העדפה מתקנת

עברית
המערכת החיסונית היא אחת המערכות המורכבות בגוף האדם, ויש לכך סיבה טובה. עליה לתת מענה מהיר ויעיל לשורה ארוכה של איומים פתאומיים, כמו נגיפים, חיידקים ותאים סרטניים. לשם כך כוללת המערכת מנגנון המבוסס על חיבור אקראי של פיסות די-אן-אי המאפשר ליצור מיגוון עצום של קולטנים: מספרם מוערך ב-1 עם 15 אפסים – יותר מפי 1,000 ממספר הכוכבים בגלקסיה שלנו. ובכל זאת, כאשר בוחנים את מערך הקולטנים שנוצר בגופינו בפועל, מגלים שהוא מציית לא רק לחוקי ההסתברות הסטטיסטית. מתברר, כי קיימת "העדפה מתקנת" אשר גורמת לקולטנים מסוימים, נחוצים, להיווצר בתדירות גבוהה יותר מאחרים. מחקר של מדעני מכון ויצמן למדע מציע כעת הסבר לדרך שבה מאזנת המערכת החיסונית בין גיוון עצום לבין הצורך לתת עדיפות לקולטנים מסוימים.
ד"ר ניר פרידמן. התפלגות
 
צוות המדענים, בראשות ד"ר ניר פרידמן, שכלל את החוקרים הבתר-דוקטוריאליים ד"ר וילפרד נדיפון וד"ר הילה גל מקבוצתו, ובשיתוף עם פרופ' רות ארנון, כולם מהמחלקה לאימונולוגיה, בחן מקרוב את מערך מקטעי הדי-אן-אי מהם מיוצרים הקולטנים בלימפוציטים מסוג T. קולטנים אלה מזהים רכיב מסוים של גורם המחלה, ובעקבות זאת הגורם מושמד על-ידי הלימפוציט. הקולטנים נוצרים באמצעות בחירה אקראית של שלוש פיסות די-אן-אי וחיבורן לרצף אחד – בדומה לאופן בו נוצרים "צירופים משולשים" במכונת מזל; מכל צירוף אקראי שכזה נוצר קולטן ייחודי. שלוש הפיסות נלקחות משלושה אזורים נפרדים בגנום של תא הלימפוציט, שבכל אחד מהם נמצאות פיסות אפשריות רבות. הקיפול של גדילי הדי-אן-אי גורם לכך, שפיסה מסוימת מאחד האזורים מתקרבת לפיסות מהאזורים השני והשלישי. לאחר מכן, בעבודת חיתוך והדבקה, מתחברות שלוש הפיסות, תוך סילוק מקטעי הדי-אן-אי העודפים אשר מפרידים ביניהן. מאחר שבכל תא נבחרות פיסות שונות, הרי שבכל תא לימפוציט נוצר, בסופו של דבר, רצף די-אן-אי שונה. צוות המדענים השתמש בטכנולוגיות מתקדמות לריצוף מהיר של די-אן-אי, ופיתח שיטה לפיענוח כלל הרצפים הגנטיים של מערך הקולטנים בעכבר. ממצאי המחקר התפרסמו באחרונה בכתב-העת המדעי PNAS.
 
כתוצאה מהפיענוח התקבלה "תמונה פנורמית" מפורטת, המאפשרת ללמוד על ההיסטוריה של המערכת החיסונית, על תיפקודה, ועל גורמי המחלות בהן נתקלה. בנוסף, היא איפשרה למדענים לבחון במדויק את השכיחויות של הקולטנים השונים, ואף להציע הסבר להתפלגותם. מתברר, כי הסוד קשור דווקא למקטעי הדי-אן-אי שאינם כלולים ברצף הסופי של הקולטן: סיכויי המפגש בין הפיסות המרוחקות של הדי-אן-אי מוכתבים על-ידי אורכם של מקטעים אלה, וכן על-ידי מידת גמישותם – אשר תלויה בהרכב החלבונים שבהם "ארוז"  הדי-אן-אי. המדענים יצרו מודל המסוגל לחזות בהצלחה את שכיחותם של הקולטנים בהתבסס על המרחק בין הפיסות המרכיבות אותם, ועל התכונות המכניות – ובפרט על הגמישות – של הדי-אן-אי הארוז בגרעין התא. לגבי בני אדם, להם גנום ארוך משל עכבר, צופה המודל כי התפלגות הקולטנים תהיה שונה, בשל שינויים גנטיים באזורים המקודדים את הקולטנים. ואכן, המדענים גילו כי התפלגות הקולטנים בבני אדם שונה מהתפלגותם בעכברים, וכי גם היא נקבעת על-ידי אותם פרמטרים: המרחק בין הפיסות, וגמישות הדי-אן-אי הארוז.
 
מחקרים שבוצעו בעבר גילו, כי אנשים הסובלים ממחלה מסוימת נושאים רצף חיסוני זהה – המייצר קולטן משותף. בעקבות מידע זה חיפשו המדענים רצפים חיסוניים משותפים בקרב קבוצות של עד חמישה פרטים. באופן מפתיע התגלה, כי הסיכוי לגלות רצף משותף בקבוצה של חמישה פרטים גדול מהסיכוי למצוא אותו בתת-קבוצות קטנות יותר. אפשר לדמות זאת למקרה בו הסיכוי לזכות חמש פעמים ברציפות במכונת מזל גדול מהסיכוי לזכות בה רק פעמיים ברציפות. אפשר להסביר את הממצאים האלה אם מביאים בחשבון את"ההעדפה המתקנת", אשר גורמת להטיה לטובת רצפים מסוימים. המדענים משערים, כי רצפים "ציבוריים" אלה ממוקמים על גבי הגנום במקומות בהם יהיה קל יותר לשלב אותם ברצף המרכיב את הקולטנים. ייתכן כי רצפים אלה מייצרים קולטנים שנלחמים בגורמי מחלות נפוצים, או מסייעים במניעת מחלות אוטואימוניות, ולכן האבולוציה יצרה מנגנון המקל על הפיכתם לקולטנים מתפקדים. ד"ר פרידמן: "ייתכן כי באמצעות מנגנון זה אנחנו יכולים 'לסמוך על המזל', שייצר בגופנו את מיגוון הקולטנים הדרוש כדי להילחם בשורה עצומה של איומים, ובה בעת להבטיח תגובה ודאית לגורמי מחלות נפוצים".    
 
 
ד"ר ניר פרידמן. התפלגות
מדעי החיים
עברית

אתגרים בסביבה

עברית
הישרדותם של יצורים חיים תלויה במידה רבה ביכולתם להסתגל לשינויים סביבתיים מאתגרים, כמו שינויים בטמפרטורה ובמקורות המזון, חשיפה לזיהומים, ועוד. ההסתגלות לאתגרים סביבתיים מתרחשת בפרקי זמן אבולוציוניים המוערכים במיליוני שנים. הסתגלות זו כרוכה בדרך כלל בחשיפה חוזרת ונשנית לתנאים המאתגרים, תוך כדי ברירה ושימור של שינויים גנטיים מועילים, המסייעים להתמודדות עם האתגר ועוברים בתורשה לצאצאים. אך מה קורה כאשר מופיעים אתגרים סביבתיים נדירים, לא צפויים, כאשר אין די זמן כדי לפתח תגובה הסתגלותית אבולוציונית? 
מימין: ד"ר יואב סואן ושי שטרן. הסתגלות
עדויות שונות מצביעות על אפשרות קיומו של מנגנון תורשה נוסף אשר עשוי להשפיע בטווחי זמן קצרים. מתברר, כי במקרים מסוימים עשויים גם שינויים אפי-גנטיים – כלומר, שאינם כרוכים בשינוי החומר הגנטי עצמו, אלא באופן בו הוא מופעל – לעבור מייד לצאצאים (בניגוד לפרקי זמן של דורות רבים המאפיינים תהליכים אבולוציוניים גנטיים). עם זאת, שאלות מרכזיות, כגון כיצד ובאילו תנאים נגרמים שינויים אפי-גנטיים המועברים מדור לדור, כמעט ולא נחקרו. ההיגיון הביולוגי והמשמעויות האבולוציוניות של תופעות אלו אף הם אינם ברורים.
 
 
זבוב פירות בוגר שנחשף לאתגר סביבתי (רעל) במהלך התפתחותו (משמאל), לעומת זבוב שהתפתח בסביבה נוחה (מימין)
ד"ר יואב סואן, מהמחלקה לכימיה ביולוגית במכון ויצמן למדע, ביחד עם חברי קבוצתו, שי שטרן וד"ר  יעל פרידמן- סירקיס, ופרופ' ארז בראון מהטכניון, פיתחו אסטרטגיה שתאפשר להם לחקור את הנושא. המדענים החדירו חומר רעיל למזונם של זבובי פירות. בנוסף, הוחדר לזבובים גן המקנה להם עמידות לרעל, אולם גן זה אינו מופעל בכל מקום ובכל זמן, אלא מתבטא באופן בררני, תחת בקרה של מאתחלים (פרומוטורים, פיסות די-אן-אי המתפקדות כ"מתגים”  להפעלה וכיבוי של גנים), שתפקידם בטבע הוא להשפיע על גנים הקשורים בהתפתחות. מאחר שהרעל אינו מוכר לזבובים, והבקרה הנורמלית על מאתחלים אלה אינה קשורה להתמודדות עם הרעלה, לזבובים אין תוכנית גנטית מוכנה המאפשרת להם להתמודד ביעילות עם המצב. כך התאפשר למדענים לבחון כיצד מתמודדים הזבובים עם שינוי מפתיע, ולבדוק את יכולתם להוריש לצאצאים את השינויים הנגרמים בעקבות ההתמודדות הראשונית.
 
תוצאות המחקר, שהתפרסמו באחרונה בכתב-העת Cell Reports, מראות כי זבובים שלהם הוחדר גן העמידות אכן הצליחו לשרוד, וכי שיעורי ההישרדות – שהגיעו עד 100% – היו תלויים במאתחל הנבחר ובאופן שבו שלטו המאתחלים בהפעלת גן העמידות. המדענים גם הצליחו לחשוף חלק מהמנגנון המאפשר את הישרדות הזבובים: החשיפה לרעל דיכאה קבוצת הגנים הקרויה Polycomb, שתפקידה למנוע הפעלה של מאתחלים התפתחותיים ברקמות הלא נכונות. הדיכוי של הגנים מקבוצת Polycomb  שיחרר מאתחלים רבים לפעולה ברקמות נוספות, כולל כאלה בהן הם בדרך כלל מדוכאים, וכך גרם לא רק לעמידות לרעל, אלא גם לשינויים התפתחותיים. חלק מהשינויים האלה עברו בתורשה לצאצאים של הזבובים, שהראו "הפרעות" התפתחותיות דומות, למרות שלא נחשפו בעצמם לרעל. עם זאת, בניגוד לשינויים אבולוציוניים הנשמרים לאורך הדורות, השינויים האפי-גנטיים לא שמרו על יציבות, ולאחר מספר דורות בתנאי סביבה רגילים חזרו הצאצאים למאפייני התפתחות רגילה.
 
המדענים מציינים, כי יידרשו מחקרים נוספים, בהם ייבדקו גורמים נוספים ושלבי התפתחות שונים, כדי לקבוע האם שינויים אפי-גנטיים מהווים מנגנון נפוץ וכללי להתמודדות עם שינויים סביבתיים לא צפויים. כמו כן יש לבחון האם חשיפות חוזרות לאתגר הסביבתי עשויות לייצב את השינויים האפי-גנטיים. אם יתגלה כי הסביבה אכן יכולה לגרום לשינויים אפי-גנטיים יציבים, הדבר עשוי לספק נקודת מבט נוספת על האבולוציה של בקרת הגנים.
 
 

רמות הביטוי של גן טבעי (באדום) ושל גן העמידות (בירוק) שהוחדרו לזחלי זבובים. משמאל: זחלי זבובים שנחשפו לרעל; במרכז: זחלים שלא נחשפו לרעל; משמאל: זחלים שלא נחשפו לרעל, שהם צאצאים מדור שמיני לזחלים שנחשפו לרעל

 

 
מימין: ד"ר יואב סואן ושי שטרן. הסתגלות
מדעי החיים
עברית

נגיפים נגד חיידקים

עברית
למרות השם הרע שיצא להם, חיידקים עשויים להיות יצורים מועילים. מספר החיידקים ה"טובים" במעי האדם גדול פי 10 ממספר התאים בכל גוף האדם, ומתרבות העדויות לכך שהם ממלאים תפקיד חשוב ביותר בבריאותנו – הם מייצרים עבורנו ויטמינים, מסייעים בעיכול, וגם "מאמנים" את המערכת החיסונית, וכך מקטינים את השכיחות של אלרגיות ומחלות אוטואימוניות.
מימין: ערן מיק, ד"ר עדי שטרן וד"ר רותם שורק. תיעוד היסטוריבסביבות רבות מחוץ למעי מותקפים חיידקים על-ידי נגיפים הקרויים "פאג'ים", המסוגלים להרוג כמויות גדולות של חיידקים בזמן קצר. האם גם חיידקי מעיים חשופים לפגיעת נגיפים? ואם כן, מי הם הנגיפים האלה, ובאילו חיידקים הם פוגעים? שאלות אלה – שלא זכו עד כה להתייחסות רבה – עמדו במוקד מחקרו האחרון של ד"ר רותם שורק מהמחלקה לגנטיקה מולקולרית, שהתפרסם בכתב-העת המדעי Genome Research.
 

לשם מיפוי אוכלוסיית הנגיפים במעיים השתמשו החוקרים ב"קטלוג" מפתיע: מערכת חיסונית חיידקית שהתגלתה לפני כחמש שנים, ונחקרת ביסודיות במעבדתו של ד"ר שורק. מערכת זו, הקרויה CRISPR, מיועדת להעניק הגנה לחיידק מפני נגיפים. כאשר נגיף חודר לחיידק, המערכת "גונבת" ממנו פיסה קטנה של החומר הגנטי, ומאכסנת אותו בתוך רצפים חיסוניים מוגדרים בגנום של החיידק. רצפים אלה מסייעים לחיידק לזהות ולהשמיד את הנגיף בפעם הבאה שיפלוש לתא, בדומה לעקרון הפעולה של נוגדנים בגוף האדם. רצפים חיסוניים אלה שימשו את החוקרים כמעין "תיעוד היסטורי" של הנגיפים שתקפו את חיידקי המעי.


צוות המדענים, שכלל את החוקרת הבתר-דוקטוריאלית (דאז) ד"ר עדי שטרן, ואת הסטודנט לתואר ראשון ערן מיק, השתמש במאגר נתונים גדול, ובו רצפי די-אן-אי של חיידקי מעיים שנאספו מדגימות של 124 אנשים אירופאים. הם פיתחו שיטה חישובית המאפשרת לזהות את הרצפים החיסוניים בתוך הדי-אן-אי של החיידקים, ואיתרו יותר מ-50,000 רצפים כאלה. בהמשך השתמשו המדענים ברצפים החיסוניים כדי לזהות מאות נגיפים התוקפים חיידקי מעי שונים, שלא היו מוכרים קודם לכן.


תמונת מיקרוסקופ אלקטרונים סורק של פאג'ים תוקפיםחיידק. צילום: ד"ר גרהם בירד, Wikimedia Commonsממצאים אלה – המהווים את המאגר הגדול ביותר של פאג'ים מן המעי שמצוי נכון להיום בידי חוקרים – מעלים כמה תובנות באשר לקשרים בין חיידקי מעיים, נגיפים, ובני האדם המאכסנים אותם. כך, למשל, גילו החוקרים כי קבוצות גדולות של אנשים חולקות אותם נגיפים, וכי כ-80% מהנגיפים נמצאו במעיים של יותר מאדם אחד. השוואה לדוגמאות שנלקחו מאמריקאים ומיפנים העלתה, כי גם הם חולקים אותם סוגי נגיפים. בהתחשב בשונות ובמיגוון הגדול של נגיפים שמצויים במערכות אחרות זהו ממצא מפתיע, והמדענים משערים כי הסיבה לכך היא הסביבה הסגורה שבמעי. תגלית נוספת היא, שהנגיפים נישאים לעיתים בשלמותם בתוך הדי-אן-אי של החיידק. "הפאג'ים תורמים לחיידקים לעיתים קרובות גנים שהופכים אותם עמידים לאנטיביוטיקה, ו'בתמורה' לכך החיידקים מאכסנים את הד-אן-אי שלהם ומעבירים אותו איתם מאדם לאדם", מסביר ד"ר שורק. "זו 'עסקה' אבולוציונית מוצלחת לשני הצדדים".


מאגר הפאג'ים המצוי עתה בידי החוקרים, המאפשר להם לזהות איזה פאג' מדביק כל חיידק, פותח פתח למחקרים שיבדקו את השפעתם על בריאות האדם. לדוגמה, אם חיידק מסוים מסייע לנו לרכוש עמידות לאלרגיה, אפשר לבדוק איזה נגיף תוקף אותו, וכך גורם להתפרצות האלרגיה. ד"ר שורק: "הצעד הבא יהיה לסייע לחיידק להתגונן מפני הנגיף באמצעות חיסון החיידק כנגדו. כך עשויה מערכת החיסון של החיידקים לעזור, בעקיפין, למערכת החיסון האנושית".

 

הטוב הרע והחיידק

הטוב הרע והחיידק

בביולוגיה, כמו בארכיאולוגיה, מעבר משכבה לשכבה עשוי לשנות לגמרי את תמונת המציאות. השוואת האר-אן-אי של שני מינים של חיידק הליסטריה(listeria) – שאחד מהם גורם להרעלות מזון ולמחלות בבני אדם והשני אינו מזיק, במקום ההשוואה המקובלת של רצף הדי-אן-אי, חשפה מערך שלם של הבדלים שהיו סמויים מהעין עד כה. בנוסף, ו"כבדרך אגב", התגלה במחקר זה, שהתפרסם באחרונה בכתב-העת Molecular Systems Biology, מנגנון ביולוגי בסיסי שלא היה ידוע עד כה, אשר מבקר הפעלת גנים בחיידק הליסטריה.


צוות המדענים, שכלל את ד"ר רותם שורק ואת חברי קבוצתו, עומרי וורצל, ד"ר איריס קורונקר-חזן ושרית פלור-אדלהייט, השתמש בשיטות ריצוף מתקדמות כדי למפות את כלל האר-אן-אי של שני מיני החיידקים, כשהם מתמקדים דווקא באותם רצפים שאינם מקודדים ליצירת חלבונים. למרות הדמיון הגנטי בין שני המינים, המדענים גילו קבוצה של כ-80 רצפי אר-אן-אי אשר קיימים בחיידק גורם המחלות, אבל לא בחיידק "שוחר השלום". בהמשך מתכננים החוקרים לבדוק אם רצפים אלה אכן תורמים לאלימות החיידק.

תמונת מיקרוסקופ אלקטרונים סורק של חיידק הליסטריה


בנוסף גילו המדענים זוגות של רצפי אר-אן-אי, המאורגנים כך שביטוי של כל אחד מהם בולם את האחר. לדברי החוקרים, מדובר במנגנון ייחודי אשר מבקר הפעלה והשתקה של גנים, שעשוי להיות נפוץ בחיידקים.

 
 
 
מימין: ערן מיק, ד"ר עדי שטרן וד"ר רותם שורק. תיעוד היסטורי
מדעי החיים
עברית

ארבעה צעדים

עברית

מדעני מכון ויצמן פיתחו שיטה המאפשרת לבצע עשרות אלפי שינויים מכוונים בדי-אן-אי של תאים חיים ולמדוד את השפעתם

 
 
יכולתנו לקרוא את הדי-אן-אי התקדמה בצעדי ענק בעשורים האחרונים, אך יכולתנו להבין את הצופן הגנטי ולשנותו, כלומר, לשכתב את ההוראות המקודדות בדי-אן-אי, נשארה מאחור. מחקר חדש של מכון ויצמן למדע מציע דרך להתקדם בפיצוח הצופן הגנטי בדרך של הכנסה יעילה של מקטעי די-אן-אי רבים, מתוכננים בקפידה, לתאים חיים, ומדידת השפעתם. המחקר התפרסם באחרונה בכתבי-העת המדעיים Nature Biotechnology ו-Nature Genetics.
מימין: פרופ' ערן סגל, ד"ר עדינה ויינברג, ד"ר אילון שרון, ד"ר יעל קלמה, מיכל לבוא, בועז שני ומאיה לוטן-פומפן. שפה גנטית

עד עכשיו, ביצוע שינוי מתוכנן ברצף הדי-אן-אי היה תהליך איטי ומייגע: אפשר היה לשנות בבת אחת רק מקטע אחד של הדי-אן-אי, דבר שנמשך מספר שבועות. זמן נוסף נדרש כדי לבחון את תוצאותיו של כל שינוי. במחקר החדש פיתחו מדעני מכון ויצמן למדע טכנולוגיה המאפשרת להכניס בעת ובעונה אחת עשרות אלפי מקטעי די-אן-אי, שתוכננו בשיטתיות, לעשרות אלפי תאים חיים - ולמדוד בניסוי אחד ובדיוק רב את ההשלכות של כל אחד מהשינויים שהוכנסו.

"השיטה המהירה תקדם באופן משמעותי את יכולתנו להבין את 'שפת' הדי-אן-אי. קריאת גנום שלם של אדם הפכה למשימה מהירה למדי, אך מה בדיוק כתוב בגנום הזה? הרי הגנום נראה כמו רצף ארוך של אותיות שמשמעותן, לרוב, אינה ברורה", אומר ראש צוות המחקר, פרופ' ערן סגל, מהמחלקה למדעי המחשב ומתמטיקה שימושית ומהמחלקה לביולוגיה מולקולרית של התא במכון ויצמן למדע. "רק לקרוא את הדי-אן-אי, זה כמו לנסות ללמוד שפה זרה באמצעות האזנה לאנשים המדברים אותה בלבד. השיטה שלנו תעזור לנו לזהות מילים בשפת הדי-אן-אי ולהבין את משמעותן".
הקשר בין פעילות גנים לבין מספר אתרי הקישור לחלבוני בקרה, אשר קיימים באזור הבקרה של כל גן. גוונים של אדום וירוק מציינים את רמת פעילות הגנים(אדום מסמן רמת פעילות גבוהה). הגרף האפור מראה את הרמה המרבית אליה מגיעה הפעילות של כל אחד מחלבוני הבקרה

"הבנת הנקרא" של הדי-אן-אי יכולה, בין היתר, להסביר את פשר ההבדלים הגנטיים הזעירים בין אנשים שונים. כך אפשר יהיה להבין איזה הבדל גורם להתחוללותן של מחלות שונות בבני-אדם מסוימים. השיטה עשויה גם להוביל לפיתוח טכניקות לריפוי גנטי, המתבססות על החדרת גנים חדשים או רצפי בקרה משודרגים במטרה לתקן פגמים גנטיים.


במחקר הנוכחי בדקו המדענים היבט חיוני של שפת הדי-אן-אי: איך מקודדת הבקרה על ביטוי גנים בדי-אן-אי, כלומר כיצד כתובות ההוראות המכתיבות את עוצמת הפעילות של כל גן בצופן הגנטי. כיוון שרמת הפעילות של הגן היא גורם מרכזי בתיפקוד התא, שאלה זו נחקרת זה עשרות שנים, ונחשבת לאחת השאלות המרכזיות בביולוגיה מולקולרית.

השיטה איפשרה למדענים לבודד גורמים שונים ולבדוק את השפעתם על רמת הפעילות של הגן. כך הצליחו ללמוד כיצד גורמים שונים מגדירים את "שפת הבקרה", ואף להדגים כיצד משפיעה בחירה מושכלת של שינויים ברצף על הגורמים האלה, בדרך שמאפשרת השגה של רמות פעילות שונות של גנים.

השיטה החדשה מורכבת מארבעה שלבים, המבוססים על שילוב חדשני של טכנולוגיות קיימות. השלבים הם: יצירת 50,000 רצפים גנטיים שונים בשבבי די-אן-אי, החדרה מאסיבית של הרצפים במקביל ל-50,000 תאים שונים, מיונם בעזרת מכשיר למיון תאים המסוגל לקרוא את רמת הגן ה"מדווח", ופיענוח הרצף הגנטי בדרך של ריצוף מקבילי בכמויות גדולות.

במחקר השתתפו תלמידי המחקר אילון שרון, טלי רווה-צדקה ומיכל לבוא, עוזרת המחקר ד"ר יעל קלמה ועמיתת המחקר ד"ר עדינה ויינברגר ממכון ויצמן למדע, וכן ד"ר זוהר יכיני מהטכניון ומ"מעבדות אג'ילנט" שבקליפורניה.
 
 

 

 
מימין: פרופ' ערן סגל, ד"ר עדינה ויינברג, ד"ר אילון שרון, ד"ר יעל קלמה, מיכל לבוא, בועז שני ומאיה לוטן-פומפן. שפה גנטית
מדעי החיים
עברית

תאי שמרים: האיחוד

עברית
תאי שמרים המבקשים להתאחד עם "אהוב לבם" ניצבים בפני בעיה קשה: חוסר היכולת לנוע בכוחות עצמם. כדי להיפגש עם בן זוג פוטנציאלי, המעט שהם מסוגלים לעשות הוא "לשלוח את זרועותיהם" אליו. זרועות אלה הן למעשה שלוחות תאיות המאפשרות לשני התאים להיפגש. הקרומים ביניהם מתאחים, ומתבצע מיזוג של הגנום – כלומר הזדווגות או רבייה מינית. מחקר של פרופ' ג'פרי גרסט ותלמידת המחקר (דאז) ד"ר ריטה גלין-ליכט, מהמחלקה לגנטיקה מולקולרית במכון, גילה באחרונה גורם חשוב המבטיח את פגישתם של ה"נאהבים": המנגנון המבקר את כיוון גדילתם של השלוחות התאיות (הנקראות shmoos). נראה, כי מנגנון דומה אחראי ליצירת שלוחות תאיות גם ביצורים אחרים. דוגמה לכך הם תאי העצב במוח, אשר יוצרים שלוחות ארוכות (אקסונים) לכיוונם של תאים אחרים במקרה של אותות חיוביים, או נסוגים מהם במקרה של אותות שליליים, וכך יוצרים תבנית מורכבת ומסועפת המרשתת את המוח.
 
 
פרופ' ג'פרי גרסט
המדענים גילו, כי כאשר תאי שמרים המוכנים לרבייה מינית מקבלים איתות כימי מבן זוג פוטנציאלי, נשלחות מולקולות של אר-אן-אי-שליח – הנושאות את הקוד הגנטי של הדי-אן-אי לצורך תרגומו לחלבון – למיקום הרצוי, בסמוך לקרום התא – שם התקבל האיתות הכימי מבן הזוג. החלבונים המתורגמים מאותן מולקולות אר-אן-אי-שליח הם שיוצרים, בו במקום, את השלוחות. תהליך כזה, שבו איתות כימי המגיע מתא כלשהו גורם ליצירת שלוחות לכיוונו, קרוי "כימוטרופיזם". בנוסף, גילו המדענים כיצד בדיוק מגיעות מולקולות האר-אן-אי-שליח למיקום הרצוי: מתברר, כי חלבון מסוים, הקרוי Scp160, מופעל באמצעות האיתות הכימי, ומוביל את מולקולות האר-אן-אי-שליח הנחוצות אל המיקום המתאים סמוך לקרום התא. כאשר יצרו המדענים מוטציה מכוונת בחלבון Scp160, ופגעו בפעילותו, תאי השמרים גידלו שלוחות בכיוונים לא נכונים, ולא הצליחו להזדווג. ממצאי המחקר, שנעשה בשיתוף עם מדענים מאוניברסיטת ג'ון הופקינס, התפרסמו באחרונה בכתב העת המדעי Cell Reports.
 
במחקרים קודמים גילה פרופ' גרסט, כי מולקולות אר-אן-אי-שליח אינן נעות בתא באופן אקראי, אלא מוסעות למקום המדויק בו יידרש החלבון, ומתורגמות שם. המחקר הנוכחי מוכיח לראשונה, כי הכוונה מדויקת זו של האר-אן-אי-שליח היא חיונית ליכולתו של התא להגיב לאותות כימיים חיצוניים.

אם יתגלה כי ממצאים אלה תקפים גם עבור תאי עצב, הם עשויים לשפוך אור על האופן בו בנוי המוח האנושי: הם יסייעו להבין כיצד תאי העצב במוח מגדלים את שלוחותיהם הארוכות, ויוצרים רשת מורכבת ומדויקת – שדרכה עוברת הפעילות החשמלית של המוח.
 
 
 
 
ציור של ד"ר ריטה גרין-ליכט, המתאר תאי שמרים מזדווגים באמצעות שלוחות, שהתפרסם על שער כתב-העת המדעי Cell Reports
 
 
 
ציור של ד"ר ריטה גרין-ליכט, המתאר תאי שמרים מזדווגים באמצעות שלוחות, שהתפרסם על שער כתב-העת המדעי Cell Reports
מדעי החיים
עברית

כיצד מאזנות מכונות החיתוך התאיות בין דיוק לבין יעילות?

עברית
בעבר הגדירו מדענים את כל מקטעי הדי-אן-אי שאינם מקודדים ליצירת חלבון כחסרי ערך, אולם מתברר כי חשיבותם רבה. כאלה הם, לדוגמה, הרצפים מהם מיוצרות מולקולות מיקרו-אר-אן-אי – מולקולות קצרות אשר אינן מתורגמות לחלבונים, אך שמור להן תפקיד חיוני בבקרת מיגוון תהליכים חיוניים בתא, באמצעות ויסות התרגום של אלפי חלבונים אחרים. ליקויים בפעילותן עשויים לגרום למחלות כמו סוכרת, סרטן ודלדול עצם. הבנה מפורטת של אופן פעילותן עשויה לתרום למלחמה במחלות אלה, ולפיתוח שיטות ריפוי המבוססות על מולקולות מיקרו-אר-אן-אי סינתטיות.
 
פרופ' נעמה ברקאי

מולקולות מיקרו-אר-אן-אי מתחילות את חייהן כגדילים ארוכים של אר-אן-אי, אשר נחתכים באמצעות "מכונת חיתוך" תאית מיוחדת לפיסות קצרות ופעילות. הבעיה היא, שמכונת החיתוך עשויה לטעות ולחתוך גם צורות אחרות של אר-אן-אי, כמו אר-אן-אי שליח, אשר לובש לעיתים צורה מרחבית דומה לזו של "המולקולות הנכונות". התוצאות של חיתוך מוטעה שכזה עשויות להיות הרסניות לתא.


במחקר שהתפרסם באחרונה בכתב העת המדעי Nature Structural and Molecular Biology התמקדו ד"ר ערן הורנשטיין, פרופ' נעמה ברקאי, ותלמידי המחקר (דאז) ד"ר עומר ברד וד"ר מתי מן, מהמחלקה לגנטיקה מולקולרית, באופן בו מאזנת מכונת החיתוך בין שני צרכים מנוגדים: יעילות ודיוק. "המכונה צריכה להיות יעילה, ולפעול בצורה הטובה ביותר", מסביר ד"ר הורנשטיין. "אסור לה לסמוך באופן עיוור על יכולתה לאתר ולחתוך את האר-אן-אי הנכון, משום שהיא עלולה לעשות טעויות. מצד שני, אסור לה לשפר את הדיוק על חשבון היעילות, כי אז לא תוכל לבצע את תפקידה במהירות הנדרשת".
 
במחקר בין-תחומי יצרו המדענים מודל מתמטי המאפיין את מכונת החיתוך, ולאחר מכן בחנו אותו בניסויים בתאים חיים. ההשערה הייתה, שהמכונה שומרת על יעילות לצד דיוק באמצעות לולאת משוב: המכונה מזהה את כמות המולקולות שהיא נדרשת לחתוך, ובהתאם לכך מוגדרים מספר העותקים של המכונה בתא. ניסויים שנעשו ברקמות של בני אדם ושל עכברים הראו, כי פעילות מכונת החיתוך אכן מתואמת עם רמת המולקולות שיש לחתוך: כמות עותקי המכונה עולה כאשר כמות חומר הגלם בו יש לטפל עולה, ונעצרת כאשר רמתן יורדת. התיאום הזה מפחית את הסיכוי לחיתוך מולקולות לא נכונות.
 
ד"ר ערך הורנשטיין
ממצאי המחקר עשויים לסייע במאמצים לייעל את ייצור מולקולות המיקרו-אר-אן-אי הסינתטיות, לצורך טיפול במחלות. בנוסף, התובנות שהשיגו המדענים לגבי מנגנוני האיזון בין יעילות לבין דיוק עשויות להיות מיושמות עבור מערכות ביולוגיות נוספות בהן נדרשים שיקולים דומים (כמו, לדוגמה, במערכות לתיקון די-אן-אי), וכן במערכות לא ביולוגיות.
 
פרופ' נעמה ברקאי
מדעי החיים
עברית

המחסל

עברית
למות או לא למות? שאלה זו נשאלת מדי פעם על-ידי כל תא חי. התשובה שתינתן לשאלה עשויה להיות בעלת השלכות מכריעות על הבריאות שלנו. לדוגמה, כאשר תאים סרטניים מסרבים למות, ומגלים עמידות לתרופות, הם עלולים לגרום למות המטופל. מהצד השני, מחלת פרקינסון ומחלות עצבים ניווניות אחרות פורצות כאשר תאי עצב מסוימים במוח ממהרים מדי למות. לכן, הבנה מדוקדקת של התוכנית הגנטית העיקרית המוציאה לפועל מוות של התאים, הקרויה אפופטוזיס, היא חיונית לצורך פיתוח תרופות למחלות רבות.
מימין: ד"ר אלי ארמה וענת פלורנטין. תאים מתחדשים
 
מחקר שנעשה במכון ויצמן למדע, ואשר התפרסם באחרונה בכתב-העת המדעי Journal of Cell Biology, מגלה מידע חדש וחשוב ביותר על תוכנית האפופטוזיס. ד"ר אלי ארמה ותלמידת המחקר ענת פלורנטין, מהמחלקה לגנטיקה מולקולרית במכון, חשפו בפרטי פרטים כיצד פועל השלב הסופי בתוכנית מות התאים, וגילו מנגנון אשר קובע את נטייתם של התאים לעבור אפופטוזיס.
 
האפופטוזיס מופעל באמצעות מיגוון אותות, אך השלב האחרון, ה"נשק" ההורג את התא, זהה תמיד: הוא כולל בעיקר אנזימים הרסניים, הקרויים קספאזות, אשר הורגים את התא בצורה מבוקרת באמצעות חיתוך מאות חלבונים בתוכו. מדענים ידעו, כי בתאי יונקים פועלים שני אנזימי קספאזה, קספאזה-3 וקספאזה-7, אשר משתתפים באפופטוזיס, אך לא ידעו מדוע יש צורך בשני אנזימים דומים לצורך התהליך. ד"ר ארמה וענת פלורנטין ביצעו את המחקר בזבובי פירות, בהם פועלים אנזימים דומים, הקרויים Drice ו-Dcp-1. ממצאיהם מאפשרים להסיק מסקנות גם לגבי שני אנזימי הקספאזות ביונקים.
 
הממצאים מראים, כי Drice הוא מכונת ההרג העיקרית: אנזים זה מסוגל להרוס את התא אפילו כשהוא פועל לבדו, למרות שעבודתו יעילה יותר בנוכחות Dcp-1. תפקידו העיקרי של Dcp-1, לעומת זאת, הוא לקבוע את קצב ההריגה, כלומר כמה תאים ימותו ובאיזו מהירות. Dcp-1 יכול גם להרוג תאים בכוחות עצמו, אך הוא מסוגל לעשות זאת רק אם הוא נמצא בתא בכמויות גדולות.
 
אחד הממצאים המרכזיים של המחקר הוא, ששני הקספאזות יכולים להרוג את התא רק כאשר פעילותם עולה מעל סף מסוים. מתחת לסף זה התא שורד, כי הוא מספיק לחדש את החלבונים שהורסים הקספאזות. גילוי זה מסביר, בין היתר, כיצד מצליחים תאים מסוימים להשתמש בנשק ההרסני של הקספאזות לתהליכים חשובים שונים בתא, כמו התפתחות תאי הזרע ויצירת עדשות העין וכדוריות דם אדומות, בלי להסתכן בהרג עצמי: במקרים אלה משתמשים התאים בכמויות נמוכות של קספאזות, או משתמשים בהם למשך פרק זמן קצר, ולכן לא נגרם מוות אפופטוטי.
 
מדוע בעצם יש צורך בשני אנזימים כדי לבצע פעולה אחת? המדענים סבורים, כי שני סוגי הנשק מספקים שליטה מדויקת יותר מאשר אנזים אחד. האנזים Drice דומה יותר למקבת, אשר מתאימה להרס סיטונאי. לעומת זאת, האנזים Dcp-1 דומה יותר לאיזמל, שבאמצעותו אפשר לפרק את התאים בעדינות.
 
המחקר מראה כי הנטייה לאפופטוזיס, אשר משתנה מאוד מסוג תא אחד לשני, נקבעת גם על-ידי כמות הקספאזות בתא. כך, תאים בעלי נטייה נמוכה לאפופטוזיס כוללים פחות קספאזות. כאלה הם תאי העצב במוח, שמספרם מוגבל, או תאי הזרע ותאי העיניים, אשר היו עלולים למות בכל מגע עם הסביבה החיצונית אילו לא היו עמידים כל כך לאפופטוזיס. לעומת זאת, בתאים בעלי נטייה גבוהה לאפופטוזיס מצויה רמה גבוהה של קספאזות. אלה הם תאים שהגוף מוכן – או צריך – לוותר עליהם בקלות יחסית, מפני שהם מתחדשים; לדוגמה, תאי השיער או תאים בדפנות הפנימיות של המעיים, אשר צריכים להתחדש בהתמדה בעקבות הנזק שגורמות להם חומצות העיכול.
 
המדענים הצליחו לגלות פרטים אלה על הקספאזות באמצעות חקירת פעילותם בחיות שלמות – זבובי פירות מהונדסים גנטית – ולא בתרבית תאים. המדענים החדירו לגנום הזבובים גן "מדווח", שסימן בצבע פלואורסצנטי את החלבון המהונדס אשר נהרס במהלך האפופטוזיס. בעזרת ה"דיווח" של הצבע הצליחו המדענים, באמצעות צפייה במיקרוסקופ, לאתר ולכמת את פעילות הקספאזות השונים בגוף הזבוב.
 
למחקר החדש של מדעני מכון ויצמן עשויות להיות השלכות חשובות גם על פיתוח תרופות נגד סרטן. המחקר מראה, כי פעילות הקספאזות מורכבת יותר משסברו בעבר, ולכן, כדי לפתח תרופות המגבירות את האפופטוזיס, יש לוודא כי התרופות מעלות את פעילותם של הקספאזות מעל הסף המבטיח הרג יעיל של תאי סרטן.
 

בתמונה: הגדלה פי 80 של כנף מתפתחת בזחל זבוב הפירות המציגה היבטים שונים של אפופטוזיס שהופעל כתוצאה מקרינה רדיואקטיבית – בזבוב רגיל (משמאל) ובזבוב מוטנטי חסר Drice(מימין). בשורה העליונה: איזור ביטוי החלבון ה"מדווח" הצבוע בצבע פלואורסצנטי ירוק. בשורה האמצעית: סימון פלואורסצנטי של חיתוך החלבון ה"מדווח" על-ידי הקספאזות לאחר הפעלה של אפופטוזיס. בשורה התחתונה: סימון פלואורסצנטי של תאים מתים. בזבוב הרגיל מתים תאים רבים לאחר חשיפה לקרינה רדיואקטיבית, אך בזבוב ללא Drice כמעט ואין אפופטוזיס

 

מימין: ד"ר אלי ארמה וענת פלורנטין. תאים מתחדשים
מדעי החיים
עברית

מחוברים

עברית
לא קל לסדר בזוגות ערימה של אלפי גרביים. הבעיה מסתבכת ממש כאשר מתברר שמדובר בגרביים מיקרוסקופיות. משימה זו מתחילה להתקרב לאתגר שאתו התמודדו ד"ר מאיה שולדינר וחברי קבוצתה במחלקה לגנטיקה מולקולרית של מכון ויצמן למדע, כשהחליטו לחפש זוגות חלבונים: חלבון שזקוק להובלה שתוציא אותו מאחד מאברוני התא, וחלבון-מלווה שעוזר לו להגיע להסעה שלו. ד"ר שולדינר וחברי קבוצתה נאלצו להתאים את הציוד הרובוטי במעבדה כדי לפתח מערכת בשם PAIRS, אשר מכינה אלפי דוגמאות ומחפשת ביניהן זוגות מתאימים.
ד"ר מאיה שולדינר ויונתן הרציג. חוקי התנועה
מדענים רבים מנסים למצוא זוגות כאלה כבר שני עשורים, בהצלחה חלקית בלבד. מדובר בנושא בעל חשיבות עליונה: החלבונים המלווים נקשרים להורמונים, לגורמי גידול, ולמולקולות איתות אחרות, שנוצרים בתא וצריכים לצאת ממנו לתאים או לאיברים אחרים, והם מעורבים במחלות רבות, ממחלות אוטו-אימוניות ועד סרטן. הבנה טובה יותר של החלבונים המלווים עשויה להצביע על מטרות לתרופות שיטפלו במחלות אלה.
 
התחנה הראשונה במסעם של כל החלבונים שצריכים לצאת מהתא, וכן של חלבונים אשר מוצגים, בסופו של דבר, על הפנים החיצוניות של קרום התא, היא הרשתית התוך-פלסמתית – אברון דמוי מבוך שנוצר מקרומים פנימיים מקופלים. החלבונים שנכנסים לרשתית התוך- פלסמתית מתקפלים בתוכה לצורתם הסופית, ועוברים בדיקת איכות לפני יציאתם מהמבוך. היציאה לכיוון התחנה הבאה – הגולג'י – לצורך מיון וניתוב סופי, היא מהלך מסובך יותר מהכניסה. על החלבון, שהוא כעת מקופל ובמצב פעיל, לנסוע בתוך בועה קטנה של קרום אשר נפרד מהרשתית התוך-פלסמתית ויוצר שלפוחית – מעין מונית פרטית שמביאה את הנוסע לגולג'י ללא מגע עם פנים התא. בשלב זה נכנסים לתמונה גם המלווים. הם ממיינים ואורזים את החלבונים, ומוודאים שרק החלבונים המוכנים יצאו מהרשתית התוך-פלסמתית, וכי הם ייכנסו לשלפוחיות המתאימות.
 
עד עתה נעשה הניסיון להתאים בין החלבונים לבין המלווים שלהם באופן דומה להתאמת גרביים במיון ידני – כלומר, בזה אחר זה. באופן זה זוהו עד היום עשרה מלווים בלבד, ולאלה נמצאו רק מספר בני זוג. לדברי ד"ר שולדינר, המידע הזה אינו מספיק אפילו כדי להתחיל להבין את חוקי התנועה של חלבונים.
 
ד"ר שולדינר וחברי הצוות שלה, שכלל את תלמיד המחקר יונתן הרציג וד"ר יעל אלבז, וכן עמיתים מאוניברסיטת קיימברידג', סברו שיש צורך בגישה מערכתית ומסודרת יותר. בשיטת ה-PAIRS שפיתחו השתמשו ברובוט שהכין תרביות של תאי שמרים. כל אחד מהדוגמאות הכילה זן שמרים מהונדס גנטית, שאחד מתוך 400 חלבונים שונים המצויים בו נצבע בצבע ירוק זוהר. בנוסף, אחד מתוך עשרת המלווים המוכרים הונדס כך שיהיה לא פעיל. בסך הכל יוצרו 4,000 דוגמאות שונות, שמטרתן למצוא את בני הזוג של המלווים המוכרים. רובוט נוסף סרק באופן אוטומטי צילומים של התאים, וחיפש חלבונים צבועים בירוק זוהר שהתאספו בתוך התא במקום לצאת ממנו – מה שהיווה סימן להתאמה בין החלבון הירוק לבין מלווה שאינו פעיל.
 
הצוות מצא חלבונים נוסעים חדשים עבור כל מלווה מוכר. היה בכך די, לדברי ד"ר שולדינר, כדי להתחיל לפענח כמה מהכללים הבסיסיים של מערכת התנועה ברשתית התוך-פלסמתית. כך, לדוגמה, המדענים גילו כי מרבית המלווים עובדים עם קבוצות קטנות של חלבונים, וכי כל חלבון משתמש רק בסוג אחד של מלווה. במקרים אחדים, קבוצת החלבונים שהשתמשה במלווה אחד הייתה בעלת תיפקוד דומה. במקרים אחרים, "סיסמה" כימית משותפת קשרה מספר חלבונים למלווה מסוים אחד. ממצאי המחקר התפרסמו בכתב-העת PLos Biology.
 
המעניין מכולם היה חלבון מלווה שהפגין, לכאורה, התנהגות יוצאת מן הכלל: המדענים הבחינו כי Erv14 מתחבר לכמות גדולה של חלבונים, שבמבט ראשון לא נמצא כל קשר ביניהם. לאחר שורה ארוכה של ניסויים שבהם פסלו מספר הסברים אפשריים, גילו המדענים סוף סוף את המכנה המשותף: מתברר, כי כל החלבונים המשתמשים ב-Erv14 זקוקים לרצף ארוך במיוחד של חומצות אמינו כדי לבלוט מהקרום החיצוני של התא.
 
גרסאות שונות של המלווה Erv14 נמצאות בכל היצורים החיים, החל בשמרים ובזבובי הפירות וכלה בבני אדם, ולכן, סביר להניח כי הממצאים תקפים גם עבור המלווה האנושי והחלבונים המשתמשים בו. אחד מאותם חלבונים הוא הקולטן של גורם הגידול EGF, חלבון הכרחי להתפתחות עוברית תקינה, שגם ממלא תפקיד במחלת הסרטן. הבנה טובה יותר של תנועת קולטן ה-EGF חשובה לצורך פיתוח מודלים המתארים את ההתפתחות ואת ההתקדמות של גידולים סרטניים.
 
בנוסף לזוגות שהמדענים הצליחו לזהות, נמצאו גם חלבונים רבים שלא התחברו לאף מלווה מוכר. האם חלבונים אלה מסתדרים לבד, ללא ליווי, או אולי הם משתמשים במלווים אחרים, שטרם זוהו? ד"ר שולדינר וחברי הצוות שלה מתכוונים להמשיך לחקור את הנושא. המטרה העתידית שלהם היא ליצור מאגר מידע שימפה את מערכות ההסעה של כל החלבונים בתא.
ד"ר מאיה שולדינר ויונתן הרציג. חוקי התנועה
מדעי החיים
עברית

זמנים רעים, זמנים טובים

עברית
סוכר, כולסטרול, אבץ, תרכובות זרחן – כל החומרים החיוניים האלה נשמרים בתאי הגוף בדיוק בכמות הנכונה. אפשר לשער, כי די בסוג אחד של משאבה מולקולרית אחת על פני השטח של התא כדי להבטיח שרמת החומרים תישאר קבועה: כאשר הריכוז של חומר מסוים בתא – כמו סוכר – יורד, המשאבות יעבדו באופן אינטנסיבי יותר, ויחזירו את הסוכר לרמה הרצויה. בפועל, כפי שהראו מחקרים בשמרים, מתרחש דבר מוזר: התאים מכניסים לתוכם את החומרים המזינים באמצעות שני סוגים של משאבות - סוג אחד פועל ב"זמנים טובים", כאשר הריכוז מסביב לתא הוא גבוה, והסוג השני נכנס לפעולה ב"זמנים רעים", כאשר ריכוז החומרים נמוך. לשם מה נחוץ המנגנון הכפול הזה?
 
מימין: פרופ' נעמה ברקאי, ד"ר שגיא לוי, משה כפרי ומירי כרמי. צמיחה מחודשת
מחקר חדש של מדעני מכון ויצמן, שהתפרסם באחרונה בכתב-העת Science, עשוי לספק את התשובה. את המחקר ערכו במעבדתה של פרופ' נעמה ברקאי, מהמחלקה לגנטיקה מולקולרית, החוקר הבתר- דוקטוריאלי ד"ר שגיא לוי, תלמיד המחקר משה כפרי, וטכנאית המעבדה מירי כרמי.
 
זה זמן רב ידוע, שכאשר רמת האבץ או תרכובות הזרחן בסביבתו של תא שמרים יורדת, מספר המשאבות של "הזמנים הרעים" על פני השטח של התא גדל פי 100. כאשר ריכוז החומרים עולה בחזרה, משאבות ה"זמנים הרעים" נסוגות, ובמקומן חוזרות לפני השטח של התא משאבות רבות מסוג "הזמנים הטובים".
 
המחקר החדש גילה, כי תאי שמרים שהכילו את משאבות "הזמנים הטובים" התכוננו טוב יותר למצב של רעב, וחזרו לעצמם בהצלחה רבה יותר לאחר שהרעב חלף, בהשוואה לתאים שבהם התקינו המדענים, באמצעות הנדסה גנטית, סוג אחד בלבד של משאבות, מסוג "הזמנים הרעים". מסקנת החוקרים הייתה, כי משאבות "הזמנים הטובים" פועלות כנראה כמנגנון איתות, אשר מזהיר את תא השמרים מפני הרעב המתקרב. התא, שמקבל התראה מראש, יכול לאגור את החומר החסר. ההכנה הזאת מסייעת לו גם לחזור לצמוח מחדש מהר יותר, עם תום תקופת הרעב.
 
מנגנון כפול זה, ובו שני סוגי משאבות, הוא ככל הנראה חלק ממנגנון בקרה רחב יותר, המאפשר לתא להתמודד עם תנודות באספקת חומרים מזינים. המנגנון החכם מעניק לתא יתרון הישרדותי, שסוג אחד בלבד של משאבה אינו מסוגל לאפשר לו.
 
אם מחקרים עתידיים יראו שהעיקרון תקף גם לגבי תאי אדם, ממצאים אלה עשויים להסביר כיצד שומר הגוף שלנו על רמות נכונות של חומרים מזינים ברקמות ובאיברים שונים. בנוסף, ייתכן כי פגמים במנגנון עשויים להיות מעורבים במחלות מטבוליות שונות, ולכן הבנה של הבקרה הכפולה עשויה להיות חיונית גם לחקר מחלות כאלה.
מימין: פרופ' נעמה ברקאי, ד"ר שגיא לוי, משה כפרי ומירי כרמי. צמיחה מחודשת
מדעי החיים
עברית

הרס עצמי

עברית
להיות או לא להיות? לחיות או למות? זו אחת ההחלטות החשובות שתא חי נדרש לקבל. בכל תא ותא בגופנו מצוי "קובץ הוראות" גנטי, המוציא לפועל, בעת הצורך, תוכנית "התאבדות תאית". למרות כינויה הטראגי, זוהי תוכניות חיונית: היא מונעתמתאים סרטניים או מתאים נגועים בנגיפים מלהתפשט. בנוסף, תחת בקרה מתאימה ממלאת תוכנית ההתאבדות התאית תפקיד מרכזי בהתפתחות העוברית: כך, לדוגמה, התפתחות אצבעות הידיים והרגליים נעשית באמצעות מוות מתוכנן של התאים המצויים ביניהן, תהליך שבסופו מתקבלות אצבעות נפרדות.
 
אסף רובינשטיין ופרופ' עדי קמחי. דו-תכליתי
התוכנית העיקרית האחראית ליכולתו של התא לשים קץ לחייו היא "אפופטוזיס" (Apoptosis) – תהליך שבו התאים מתכווצים ומתפרקים לפיסות קטנות, אשר נאכלות לבסוף על-ידי תאים שכנים. בנוסף לאפופטוזיס, תהליך חשוב נוסף המעורב בקביעת גורל התא הוא "אוטופאגיה" (Autophagy) – "אכילה עצמית" שבמהלכה התא בולע ומפרק את החלבונים ואת האברונים שלו. האוטופאגיה היא, במובן מסוים, דו-פרצופית: היא מאפשרת לתאים לשרוד בזמני מצוקה באמצעות פירוק רכיבים מיותרים ואף מזיקים, אך מנגד, עלולה לגרום למוות של התא כאשר האכילה העצמית מתבצעת יתר על המידה.
 
זה זמן מה ידוע, כי בין אפופטוזיס לבין אוטופאגיה מתקיימים יחסי גומלין מורכבים, אולם מדענים עדיין מתקשים לזהות את החלבונים העומדים בבסיס הקשר הזה. פרופ' עדי קמחי, מהמחלקה לגנטיקה מולקולרית במכון, ותלמיד המחקר מקבוצתה, אסף רובינשטיין, סברו כי ייתכן שקיימים חלבונים דו-תכליתיים, אשר מסוגלים לבקר את שני התהליכים, וכך מאפשרים תקשורת ישירה ויעילה בין שתי התוכניות להריגתתאים. בסדרת ניסויים – שנעשתה באמצעות שיטות סריקה שונות ושיטות להשתקת גנים – התגלה כי אכן קיימים חלבונים מקשרים כאלה, אך החוקרים הופתעו כשהתבררה זהותו של אחד מהם: שחקן ראשי בתהליך האוטופאגיה, הקרוי Atg12. בנוסף לפעילותו המוכרת באוטופאגיה, גילו החוקרים כי ל-Atg12 השפעה דרמטית גם על ההוצאה לפועל של תהליך האפופטוזיס – ללא Atg12, עוכבה יכולתם של התאים להתאבד בתגובה לעקה במידה ניכרת. "זו הייתה הפתעה גדולה, משום שעד היום היה ידוע שתפקידו הבלעדי של החלבון הזה הוא באוטופאגיה", מסביר אסף רובינשטיין. לאחר זיהוי החלבון ניגשו המדענים למשימה המורכבת יותר: להבין כיצד בדיוק Atg12 מבקר אפופטוזיס.
 
בעזרתה של מרים אייזנשטיין, מהמחלקה לתשתיות למחקר כימי, זיהו רובינשטיין ופרופ' קמחי אתר מסוים בחלבון Atg12, אשר דומה לאתר המצוי בחלבוני אפופטוזיס מוכרים. אתר זה נקשר למשפחה של חלבונים נוגדי-אפופטוזיס הקרויים Bcl-2, ומעכב את פעילותם, וכך הוא מקדם מוות של תאים. האם ייתכן שהאתר שזוהה על חלבון האוטופאגיה פועל באופן דומה? תגליתם, שהתפרסמה בכתב העת Molecular Cell, הייתה שחלבון האוטופאגיה Atg12 אכן מסוגל להיקשר לחלבוני Bcl-2, וכך לקדם מוות באמצעות אפופטוזיס. יתרה מזאת, מהמחקר עולה, כי תפקידו של Atg12 באפופטוזיס אינו תלוי בתפקיד שהוא ממלא באוטופאגיה, כיוון ששני התהליכים מבוצעים על-ידי אזורים שונים בחלבון: הפרעה לתיפקודו כמקדם אפופטוזיס לא פגעה לתהליך האוטופאגיה, ולהיפך – הפרעה לתהליך האוטופאגיה לא מנעה מהחלבון לקדם אפופטוזיס.
 
למחקר זה עשויות להיות השלכות בתחום הטיפול בסרטן. במקרים רבים, התאים הסרטניים "משתיקים" את מסלולי המוות התאי באמצעות העלאת רמות חלבוני Bcl-2, וכך מאפשרים לגידול לצמוח באין מפריע. התוצאות הראשוניות של החוקרים מראות, כי Atg12 קושר את Bcl-2 במנגנון ייחודי, ולכן ייתכן כי חלבון זה יוכל להוות בסיס לתרופה אנטי-סרטנית התוקפת את חלבוני Bcl-2.
 
השאלה הבאה בה מתכוונים המדענים להתעמק היא: מדוע התא בוחר להשתמש בחלבון יחיד כדי להוציא לפועל שתי משימות נפרדות? "אנו חושדים, כי במצבים מסוימים, כאשר התא נמצא במצב עקה, הוא מנסה, בשלב הראשון, להפעיל את תהליך האוטופאגיה, כדי לנסות להציל את עצמו. אם הניסיון נכשל, הוא עובר לפתרון הקיצוני יותר – התאבדות באמצעות תהליך האפופטוזיס, ומקריב את עצמו לטובת הישרדותו של היצור כולו. השימוש בחלבון דו-תכליתי אחד, כמו Atg12, מאפשר קשר ישיר בין אוטופאגיה לאפופטוזיס, והופך את תהליך קבלת ההחלטות בתא למהיר ויעיל יותר", אומר אסף רובינשטיין.
 
תאים הגדלים בתנאי רעב (מימין ובמרכז) או בתנאים רגילים (משמאל). הנקודות הירוקות הן חלבון הנמצא בדרך כלל בציטופלסמה של התא, אך בזמן עקה מגוייס להפעלת תוכנית ה"אכילה העצמית"
 
אסף רובינשטיין ופרופ' עדי קמחי. דו-תכליתי
מדעי החיים
עברית

עמודים