר להוביל לתפיסה של רעיונות מורכבים עוד יותר, כמו אנשים, עצמים, והיחסים ביניהם.
 
מחקר זה מהווה חלק ממאמץ מדעי נרחב יותר, המכונה "פרויקט התינוק הדיגיטלי". "הרעיון הוא ליצור מודלים ממוחשבים לתהליכים קוגניטיביים מוקדמים מאוד", אומר דניאל הררי. נמרוד דורפמן מוסיף: "מצד אחד, תיאוריות כאלה יכולות לשפוך אור על ההתפתחות הקוגניטיבית האנושית. מהצד השני, הן יקדמו את פיתוחן של טכנולוגיות חכמות כמו מחשבים רואים, מכונות לומדות, רובוטים וכדומה".
 
ארוע הזזה מתגלה בתא המסומן באדום: התנועה מגיעה אל תוך התא (שמאל), נשארת בו זמן קצר (מרכז), ועוזבת אותו (ימין), כשהיא משנה את מראהו. התנועה מוצגת בצבעים: צבעים חמים יותר מייצגים תנועה מהירה יותר
 
 
 
 
 
 
דניאל הררי ונמרוד דורפמן. מכונות לומדות
מתמטיקה ומדעי המחשב
עברית

בנויים לקשר

עברית
 
 
יקיר רשף והילרי פינוקן. הולך ומתהדק
 
קשרים הם עניין מסובך, אך למזלו של יקיר רשף, נראה כי גילוי קשרים משמעותיים הוא דווקא הצד החזק שלו. יקיר, שנולד בישראל בשנת 1987 וגדל בארה"ב, הכיר את הילרי פינוקן בחטיבת הביניים, ומאז ועד היום הקשר ביניהם הולך ומתהדק: שניהם למדו במחלקה למתמטיקה באוניברסיטת הרווארד, ושניהם נמצאים כיום בפקולטה למתמטיקה ומדעי המחשב במכון ויצמן למדע. יקיר הוא חוקר הנתמך במלגת פולברייט, כסטודנט אורח בקבוצתו של פרופ' מוני נאור, והילרי לומדת לתואר שלישי בקבוצתו של פרופ' איתי בנימיני.
 
לאור כל זאת לא צריכה להפתיע העובדה, כי שני בני הזוג חתומים במשותף על מאמר שהתפרסם באחרונה בכתב העת Science, אשר עוסק בקשרים. מה שעשוי להפתיע בכל זאת הוא, ששותף נוסף במאמר הוא אחיו של יקיר, ד"ר דוד רשף, מדען בתחום מדעי המחשב במכון ברוד שליד המכון הטכנולוגי של מסצ'וסטס ואוניברסיטת הרווארד (Broad Institute of MIT and Harvard). המאמר מציג שיטה חדשה לעיבוד מידע, אשר מסוגלת לסרוק מערכים מורכבים של נתונים, ולאתר קשרים ומגמות מעניינים – שאין אפשרות לזהותם באמצעים אחרים לניתוח סטטיסטי.
 
"כאשר הייתי סטודנט בהרווארד, אחי ביקש ממני לעזור לו ליצור תוכנית מחשב שתבצע ויזואליזציה וניתוח של מערכי מידע גדולים בתחום בריאות הציבור. כשהתחלנו לעבוד, גילינו שכדי לעשות זאת, עליך קודם כל להחליט אילו קשרים להביא בחשבון", מסביר יקיר. תנאי זה, שעשוי להישמע פשוט, הולך ומסתבך ככל שמערכי הנתונים גדלים. כך, לדוגמה, מיקרוביולוגים אשר מעוניינים לנתח קשרים בין אוכלוסיות חיידקים השוכנים במעי של בני אדם ושל יונקים אחרים, מתמודדים עם טריליוני חיידקים. גם אם נצמצם את מערך הנתונים כך שיכיל רק 7,000 חיידקים, הרי שעדיין נקבל מעל 22 מיליון קשרים אפשריים בין זוגות חיידקים. מדובר באוקיינוס עצום של מידע, כל עוד איננו יודעים אילו סוגי תבניות לחפש. אתגרים מסוג זה, הכוללים מערכי מידע אשר מבוססים על אלפי משתנים, הולכים ונעשים נפוצים בתחומים שונים כמו גנומיקה, פיסיקה, מדעי המדינה, כלכלה ועוד, והביקוש לכלים יעילים לעיבוד המידע הולך וגדל.
 
המדענים הבינו שהם זקוקים לאלגוריתם שיוכל לגלות קשרים חדשים וחשובים, אך גם בלתי-צפויים – כאלה שעלולים היו לחמוק מן העין. השיטה שפיתחו – בהדרכת פרופ' מייקל מיצנמאכר מבית הספר להנדסה ולמדעים יישומיים בהרווארד, ופרופ' פרדיס סבטי ממכון ברוד – קרויה "מקדם מידע מרבי" (MIC - maximal information coefficient). היא מבוססת על הרעיון, שאם קיים קשר בין שני משתנים, אפשר לקבוע סרגלי ערכים עבור כל אחד מהם – שייצרו ביחד סריג משותף – אשר יבליטו את הקשר. האלגוריתם שמחשב את מקדם המידע המרבי סורק את הסריגים הרבים שאפשר ליצור באופן זה, בוחר בטוב שביניהם, ומכמת על פיו את חוזקו של הקשר. אפשר לחשב את מקדם המידע המרבי עבור כל צמד משתנים במערך הנתונים, לדרג את הצמדים על-פי הניקוד שקיבלו (ככל שהניקוד גבוה יותר, כך הקשר חזק יותר), ולאחר מכן לבחון את הצמדים שקיבלו את הניקוד הגבוה ביותר – כלומר, המשתנים בעלי ההשפעה החזקה ביותר זה על זה.
 
כדי לבחון את השיטה החדשה, הפעילו אותה המדענים על מספר מערכי נתונים, בתחומים כמו בריאות הציבור, ביטוי גנים, אוכלוסיות חיידקים במעי, וליגות בייסבול, והישוו את תוצאות האלגוריתם החדש לתוצאות המתקבלות בשיטות אחרות.
 
בניתוח נתוני חיידקי המעי הצליח האלגוריתם לצמצם את 22 מיליון זוגות המשתנים למאות אחדות של קשרים מעניינים, שרבים מהם לא התגלו באמצעות שיטות אחרות. כך, לדוגמה, התגלו מצבים של "אי-קיום במקביל", כלומר, כאשר סוג אחד של חיידק נפוץ מאוד, סוג אחר איננו נפוץ. כמה מאותם מצבי "אי-קיום במקביל" הם מקרים מוכרים, וידוע כי הם נגרמים עקב המזון שצורך בעל החיים שבו שוכנים החיידקים, ואילו מצבים אחרים היו ייחודיים, ורמזו על האפשרות כי קיים גורם נוסף, פרט לסוג המזון, אשר משפיע על מצב זה.
 
גרף המתאר את הקשר בין תת-מינים שונים של חיידקי מעי. הצמתים מייצגים את התת-מינים, והצלעות המחברות אותם מייצגות את 300 הקשרים הלא-ליניאריים העיקריים. גודל הצומת פרופורציונלי למספר הקשרים שלו. צלעות שחורות מייצגות קשרים המוסברים על-ידי צריכת מזון. הצמתים מוקפים בצבע בהתאם לחלקן היחסי של הצלעות השחורות, מתוך כל הצלעות הסמוכות להם (0% בכחול, 100% באדום)
 
בדוגמה אחרת בדק צוות המדענים מאגר נתונים של ארגון הבריאות העולמי, אשר כולל 357 משתנים ב-200 מדינות. אחד הקשרים המעניינים, שנמצאו באיי האוקיינוס השקט, היה יחס ישר בין השמנה בקרב נשים לבין רמת ההכנסה למשק הבית – בניגוד למתרחש בארצות אחרות, בהן ההשמנה קודם עולה ואחר כך יורדת. הסבר אפשרי לממצאים החריגים הוא, שבאיים אלה נחשבת השמנה לסמל סטטוס. הרבה שיטות מקובלות יגדירו מגמה חריגה כזו כ"רעש רקע", אולם האלגוריתם החדש מסוגל לזהות את קיומם של קשרים גם כאשר מדובר במגמות שונות – ואף מנוגדות.
 
ניתוח נתוני הבייסבול באמצעות האלגוריתם הראה, כי מספר החבטות, מספר הבסיסים, ומספר ההקפות שמייצר השחקן עבור הקבוצה הם הגורמים העיקריים הקובעים את משכורתו, בעוד ששיטות סטטיסטיות אחרות מיקמו בראש הרשימה שלושה גורמים אחרים. מי צודק? החוקרים מתכוונים להניח לאוהדי בייסבול להכריע בשאלה אילו גורמים משפיעים – או צריכים להשפיע – על משכורתם של השחקנים.
 
"שלא כמו שיטות אחרות, השיטה שלנו מעניקה ניקוד גבוה לטווח רחב של סוגי קשרים המסתתרים במאגרי נתונים גדולים, אך היא מסוגלת לתת ניקוד זהה גם לקשרים המוסתרים על-ידי רעשי רקע", אומרת הילרי פינוקן. ומשלים יקיר רשף: "במילים אחרות, היא מסוגלת למצוא דברים מעניינים שלא ציפית למצוא, וקשה לגלות אותם עם שיטות ניתוח אחרות".
 
ובנוגע להילרי וליקיר, נראה כי העבודה המשותפת על האלגוריתם עזרה להם להגדיר את סוג הקשר בעל הניקוד הגבוה ביותר עבורם – נישואין. "זה באמת נפלא עבורנו ששנינו חולקים את האהבה למתמטיקה", אומרים בני הזוג, שחולקים עוד אהבות משותפות – לנגינה בפסנתר, לריצה ולבישול.
יקיר רשף והילרי פינוקן. הולך ומתהדק
מתמטיקה ומדעי המחשב
עברית

קשרי משפחה

עברית
 
 
מימין: פרופ' אהוד שפירא, פרופ' נאוה דקל, פרופ' שלו איצקוביץ, ד"ר רבקה אדר. עומדים: יצחק רייזל וד"ר נועה צ'פאל-אילני. קירבה משפחתית
 
מקורן של הביציות בגוף האשה הוא נושא שאינו מובן לחלוטין ונתון במחלוקת. בשנים האחרונות הועלתה אפשרות, כי יצירת הביציות נמשכת גם בנקבה הבוגרת – בניגוד לתיאוריה המקובלת עד כה, הגורסת כי הנקבה נולדת עם מלאי ביציות סופי. מחקר מאוחר יותר טען, כי המקור של ביציות מתחדשות אלה הוא תאי גזע שמקורם בלשד העצם. מדענים ממכון ויצמן למדע הצליחו להפריך את הטענה שביציות נוצרות בלשד העצם, ולהצביע על כיווני מחקר חדשים, שיאפשרו לבדוק אם אכן מתרחשת אספקת ביציות חדשות בבגרות. ממצאיהם, המבוססים על שיטה מקורית לשיחזור "שושלות יוחסין" של תאים, התפרסמו באחרונה בכתב-העת המדעי המקוון PLoS Genetics.
 
השיטה לקביעת שושלות יוחסין של תאים, שפותחה במהלך השנים האחרונות במעבדתו של פרופ' אהוד שפירא, מהמחלקה לכימיה ביולוגית ומהמחלקה למתמטיקה שימושית ומדעי המחשב במכון ויצמן למדע, מבוססת על העובדה שהחומר הגנטי שבכל התאים עובר מוטציות, ומוטציות אלה מועברות לתאי הבת בזמן חלוקת התא. אפשר להשתמש במוטציות האלה כדי לבדוק אם קיימת קירבה בין תאים, ואף לקבוע את מידת הקירבה (כלומר – מספר הדורות עד לתא אב משותף), וכך לייצר "עץ משפחה" תאי. פרופ' שפירא, ביחד עם חברי קבוצתו, ד"ר שלו איצקוביץ וד"ר רבקה אדר, בשיתוף עם פרופ' נאוה דקל מהמחלקה לבקרה ביולוגית, ותלמיד המחקר מקבוצתה יצחק רייזל, השתמשו בשיטה זו כדי לקבוע האם ייתכן, שמקורם של תאי ביצית הוא בתאי גזע שבלשד העצם. ממצאי המחקר מראים, כי התאים מרוחקים מאוד זה מזה מבחינה גנטית, ולכן לא ייתכן כי אחד מהם הוא האב של התא האחר.
 
המדענים גם הופתעו לגלות, כי הביציות שבעכברות בוגרות עברו חלוקות תאים רבות יותר מאלו שבעכברות צעירות. ייתכן כי הסיבה לכך היא שמלאי הביציות אכן מתחדש במהלך הבגרות, אך קיימת גם אפשרות שהביציות נוצרו כולן לפני הלידה, אבל עברו מספר שונה של חלוקות, וכי ביציות שמקורן במספר חלוקות מועט יותר, עוברות ביוץ בשלב מוקדם יותר. כדי להכריע בין שתי אפשרויות אלו יידרש מחקר נוסף.
 
"שאלות מרכזיות רבות בביולוגיה וברפואה הן למעשה שאלות על 'שושלות יוחסין' של תאים", אומר פרופ' שפירא. ואכן, סדרת מחקרים שביצעו בחודשים האחרונים פרופ' שפירא וחברי קבוצתו, בשיתוף עמיתים נוספים, הוכיחו את יעילותה ואת גמישותה של השיטה. כך, לדוגמה, בדקו המדענים את תיאורית "הגדיל הנצחי" (immortal strand), הטוענת כי במהלך חלוקת תא הגזע (בה נוצר תא גזע חדש ותא ממוין), מועבר גדיל הדי-אן-איי הזקן יותר לתא הגזע. המחקר גילה, כי תאי הגזע המצויים במעי אינם מכילים "גדיל נצחי", ואישר ממצאים קודמים בנושא זה.
 
מחקר נוסף נועד לתת מענה לשאלה בדבר הקשר בין שני סוגי תאים המצויים ברקמת שריר מתפתחת: תאים מיוגניים, שמהם נוצרים סיבי השריר, ותאים לא-מיוגניים, שאינם יוצרים סיבי שריר. שושלת היוחסין הראתה, כי מידת הקירבה בין שני סוגי התאים, המצויים ברקמת שריר אחת, היא גדולה יותר מהקירבה שבין תאים השייכים לאותו סוג – אך מצויים בשרירים שונים.
 
אחד היתרונות המיידיים של המערכת שפיתח הצוות של פרופ' שפירא הוא, שמדובר בסקירה לא פולשנית, ולכן אפשר ליישם אותה על תאים אנושיים. מרבית המחקרים האחרים בתחום ההתפתחות מבוססים על חיות מעבדה מהונדסות גנטית, שתאי הגזע שלהן מסומנים באמצעות סמנים פלואורסצנטיים. בנוסף להיותה כלי מחקרי יעיל ורב-עוצמה, פרופ' שפירא סבור כי יום אחד אפשר יהיה להשתמש בשיטה החדשה גם לצורך אבחון. כך, לדוגמה, רופאים יוכלו לגלות באמצעותה את ההיסטוריה של תאים סרטניים בודדים, ולקבוע את שיטת הטיפול הטובה ביותר בגידול.
 
במחקרים השתתפו גם נועה צ'פל-אילני, אדריאן יניק, ד"ר אלעד שגב, פרופ' ערן סגל וד"ר יוסף מרובקה מהמחלקה למדעי המחשב ומתמטיקה שימושית; ציפורה מרקס, אינה הורוביץ ואדם וסרשטרום מהמחלקה לכימיה ביולוגית; ד"ר יהודית אלבז וד"ר נאוה נבו מהמחלקה לבקרה ביולוגית; ד"ר אבי מאיו מהמחלקה לביולוגיה מולקולרית של התא במכון ויצמן למדע; וכן ד"ר גבי שפר, ד"ר אירנה שור ופרופ' דפנה בניהו מאוניברסיטת תל אביב, ופרופ' קרל סקורקי וד"ר לירן שלוש מהטכניון ומהמרכז הרפואי רמב"ם.
 
קביעת עץ המשפחה של תאי עכבר מראה, כי תאי הביציות (באדום) מרוחקים מבחינה גנטית משני סוגים של תאי גזע בלשד העצם (בצהוב ובכחול)
 
 
מימין: פרופ' אהוד שפירא, פרופ' נאוה דקל, פרופ' שלו איצקוביץ, ד"ר רבקה אדר. עומדים: יצחק רייזל וד"ר נועה צ'פאל-אילני. קירבה משפחתית
מתמטיקה ומדעי המחשב
עברית

חישוב בעיניים עצומות

עברית
 
 
 
ד"ר צביקה ברקרסקי ופרופ' שפי גולדווסר. קידוד
 
בימינו, כאשר מכשירים ניידים כמו טלפונים סלולריים חכמים ומחשבי לוח משמשים כמחשבים זמינים בכל עת, השימוש במחשבים שולחניים הולך ופוחת. במקביל, השימוש במיחשוב ענן, שבו הפעולות החישוביות מתבצעות על רשת של שרתים מרוחקים, הולך וגדל, וצפוי לגדול עוד יותר, עם התגברות הדרישה לכוח חישובי. מגמות אלה מעלות מספר שאלות חשובות הנוגעות לביטחון מידע. האם נוכל, לדוגמה, לבצע חישובים על נתונים השמורים ברשת האינטרנט, מבלי לאפשר לאף אדם אחר לראות את המידע?
 
 
השימוש באמצעי מיחשוב אינטרנטיים, המבוססים על מיחשוב ענן, יוצרים פתח חדש לגניבת מידע, ועד כה לא פותחה שיטה יעילה וישימה להגנה על הנתונים. "עד לפני מספר שנים אף לא ידעו בוודאות אם ההצפנה הנדרשת לסוג כזה של אבטחת מידע אפשרית בכלל", אומר ד"ר צביקה ברקרסקי, שסיים באחרונה את לימודי הדוקטורט בהנחיית פרופ' שפי גולדווסר, במחלקה למדעי המחשב ומתמטיקה שימושית במכון.
 
הניסיון לבצע חישובים על מידע רגיש אשר מאוחסן על שרתים מרוחקים משאיר את המידע חשוף, כך ששיטות ההצפנה המסורתיות אינן יכולות להגן עליו. הבעיה העיקרית היא, שביצוע פעולות שונות על הנתונים מחייב לפענח את הקידוד שלהם. הפתרון שהוצע לבעיה זו הוא למצוא דרך להצפין את המידע, כך שהשרת יוכל לבצע את הפעולות הנדרשות כשהמידע עדיין מוצפן. השרת לא יוכל "לראות" את הנתונים האמיתיים, אבל צריכים להיות לו האמצעים כדי לבצע עליהם פעולות חישוב ולהחזיר תוצאה מוצפנת – אותה אפשר יהיה לפענח מאוחר יותר, במקום בטוח. גישה זו מכונה "הצפנה הומומורפית מלאה" (FHE – fully homomorphic encryption).
 
ההוכחה הראשונה להיתכנותה של הגישה הזו התקבלה בשנת 2009, כאשר קרייג ג'נטרי, תלמיד מחקר באוניברסיטת סטנפורד, פירסם את עבודת הדוקטורט שלו. השיטה שפיתח ג'נטרי היא ההדגמה הראשונה של הצפנה הומומורפית מלאה, אבל היא מסורבלת ודורשת זמן רב, ולכן קשה ליישמה. ג'נטרי בנה את המערכת שלו באמצעות מתמטיקה מתוחכמת יחסית, המבוססת על מה שמכונה "סריגים אידיאליים" (ideal lattices), דבר שדרש ממנו להניח הנחות סיבוכיות חדשות ולא מוכרות, כדי להוכיח את ביטחון המידע. הבחירה של ג'נטרי, שימוש ב"סריגים אידיאליים" להצפנה הומומרפית, נראתה בלתי-נמנעת, ומדענים הניחו כי היא נחוצה לשרתים כדי לבצע פעולות בסיסיות, כמו חיבור וכפל של נתונים מוצפנים.
 
ד"ר ברקרסקי, ביחד ד"ר וינוד וייקונטנטן (גם הוא תלמיד של פרופ' גולדווסר, מהמכון הטכנולוגי של מסצ'וסטס - MIT), הצליחו להפתיע את קהילת המדענים העוסקת באבטחת מידע, כאשר פירסמו השנה שני מאמרים, המתארים מספר שיטות חדשות אשר יאפשרו לייעל במידה ניכרת את ההצפנה ההומומורפית המלאה. ראשית, הם הצליחו ליצור מערכת העובדת בשיטות אריתמטיות פשוטות, אשר מקצרות את הזמן הנדרש לעיבוד המידע. בנוסף, השיטה המשופרת שלהם אינה דורשת שימוש בסריגים אידיאליים, או בקביעת הנחות סיבוכיות חדשות, כדי להוכיח את בטיחות המידע.
 
"ג'נטרי השתמש ב'טריקים' שונים כדי לבצע מניפולציות בחומר המוצפן", אומר ד"ר ברקרסקי, "אבל הם בעייתיים". כך, לדוגמה, באחד מהטריקים, המדומה לפעילות המעגלית של אדם המושך את עצמו למעלה באמצעות שרוכי הנעליים, ומכונה bootstrapping, המידע עובר "פיענוח וירטואלי", ומוצפן מחדש בכל שלב של החישוב. הדרישה מ"פיענוח וירטואלי" שכזה היא שהפיענוח האמיתי יהיה פשוט – דבר שאפשר להשיג באמצעות "טריק" אחר, המכונה "מעיכה" (squashing). אבל כך הופכת ההצפנה בה בעת למסובכת יותר ולבטוחה פחות.
 
"המאמר הראשון שכתבנו", מסביר ד"ר ברקרסקי, "עדיין התבסס על 'bootstrapping' ועל מעיכה, אבל בנוסף השתמשנו במספר 'טריקים' כדי לשלוט טוב יותר בגודל. חלק מהתהליכים של ג'נטרי מבוססים על גיאומטריה מסובכת, ואילו אנחנו הצלחנו לבצע את אותם תהליכים באמצעות אלגברה פשוטה".
 
במאמר השני הראו המדענים, כי למעשה אפשר לוותר לחלוטין על המעיכה. ממצאים אלה התקבלו בעקבות תגלית מפתיעה: אפשר לפשט את המבנה המתמטי המשמש ליצירת מפתח הצפנה מבלי להתפשר על בטיחות המידע המוצפן. הסריגים האידיאליים, בהם השתמש ג'נטרי, מורכבים מאוסף של נקודות שאותן אפשר לחבר זו לזו – כפי שקורה בסריגים רגילים (לא אידיאליים) – אבל אפשר גם להכפיל זו בזו. המחקר הראה, כי אין הכרח להשתמש דווקא בסריגים אידיאליים, דבר שמפשט את המבנה המתמטי עד למצב שבו "מעיכה" אינה נדרשת כלל. "העובדה שמבנה כזה עובד הייתה בגדר קסם, והיא איתגרה את ההנחה המוקדמת שלנו בדבר הצורך בסריג אידיאלי בהצפנה הומומורפית", אומר ד"ר ברקרסקי.
 
תוצאות אלה עשויות לסלול את הדרך לשימוש מעשי בהצפנה הומומורפית. גרסאות משופרות של המערכת החדשה עשויות להיות מהירות עשרות מונים – ואף אלפי מונים – מהמערכת הראשונית שפיתח ג'נטרי. ואכן, בהמשך, הצליחו ד"ר ברקרסקי וד"ר וייקונטנטן לפתח את התיאוריה שעומדת בבסיס שיטת ההצפנה ההומומורפית שלהם עד לנקודה ממנה יוכלו מהנדסי מחשבים לפתח יישומים.
 
בנוסף לשמירת מידע המצוי ברשת האינטרנט, או בענן מיחשוב, מעיניים לא רצויות, עשויה הצפנה הומומורפית מלאה לאפשר פעולות חדשות במידע, שהיו בלתי-אפשריות עד כה, כמו, לדוגמה, עיבוד בטוח של מידע רפואי רגיש. חולים יוכלו "לחשוף" מידע רפואי כשהוא מוצפן, וכך אפשר יהיה לבצע מחקרים רפואיים נרחבים לגבי הנתונים בצורה מוצפנת, מבלי לאפשר גישה למידע הרפואי של אנשים בודדים.
 
ד"ר צביקה ברקרסקי ופרופ' שפי גולדווסר. קידוד
מתמטיקה ומדעי המחשב
עברית

גבולות פתוחים

עברית
 
 
 
תלמיד מחקר בפיסיקה, שמחקרו מתבצע בפקולטה לכימיה, ומתמקד בביולוגיה של מערכות, קיבל השנה פרס מהפקולטה למתמטיקה ומדעי המחשב. הנה, בקליפת אגוז, המחשה של תפיסת "הגבולות הפתוחים" של מכון ויצמן למדע.
 
תלמיד המחקר הוא רואי שלומוביץ, מקבוצת המחקר של פרופ' ניר גוב מהמחלקה לפיסיקה כימית שבפקולטה לכימיה, והפרס בו זכה באחרונה הוא הפרס לזכר פרופ' לי א. סגל בביולוגיה תיאורטית. פרופ' סגל, שמת בשנת 2005, היה חבר בסגל הפקולטה למתמטיקה במכון ויצמן למדע במשך שנים רבות, והיה מהראשונים שפרצו את הגבולות המפרידים בין המתמטיקה למדעי החיים. עבודתו הוכיחה,  כי אפשר לתאר את הפעילויות המורכבות של מערכות ביולוגיות באמצעות מודלים מתמטיים, והוא אף לימד את הביולוגים לחשוב בצורה מתמטית. "העבודה שלי מתאימה בדיוק לגישה שהתווה פרופ' סגל", אומר שלומוביץ.

שלומוביץ ופרופ' גוב חוקרים את החלבונים שיוצרים את הפיגומים המחזיקים את מבנה התא - השלד התוך-תאי. חלבונים האלה - הקרויים אקטין ומיוזין - יוצרים את הסיבים שבשרירים שלנו, אשר מתכווצים בזמן מאמץ, והם ממלאים תפקיד גם בתנועת התא ובחלוקתו. כאשר התא נע, סיבי האקטין מתקבצים בצד הקדמי שלו, ויוצרים מעין בליטה אשר גוררת את התא קדימה. בזמן חלוקת התא, סיבי האקטין והמיוזין יוצרים טבעת במרכז התא, ומכווצים את הקרום כלפי המרכז, עד שהוא נחתך לשניים.

מה גורם לחלבונים האלה לדחוף את קרום התא כלפי חוץ במקרה אחד, ולמשוך אותו כלפי פנים במקרה השני? כיצד הם "יודעים" איפה ומתי ללחוץ - או למשוך? כדי לענות על השאלות האלה, צופים שלומוביץ ופרופ' גוב בפעילויות של החלבונים האלה בתאים, ויוצרים מודלים מתמטיים המבוססים על נתוני התצפיות. לאחר מכן הם בוחנים את החיזויים המתקבלים מהמודלים באמצעות השוואה לתצפיות שנעשות בקבוצות מחקר אחרות על מערכות ביולוגיות, כמו שמרים. לפי המודל שלהם, חלבוני האקטין והמיוזין מקבלים את ה"פקודות" שלהם בהתאם לצורתן של מולקולות הממוקמות על קרום התא. כאשר התא חייב לנוע, הקרום מצביע על הדרך קדימה תוך הגדלת הקימור בצד אחד. המולקולות הקמורות האלה "מזמינות" את חלבוני האקטין להתאסף סביבן. כתוצאה מכך, כמויות גדולות של המולקולות האלה, יחד עם האקטין, נוהרות לאתר, ודוחפות את קצה התא הקמור קדימה. לעומת זאת, בשלבים הראשוניים של חלוקת התא מקבל מרכז הקרום צורה קעורה. כשבדקו המדענים חלבונים שמקורם בחיידקים, מצאו כי הצורה הקעורה מושכת גם היא את החלבונים: טבעת של חלבון מתיישבת בדיוק בקו שלאורכו נחתך התא, ומסמנת את קו החלוקה של החיידק.

המודל המתמטי שפיתחו השניים משתמש בנוסחה פיסיקלית אשר מתארת את האנרגיה החופשית במערכת. באמצעות הנוסחה הם חישבו את פיזור החלבונים בקרום, והראו כיצד הפיזור הזה תלוי בצורת הקרום. החוקרים גילו כיצד בדיוק גורם המקטע הקעור לחלבונים להקיף את הקרום בדיוק במרכז התא, כיצד הגדלת הקיעור גורמת למשיכת חלבונים נוספים לאתר וכך להגברת עצמת הדחיסה, וכיצד המרחק בין חלבון אחד לשכניו קובע האם השניים יצטרפו לחגורה המתכווצת או שייצרו טבעות נפרדות.
 
המודל שיצרו המדענים לא רק הצליח לנבא את ההתנהגות של החלבונים האלה בקרומים מלאכותיים קמורים וקעורים. קבוצת חוקרים בטייוואן גילתה, שהמודל מסביר גם את הצורות הגליות של קרומי תאים חיים. שלומוביץ: "אנו מתארים תהליכים ביולוגיים מורכבים שמתחוללים בתוך תא בודד בדרך של פיתוח מודלים כימיים ופיסיקליים. המתמטיקה היא ה'שפה' שבה אנחנו מנתחים אותם".

"המודלים התיאורטיים שאנו יוצרים מאפשרים לנו להשיג הבנה עמוקה בנוגע לכוחות העומדים בבסיס התבניות והתהליכים הנוצרים באופו ספונטני בתאים חיים - כלומר, את עקרונות הארגון העצמי, וכן ליצור חיזויים כמותיים", אומר ד"ר גוב. "הכוח העיקרי של מודלים מתמטיים-פיסיקליים כאלה הוא ביכולתם לשפוך אור על עקרונות כלליים שעל-פיהם מתנהגים תאים חיים". 
 
פרופ' ניר גוב ורואי שלומוביץ. המתמטיקה של החיים
 
פרופ' ניר גוב ורואי שלומוביץ. המתמטיקה של החיים
מתמטיקה ומדעי המחשב
עברית

מדעי האריזה

עברית
בשנת 2006 גילו ד"ר ערן סגל וחברי קבוצתו מהמחלקה למדעי המחשב ומתמטיקה שימושית במכון ויצמן למדע צופן גנטי חדש - המורכב משתי "אותיות" גנטיות - שמופיע ברווחים קבועים, מדי 10 זוגות בסיסים באזורים מסוימים של הגנום, וקובע היכן יתקפל הדי-אן-אי. כאשר הצופן מופיע מספיק פעמים לאורך הרצף הגנטי, מקטעי די-אן-אי באורך 150 בסיסים מתקפלים על עצמם, קושרים אליהם חלבונים, ויוצרים מבנים כדוריים המכונים "נוקליאוזומים". מבנים אלה מסייעים לארוז את הדי-אן-אי ביעילות בגרעין התא. מודלים הסתברותיים שפיתחו המדענים איפשרו להם לפענח את צופן הנוקלאוזומים, ואף לחזות את מיקומם על פני הגנום, לפי מידע על רצף הדי-אן-אי בלבד.
 
הקיפולים הצפופים של החומר הגנטי בנוקליאוזום מונעים את הגישה של חלבונים ובמיוחד של גורמי שיעתוק, שהוא השלב הראשון בייצור חלבונים. במילים אחרות, רק הרצפים הגנטיים שמצויים בין הנוקליאוזומים (ולא בנוקליאוזומים עצמם) "זמינים" לייצור חלבונים ולתהליכים תאיים אחרים.
 
ד"ר סגל, יחד עם תלמידי המחקר נעם קפלן ויאיר פילד והמתכנת יניב לובלינג ממכון ויצמן למדע, שעבדו עם מדענים מארה"ב ומקנדה, הניחו שהצופן שגילו משותף לכל צורות החיים - החל בשמרים (בהם בוצע המחקר) ועד לבני-אדם, וכי הוא מעורב בקביעת תכונותיהם. שני מחקרים חדשים של חברי הקבוצה, שהתפרסמו באחרונה בכתבי-העת המדעיים Nature ו-Nature Genetics, תומכים בהנחות האלה.
 
"בשנת 2006 עבדנו עם כמה מאות רצפים של די-אן-אי. הודות להתקדמות הטכנולוגית, היום אנו מסוגלים לבדוק כ-10 מיליון רצפים, ולהשוות אותם לתוצאות הקודמות," אומר ד"ר סגל. שיטות חדשות איפשרו גם השוואה מסוג אחר: בין נוקליאוזומים "מקוריים", כפי שהם מצויים ביצור החי, לבין נוקליאוזומים שנוצרו במבחנה. באופן זה ביקשו החוקרים לשלול אפשרות שגורם נוסף - מלבד הצופן הגנטי - קובע את מיקום היווצרותם של נוקליאוזומים. השוואה בין מבחנות המכילות רק די-אן-אי, בתוספת חלבונים החיוניים ליצירת הנוקליאוזום, לבין יצורים חיים, הראתה דמיון רב בין דפוסי מיקום הנוקליאוזומים. המודל החישובי שיצר צוות החוקרים אכן חזה באופן מדויק את מיקום הנוקלאוזומים, במידה דומה של הצלחה, במבחנה וביצורים חיים כאחד.
 
במחקר נוסף בדקו המדענים שני זני שמרים שנחקרו בעבר על-ידי פרופ' נעמה ברקאי, מהמחלקה לגנטיקה מולקולרית במכון ויצמן למדע. בנוכחות סוכרים, אחד מהזנים גדל בעיקר באמצעות נשימה אירובית (המבוססת על קליטת חמצן), ואילו השני גדל בעיקר באמצעות נשימה אנאירובית (שאינה דורשת חמצן). פרופ' ברקאי גילתה, כי הגנום של שני הזנים מצויד בשני מערכי גנים: אחד המאפשר נשימה אירובית והשני מאפשר נשימה אנאירובית. עם זאת, בכל זן פועל רק אחד מהמערכים האלה. ד"ר סגל ביקש לבדוק אם ההבדלים בביטוי הגנים שבמערכים האחראיים לעיצוב מערכת הנשימה קשורים למיקום הנוקליאוזמים. כך התברר, שבשמרים מהזן האירובי ממוקמים הגנים המאפשרים נשימת חמצן באזורים פנויים מנוקלאוזומים, ואילו בשמרים מהזן האנאירובי סגורים הגנים המאפשרים נשימה באמצעות חמצן בתוך קיפולי הנוקליאוזום - ולכן אינם מתבטאים. מכאן עולה השערה חדשה, שלפיה שינויים במיקום הנוקליאוזומים מהווים מנגנון גנטי נוסף - שטרם זוהה עד כה - הממלא תפקיד חשוב בתהליכים אבולוציוניים המעצבים את תכונותיהם של בעלי-חיים.
 

מימין: יאיר פילד, ד"ר ערן סגל, נעם קפלן ויניב לובלינג. אריזה

 
 
 
מימין: יאיר פילד, ד"ר ערן סגל, נעם קפלן ויניב לובלינג. אריזה
מתמטיקה ומדעי המחשב
עברית

יש רופא במעבדה?

עברית
 

 

מימין: פרופ' אהוד שפירא ופרופ' קרל סקורצקי. מחוץ לקופסה
 
 
האם גברים יהודיים מסוימים קשורים בקשרי משפחה לאהרון התנ"כי? האם מיליוני יהודים אשכנזים הם נצר למספר קטן של "אמהות מייסדות"? האם כל הגרורות של סרטן נוצרות מאותו גידול ראשוני? אלה הן כמה מהשאלות הנשאלות במחקרו של פרופ' קרל סקורצקי, רופא מהמרכז הרפואי רמב"ם, וראש מכון המחקר על-שם רפפורט בטכניון, אשר עבד באחרונה, במסגרת שנת שבתון, במחלקה למדעי המחשב ומתמטיקה שימושית של מכון ויצמן למדע.

איך רופא משתלב בקבוצה של מדעני מחשב? פרופ' סקורצקי מחלק את זמנו בין טיפול בחולים במרכז הרפואי רמב"ם לבין מחקר בגנטיקה של אוכלוסיות. הוא מאמין שתקשורת שוטפת ושיתופי פעולה עם מדעני מחשב יכולים לסייע בהשגת פתרונות לא קונבנציונליים - "מחוץ לקופסה" - לשאלות מחקריות בתחומי מדעי החיים. הוא הגיע למכון בעקבות קריאה על מחקריו של פרופ' אהוד שפירא מהמחלקה למדעי המחשב ומתמטיקה שימושית ומהמחלקה לכימיה ביולוגית, אשר פיתח גישה חישובית חדשנית לבחינת סוגיות ביולוגיות. למעשה, פרופ' סקורצקי כבר היה בשבתון במכון ויצמן בשנת 1991 (ראו בהמשך). "מכון ויצמן הוא מקום מעולה, אשר עולה על מקומות רבים בעולם מבחינת סביבת המחקר והתמיכה במחקר", הוא אומר.

פרופ' שפירא פיתח גישה אשר משלבת ביוכימיה מתקדמת עם שיטות חישוביות, ומנצלת סמנים מסוימים במולקולת  הדי-אן-אי כדי לברר את המוצא של תאי גוף. מדובר במיוחד בחלקי הדי-אן-אי הנקראים מיקרו-לוויינים, אשר כוללים "אותיות" גנטיות שחוזרות על עצמן, ולכן מועדות לצבור טעויות בכל פעם שהתא מתחלק. כך, למשל, קל לעשות טעות במילה "מיסיסיפי" ולכתוב אותה כ"מיסיסיסיפי". באמצעות ניתוח טעויות גנטיות מסוג זה יכולים המדענים להגיד כמה פעמים התא התחלק בעבר ומה יחסי הקירבה בין התאים.

בתקופת השבתון שלו, במחקר משותף עם ד"ר שלו איצקוביץ, חוקר בתר-דוקטוריאלי ממעבדתו של פרופ' שפירא, התמקד פרופ' סקורצקי בחקר תאי סרטן. למשל, קביעה כמה פעמים התחלקו תאי לויקמיה עשויה לאפשר למדענים להעריך עד כמה הלויקמיה היא תוקפנית. מחקרים נוספים, אשר מתבססים על מיקרו-לוויינים בדי-אן-אי, יכולים לעזור לקבוע מתי נוצרו גרורות סרטניות מגידול מסוים, ומכמה תאים בגידול המקורי הן התפתחו.

"מחקרים אלה", אומר פרופ' סקורצקי, "דומים למחקרים בגנטיקה של אוכלוסיות אותם ביצעתי במשך שנים רבות בטכניון. אתה בודק את הקירבה בין התאים במקום בני-אדם, אך בשני המקרים אתה משתמש בניתוח של די-אן-אי כדי לבנות אילנות  יוחסין אשר מגלים מוצא משותף ואת הענפים ה'משפחתיים' השונים". מחקרו בטכניון התמקד במוצא של קבוצות אוכלוסין שונות. במחקר אחד הוא חקר את כרומוזומי Y אשר קובעים את מין הזכר ועוברים ללא שינוי מאב לבן - ולכן הם משמשים כלי חשוב למעקב אחר שורשים. המחקר העלה, כי לגברים יהודים מודרניים, צאצאים משוערים של משפחות כוהנים, היה כנראה אב קדמון משותף אשר חי לפני 2,000 או 3,000 שנה - ממצא שמאשר לכאורה את המסורת היהודית לפיה הכוהנים היהודיים הם צאצאיו של אהרון, אחיו של משה. במחקר אחר מצאו פרופ' סקורצקי ושותפיו למחקר, כי לכמעט מחצית מהיהודים האשכנזים יש שורשים גנטיים המגיעים לקבוצה קטנה של ארבע נשים אשר חיו לפני כאלפיים שנה. עוד ממצא: אוכלוסיות הדרוזים השוכנות בצפון הארץ ובארצות השכנות הן מגוונות מאוד מבחינה גנטית, דבר שמאשר את המסורת הדרוזית, שלפיה מוצאה של העדה נעוץ בשורשים רבים.

בעתיד עשוי פרופ' סקורצקי לשתף פעולה עם מעבדתו של פרופ' שפירא בסוגיות רפואיות שאינן קשורות לסרטן, כגון התחדשות של הכליה לאחר פגיעה. פרופ' שפירא אומר, שהידע העמוק של פרופ' סקורצקי בביולוגיה וברפואה עזר למדעני המכון לחשוב על יישומים קליניים חדשים ולפתח קשרים בקהילה הרפואית בארץ ובעולם.
 
פרופ' סקורצקי: "מכון ויצמן למדע עושה שירות עצום לרפואה בישראל בכך שהוא מביא את הרופאים למעבדות ומלמד אותם לחשוב כמו מדענים. ככל שהרופאים יהיו בקיאים יותר בחשיבה מדעית, כך יוכלו לטפל טוב יותר בחולים. צניעות היא תכונה חשובה לכל אדם, ובמיוחד לרופא. כאשר אתה עובד עם מדענים, אתה מבין כמה אתה לא יודע, עד כמה כולנו חייבים להכיר במגבלות הידע שלנו ולשאוף תמיד לדעת יותר".

  

תקשורת

פרופ' סקורצקי הגיע לישראל ולמכון ויצמן שבועיים לפני שהחלו טילי סקאד עיראקיים ליפול על ישראל, בתחילת 1991. הוא למד רפואה באוניברסיטת טורונטו ובהרוורד, עבד באוניברסיטת טורונטו, ובא למכון ויצמן כדי לעבוד עם פרופ' דוד גבעול ופרופ' יוסי ירדן, אשר היו ידועים כמומחים בחקר גורמי גידול. הוא שקל אז עלייה לארץ, ורצה לוודא שאפשר לעסוק בישראל במחקר ברמה גבוהה. "השהייה במכון השפיעה השפעה מכרעת על החלטתנו לעלות לישראל", הוא אומר. כאשר התחילו הסקאדים הראשונים לפגוע בערי ישראל, הוא קיבל שיחת טלפון מהוריו (שמאז הלכו לעולמם). ההורים, שניהם ניצולי שואה, לא ביקשו מבנם היחיד לחזור לקנדה. במקום זאת הם עלו למטוס והצטרפו למשפחת בנם ברחובות, בחדר האטום. "החלטנו שאם עברנו את זה, אנחנו יכולים לחיות בישראל", הוא נזכר. מכיוון שרצה לעסוק גם במחקר מדעי וגם בטיפול בחולים, הוא בחר להצטרף לצוות רפואי של המרכז הרפואי רמב"ם. שם ניהל במשך עשור את מחלקת הכליות. כיום הוא מכהן כמנהל הפיתוח הרפואי והמקרי בארץ.
 
 
מימין: פרופ' אהוד שפירא ופרופ' קרל סקורצקי. מחוץ לקופסה
מתמטיקה ומדעי המחשב
עברית

עמודים