<div>
Science Feature Articles</div>

גבולות פתוחים

עברית
 
 
 
תלמיד מחקר בפיסיקה, שמחקרו מתבצע בפקולטה לכימיה, ומתמקד בביולוגיה של מערכות, קיבל השנה פרס מהפקולטה למתמטיקה ומדעי המחשב. הנה, בקליפת אגוז, המחשה של תפיסת "הגבולות הפתוחים" של מכון ויצמן למדע.
 
תלמיד המחקר הוא רואי שלומוביץ, מקבוצת המחקר של פרופ' ניר גוב מהמחלקה לפיסיקה כימית שבפקולטה לכימיה, והפרס בו זכה באחרונה הוא הפרס לזכר פרופ' לי א. סגל בביולוגיה תיאורטית. פרופ' סגל, שמת בשנת 2005, היה חבר בסגל הפקולטה למתמטיקה במכון ויצמן למדע במשך שנים רבות, והיה מהראשונים שפרצו את הגבולות המפרידים בין המתמטיקה למדעי החיים. עבודתו הוכיחה,  כי אפשר לתאר את הפעילויות המורכבות של מערכות ביולוגיות באמצעות מודלים מתמטיים, והוא אף לימד את הביולוגים לחשוב בצורה מתמטית. "העבודה שלי מתאימה בדיוק לגישה שהתווה פרופ' סגל", אומר שלומוביץ.

שלומוביץ ופרופ' גוב חוקרים את החלבונים שיוצרים את הפיגומים המחזיקים את מבנה התא - השלד התוך-תאי. חלבונים האלה - הקרויים אקטין ומיוזין - יוצרים את הסיבים שבשרירים שלנו, אשר מתכווצים בזמן מאמץ, והם ממלאים תפקיד גם בתנועת התא ובחלוקתו. כאשר התא נע, סיבי האקטין מתקבצים בצד הקדמי שלו, ויוצרים מעין בליטה אשר גוררת את התא קדימה. בזמן חלוקת התא, סיבי האקטין והמיוזין יוצרים טבעת במרכז התא, ומכווצים את הקרום כלפי המרכז, עד שהוא נחתך לשניים.

מה גורם לחלבונים האלה לדחוף את קרום התא כלפי חוץ במקרה אחד, ולמשוך אותו כלפי פנים במקרה השני? כיצד הם "יודעים" איפה ומתי ללחוץ - או למשוך? כדי לענות על השאלות האלה, צופים שלומוביץ ופרופ' גוב בפעילויות של החלבונים האלה בתאים, ויוצרים מודלים מתמטיים המבוססים על נתוני התצפיות. לאחר מכן הם בוחנים את החיזויים המתקבלים מהמודלים באמצעות השוואה לתצפיות שנעשות בקבוצות מחקר אחרות על מערכות ביולוגיות, כמו שמרים. לפי המודל שלהם, חלבוני האקטין והמיוזין מקבלים את ה"פקודות" שלהם בהתאם לצורתן של מולקולות הממוקמות על קרום התא. כאשר התא חייב לנוע, הקרום מצביע על הדרך קדימה תוך הגדלת הקימור בצד אחד. המולקולות הקמורות האלה "מזמינות" את חלבוני האקטין להתאסף סביבן. כתוצאה מכך, כמויות גדולות של המולקולות האלה, יחד עם האקטין, נוהרות לאתר, ודוחפות את קצה התא הקמור קדימה. לעומת זאת, בשלבים הראשוניים של חלוקת התא מקבל מרכז הקרום צורה קעורה. כשבדקו המדענים חלבונים שמקורם בחיידקים, מצאו כי הצורה הקעורה מושכת גם היא את החלבונים: טבעת של חלבון מתיישבת בדיוק בקו שלאורכו נחתך התא, ומסמנת את קו החלוקה של החיידק.

המודל המתמטי שפיתחו השניים משתמש בנוסחה פיסיקלית אשר מתארת את האנרגיה החופשית במערכת. באמצעות הנוסחה הם חישבו את פיזור החלבונים בקרום, והראו כיצד הפיזור הזה תלוי בצורת הקרום. החוקרים גילו כיצד בדיוק גורם המקטע הקעור לחלבונים להקיף את הקרום בדיוק במרכז התא, כיצד הגדלת הקיעור גורמת למשיכת חלבונים נוספים לאתר וכך להגברת עצמת הדחיסה, וכיצד המרחק בין חלבון אחד לשכניו קובע האם השניים יצטרפו לחגורה המתכווצת או שייצרו טבעות נפרדות.
 
המודל שיצרו המדענים לא רק הצליח לנבא את ההתנהגות של החלבונים האלה בקרומים מלאכותיים קמורים וקעורים. קבוצת חוקרים בטייוואן גילתה, שהמודל מסביר גם את הצורות הגליות של קרומי תאים חיים. שלומוביץ: "אנו מתארים תהליכים ביולוגיים מורכבים שמתחוללים בתוך תא בודד בדרך של פיתוח מודלים כימיים ופיסיקליים. המתמטיקה היא ה'שפה' שבה אנחנו מנתחים אותם".

"המודלים התיאורטיים שאנו יוצרים מאפשרים לנו להשיג הבנה עמוקה בנוגע לכוחות העומדים בבסיס התבניות והתהליכים הנוצרים באופו ספונטני בתאים חיים - כלומר, את עקרונות הארגון העצמי, וכן ליצור חיזויים כמותיים", אומר ד"ר גוב. "הכוח העיקרי של מודלים מתמטיים-פיסיקליים כאלה הוא ביכולתם לשפוך אור על עקרונות כלליים שעל-פיהם מתנהגים תאים חיים". 
 
פרופ' ניר גוב ורואי שלומוביץ. המתמטיקה של החיים
 
פרופ' ניר גוב ורואי שלומוביץ. המתמטיקה של החיים
מתמטיקה ומדעי המחשב
עברית

הרביעייה הסודית

עברית
 

 

 
 
מימין: ד"ר מלכה קיטיינר, אמיר אלדר, אביבה קפיטקובסקי, ד"ר חיים רוזנברג, פרופ' ציפי שקד, יעקב חלפון, ד"ר נעמה קסלר וד"ר יעל דיסקין-פוזנר. אלף-בית
 
החלבון p53 זכה, ובצדק, לכינוי "שומר הגנום", בזכות פעילותו האנטי-סרטנית. תפקוד לא תקין של החלבון - בעקבות מוטציות - אחראי למחצית מכלל מקרי הסרטן. מאז התגלה לראשונה, לפני כ-30 שנה, מנסים מדענים רבים ברחבי העולם לפענח את מנגנוני פעילותו בגוף הבריא, ולהבין את השיבושים הגורמים למחלות.
 
פעילותו נעשית באמצעות בקרה ישירה על התבטאותם של גנים: כאשר התא נמצא במצב מצוקה המחייב תגובה, כמו חשיפה לרעלים או לקרינה, p53 מופעל ונקשר לאתרי מטרה מוגדרים על גבי הדי-אן-אי - כלומר לתחום מסוים של הרצף הגנטי. כך הוא יכול לשלוט בקצב בו יהפכו גנים אלה לחלבונים פעילים, ולמעשה, הוא יכול לקבוע את תגובת התא למצב החירום.
 
"אחת התעלומות הגדולות היא, כיצד מצליחים חלבונים כמו p53 לזהות את אתרי המטרה שלהם - רצף קצר של בסיסים- במולקולות הדי-אן-אי שאורכן שלושה מיליארד בסיסים, ולעשות זאת באופן מדויק ותוך זמן קצר ביותר", אומרת פרופ' ציפי שקד, ראש המחלקה לביולוגיה מבנית שבפקולטה לכימיה במכון, אשר חוקרת בשיטות קריסטלוגרפיות את המבנים התלת-ממדיים שיוצר p53 כשהוא קשור לאתרי המטרה שלו על גבי הדי-אן-אי.
 
במקרה של p53 מדובר בתעלומה כפולה ומכופלת, שכן חלבון זה מכיר מספר גדול של אתרי מטרה, שלכל אחד מהם רצף די-אן-אי מיוחד, זאת מפני שהוא נדרש לווסת את פעילותם של גנים רבים. בנוסף לכך, כאשר התא נכנס למצוקה, p53 ניצב בפרשת דרכים בה הוא נדרש "לבחור" בין שני כיווני פעולה עיקריים: כיוון אחד, במקרה שנגרם לדי-אן-אי נזק קל יחסית, הוא עצירת תהליכי חלוקת התא והפעלת המנגנונים שאחראים על תיקון הנזק. כיוון שני, במקרים בהם הנזק הגנטי אינו ניתן לתיקון, הוא הפעלת גנים אשר מוציאים לפועל את תוכנית ההתאבדות התאית (אפופטוזיס), במטרה לשמור על שלמות הייצור כולו. בכל אחת משתי האפשרויות מפעיל p53 גנים שונים,  באמצעות קשירה לאתרי מטרה מיוחדים, שכל אחד מהם מחולל רצף אירועים המפעיל חלבונים שמטפלים במצב בצורות שונות.
 
כיצד נעשית הבחירה בין שתי האפשרויות? רמז אפשרי לפתרון השאלה הזאת מצוי אולי באופן בו נקשר p53 לאתרי המטרה השונים. מחקרים רבים הראו, שאתרים אלה מורכבים משני רצפי קישור (באורך של 10 זוגות בסיסים כל אחד), שאליהם נקשרות ארבע מולקולות של p53. בשנת 2006 הצליחה קבוצת המחקר של פרופ' שקד לראשונה ליצור גבישים של רביעיות של p53 כשהן קשורות לרצפי די-אן-אי שונים, ולפענח את המבנים התלת-ממדיים שלהם. ממצאי המחקר, שהתפרסמו בכתב העת Molecular Cell, הראו כי שני זוגות של חלבוני p53 נקשרים לשני רצפי הדי-אן-אי זה בסמוך לזה, ויוצרים צבר (complex) מרובע. עוד התגלה, כי אתרי מטרה מרצפים שונים מקיימים דפוסים שונים של אינטראקציות עם ה-p53: חומצות האמינו המצויות באזור הקישור של החלבון מסתובבות על צירן בהתאם לרצף הדי-אן-אי שאליו הן נקשרות, כדי להיצמד אליו בצורה החזקה ביותר. 
 
במחקרים שנעשו בהמשך, בקבוצות מחקר נוספות, התברר כי על אף שבכל המקרים נקשרות ארבע מולקולות חלבון לדי-אן-אי, אפשר לחלק את הצברים לשני סוגים מרכזיים, בהתאם לאתרי המטרה שלהם: בסוג הראשון, שני רצפי הקישור מופרדים על-ידי רצף של זוגות בסיסים באורך לא קבוע. בסוג השני לא קיימת הפרדה, ושני הרצפים צמודים זה לזה. עוד התברר, כי אתרים מהסוג השני, הצמוד, ממוקמים לפני גנים שקשורים בעצירת חלוקה, ואילו אתרים מהסוג הראשון, המופרד, נמצאים לפני גנים המוציאים לפועל את תוכנית האפופטוזיס.
 
במבנים הגבישיים שחקרה קבוצתה של פרופ' שקד ב-2006 היו אתרי המטרה מהסוג המופרד, ולכן הועלו מספר שאלות: האם קיימים הבדלים בסידור המרחבי של צברי p53 עם אתרי המטרה השונים? אם כן, מה משמעותם של ההבדלים האלה, וכיצד הם משפיעים על יחסי הגומלין בין החלבונים לבין הדי-אן-אי? והאם יש להם תפקיד בהחלטה לאיזה מסלול יש להפנות את התא הפגוע? פרופ' שקד וחברי קבוצת המחקר שלה - החוקרת הבתר-דוקטוריאלית ד"ר מלכה קיטיינר, עמית המחקר ד"ר חיים רוזנברג, תלמיד המחקר עודד סואד, ופרופ' דב רבינוביץ - חקרו סוג חדש של גבישים, שבהם p53 קשור לאתרי מטרה מהסוג הצמוד. הממצאים שלהם, שהתפרסמו באחרונה בכתב העת Nature structural and molecular biology, מספקים מידע חדש על ההבדלים התלת-ממדיים בין שני סוגי הצברים: הרווח שבין רצפי הקישור גורם לשני זוגות ה-p53 להסתובב זה ביחס לזה. "השינוי הקטן-לכאורה הזה מוביל לשינוי מוחלט בארכיטקטורה של הצבר, בזיקה של החלבון לדי-אן-אי, וביכולת הגישה של חלבונים נוספים להצטרף למבנה. למעשה, זה הבדל של עולם ומלואו", אומרת פרופ' שקד. בעוד שעל אתר המטרה מהסוג הצמוד מסתדרת רביעיית החלבונים בשני זוגות מקבילים, בצורת מקבילית מישורית, על אתר המטרה מהסוג הלא-צמוד הם יוצרים צורת מקבילית מפותלת (ראו איור). בצורה הצמודה, קשרי הגומלין בין ארבעת החלבונים חזקים הרבה יותר, המבנה יציב הרבה יותר, והזיקה לדי-אן-אי חזקה יותר. כאשר הזיקה חלשה יותר, נדרשים חלבונים נוספים כדי לייצב את המבנה. ייתכן כי חלבונים נוספים כאלה מעורבים בהחלטה אם לנסות לתקן נזקים, או להשמיד את התא.
 
כשבחנו המדענים את זוגות הבסיסים בזה אחר זה, הם גילו הבדל מעניין נוסף בין שני אתרי המטרה. מתברר כי באתרים חסרי הרווח, בסיסי הדי-אן-אי מסוג אדנין מסובבים ב-180 מעלות ביחס לבני זוגם מהגדיל המקביל, בסיסי תימין, ויוצרים מבנה מיוחד. חישובים שעשו מדענים מאוניברסיטת קולומביה בניו יורק הראו, כי משיכה חשמלית חזקה תורמת ליציבות הגדולה יותר של המבנים מהסוג הזה. "התגלית הזאת מרחיבה את אפשרויות הקריאה הידועות של רצף הדי-אן-אי - לא רק בהקשר ל-p53, אלא גם לגבי חלבונים דומים נוספים", אומרת פרופ' שקד. "מתברר כי בנוסף למידע המצוי ברצף הבסיסים, קיים אלף-בית נוסף, הטמון בזווית שבין הבסיסים, אשר מרחיב עוד יותר את אפשרויות הזיהוי של הצופן הגנטי".
 
בקבוצת הביולוגיה המבנית של p53 משתתפים גם ד"ר נעמה קסלר, ד"ר יעל דיסקין-פוזנר, אמיר אלדר, אביבה קפיטקובסקי ויעקב חלפון.
 
צברים של ארבע מולקולות p53 על אתרי מטרה מהסוג הצמוד (משמאל) ומהסוג המופרד (מימין). די-אן-איי צבוע בכחול, זוגות p53 בצבעי תכלת וירוק, יוני אבץ בסגול
 
 
 
 
 
 
 
 
מימין: ד"ר מלכה קיטיינר, אמיר אלדר, אביבה קפיטקובסקי, ד"ר חיים רוזנברג, פרופ' ציפי שקד, יעקב חלפון, ד"ר נעמה קסלר וד"ר יעל דיסקין-פוזנר. אלף-בית
כימיה
עברית

פגישה, חצי פגישה

עברית
 

מימין: סאשה גרסטן, איתמר שני, לירון דוד מאסטר, ד"ר אדוארדס נרייביצ'יוס, איתי לברט ואלון הנסון. לחץ גבוה

 
יחסים מוצלחים בין מולקולות - ממש כמו יחסים אנושיים - דורשים מספר תנאים בסיסיים: תחילה המולקולות צריכות להיתקל זו בזו, ולאחר המפגש יש לספק להן פרק זמן מינימלי להתרחשות תגובה כימית. אלה הן שתי בעיות איתן מתמודד ד"ר אדוארדס נרייביצ'יוס, מהמחלקה לפיסיקה כימית שבפקולטה לכימיה. ד"ר נרייביצ'יוס מתעניין בתופעות הקוונטיות שבאות לידי ביטוי בתגובות כימיות, כאשר הן מתרחשות בטמפרטורות נמוכות מאוד - קרוב לאפס המוחלט. כדי לחקור תופעות אלה, שאינן באות לידי ביטוי בטמפרטורות גבוהות יותר, הוא מפתח שיטות המאפשרות לקרר את המולקולות, ובתוך כך גם מספקות את התנאים הנדרשים לצורך מפגש ואינטרקציה ביניהן. "בניגוד לקירור של אטומים, שהוא פשוט יחסית, קירור מולקולות לטמפרטורה קרובה לאפס המוחלט הוא מסובך", הוא אומר. "במולקולות יש הרבה רמות אנרגיה וגם סוגים שונים של תנועה - כמו ויברציות ורוטציות - אשר מקשים על הקירור".

כיצד מקררים מולקולות? השיטה הנפוצה ביותר פותחה לפני כמחצית המאה, וזיכתה את ממציאיה - דדלי הרשבך ויואן לי - בפרס נובל בכימיה לשנת 1986. בשיטה זו, הקרויה supersonic beam, יוצרים אלומה של המולקולות אותן מעוניינים לקרר, כשהן נישאות בתוך גז קר. כאשר מאפשרים לגז להשתחרר בלחץ גבוה לתוך ריק - הוא מתקרר (מאותה סיבה גורם שחרור של גז בישול להתקררותו של צינור הגז ולהצטברות של קרח על גבי הצינור). שיטה זו היא פשוטה, קל וזול לתפעל אותה, ואפשר, באמצעותה, לקרר חומר המצוי בטמפרטורת החדר (כ-300 מעלות קלווין) לטמפרטורה של עשירית המעלה מעל האפס המוחלט. באמצעות הרצת שתי אלומות זו מול זו אפשר לחקור את התגובה הכימית בין שתי מולקולות, המתרחשת בנקודת המפגש של האלומות. אולם לשיטה זו יש חיסרון משמעותי, שמקורו בעובדה שאנרגיה אינה הולכת אף פעם לאיבוד: האנרגיה שהשתחררה מהמערכת בתהליך הקירור הופכת לאנרגיה של תנועה, והאלומה מאיצה למהירות שעשויה להגיע עד שני ק"מ בשנייה. בגלל המהירות הגבוהה, משך המפגש בין שתי האלומות הוא קצר ביותר - מה שמקשה על היווצרותה של תגובה כימית, מסבך את המעקב אחריה, ואף משפיע על תוצרי התגובה.
 
"המטרה שלנו היא לקחת את המולקולות המקוררות שבאלומה, ולבטל את אפקט ההאצה - וכך ליהנות מיתרונות השיטה, ולבטל את חסרונותיה", אומר ד"ר נרייביצ'יוס. שיטתו לעצירת מולקולות ולכידתן - אותה התחיל לפתח במהלך מחקרו הבתר-דוקטוריאלי בקבוצתו של מארק רייזן באוניברסיטת טקסס באוסטין - דומה לפיתוח של ג'ראר מאייר הקיים זה עשור, הקרוי Stark decelerator. אך בעוד ששיטתו של מאייר מאטה את המולקולות בהדרגה באמצעות פולסים של שדה חשמלי, מבוססת שיטתו של ד"ר נרייביצ'יוס על פולסים של שדה מגנטי. השדה המגנטי, כך גילה, יעיל עבור טווח גדול יותר של חומרים - כל מולקולה או אטום בעלי מומנט מגנטי קבוע. אך גם לשיטה זו חסרונות משלה: במהלך ההאטה נגרמים הפסדים גדולים של חומר, והמולקולות מתפזרות ומתרחקות זו מזו. המולקולות הבודדות הללו - בדומה למולקולות המהירות - מתקשות "להכיר" מולקולות אחרות, ולפתח יחסים משמעותיים אשר יובילו לתגובה כימית.

כדי לנסות להתגבר על הבעיה הזו, מפתח ד"ר נרייביצ'יוס מלכודת מגנטית - מעין ספל אשר מחזיק את המולקולות בתוכו לכל אורך התהליך. המלכודת בנויה משני סלילים מגנטיים שבתוכם עובר זרם בכיוונים מנוגדים. באופן זה נוצר "בור" אשר מגביל את תנועת המולקולות, ואינו מאפשר להן לצאת. כדי שהמלכודת תתפקד כראוי - כפי שיודע כל מי שניסה לרוץ כשהוא אוחז בספל קפה - ההאטה צריכה להתרחש באופן הדרגתי, שכן בלימה פתאומית תגרום למולקולות להישפך מתוך המלכודת. לצורך כך פיתח ד"ר נרייביצ'יוס רצף של למעלה מ-200 מלכודות חופפות, המופעלות בהדרגה, בזו אחר זו, כאשר מהירותה של מרכז המלכודת מואטת בהדרגה פי 100. ממצאים ראשוניים שהתקבלו במעבדתו מראים, כי באופן זה אפשר להגיע לתאוטה של עשרת אלפים g) g הוא תאוצת הכוח על פני כדור-הארץ), ולהגיע לניצולת של כ-30% מהחומר - לעומת מספר עשיריות האחוז שהתקבלו עד כה.

כעת, משהצליח ליצור מלכודת ובה מולקולות מקוררות ואיטיות, מתכנן ד"ר נרייביצ'יוס להשתמש באמצעי שפיתח כדי ללמוד על היחסים הנרקמים ביניהן. במיוחד מעניינות אותו תגובות בעירה - בהן מעורבות מולקולות חמצן, וכן התנגשויות "עצמיות" של מולקולות מאותו סוג. בנוסף, ברצונו למצוא דרכים להתקרב עוד יותר לנקודת האפס המוחלט, ולקרר את המולקולות במלכודת שיצר - שהטמפרטורה שלהן כיום עומדת על 100 אלפיות המעלה מעל האפס המוחלט - לאלפית המעלה בלבד, או אף פחות מכך.
 

אישי

אדוארדס נרייביצ'יוס נולד בשנת 1973 בווילנה, ליטא. להישגיו המדעיים הראשונים הגיע כנער, כאשר זכה במקום הראשון באולימפיאדה הסובייטית בכימיה לתלמידי תיכון. לאחר מכן עלה לארץ והשלים לימודי תואר ראשון (1995) ותואר שלישי (2002) בכימיה בטכניון, ובמקביל שירת בצה"ל כמפתח אמצעי לחימה. למרות השכלתו ככימאי תיאורטי, הוא הלך והפך בהדרגה לניסיונאי. בשנים 2005-2000 עבד כמדען בכיר בחברת ההזנק OpTun Inc, המפתחת רכיבי תקשורת אופטיים, שם פיתח ורשם פטנט על מתג אופטי המשמש כיום כרכיב בהתקנים אופטיים שונים, ולאחר מכן יצא למחקר בתר-דוקטוריאלי באוניברסיטת טקסס באוסטין, שם החל את מחקריו העוסקים בהאטה ובלכידה של מולקולות ואטומים. בשנת 2008 הצטרף למחלקה לפיסיקה כימית במכון ויצמן למדע.
 
ד"ר נרייביצ'יוס נשוי ליוליה, מהנדסת חשמל, ואב לשני בנים: יואב בן השש ועידן, בן שלוש. בזמנו הפני הוא מתרגל את אמנות הלחימה קונג פו ומנגן בפסנתר.
 
 

meeting, half meeting

 
 
 
 
 

 

 
מימין: סאשה גרסטן, איתמר שני, לירון דוד מאסטר, ד"ר אדוארדס נרייביצ'יוס, איתי לברט ואלון הנסון. לחץ גבוה
כימיה
עברית

ארגז כלים

עברית

פרופ' יואל זוסמן, ד"ר חיים פרילוסקי, פרופ' דורון לנצט, מרילין שפרן ופרופ' מאיר וילצ'ק. מידע גנטי

מאגרי מידע, אלגוריתמים וכלים אינטרנטיים אחרים - אשר פותחו במכון ויצמן למדע - מסייעים למדענים ברחבי העולם למצוא את דרכם בשטף המידע הנובע מפרויקט המיפוי והפיענוח של גנום האדם, וממיזמים נוספים בתחום זה. נא להכיר שני כלים מבין הפופולריים ביותר.

 

האולר השווייצרי של כריית מידע

"כלי יוצא דופן, כמו האולר השווייצרי האגדי", מתלהב מדען גרמני. "תחנתי הראשונה כאשר אני נתקל בגן שעליו אני לא יודע כלום (דבר הקורה לעיתים קרובות)", כותב חוקר מסקוטלנד. "משאב נפלא", מאשרת אחות רחמנייה ממרכז רפואי גדול באוהיו. זהו מדגם מצומצם מהשבחים שמרעיפים ביולוגים, רופאים וסטודנטים על GeneCards, מאגר המידע שפותח במכון ויצמן למדע, אשר כולל את כל
הגנים - ידועים וחזויים כאחד - המצויים בגוף האדם. הבלוג המתמקד בביואינפורמטיקה, BioGPS, דירג את GeneCards כ"כלי הנפוץ ביותר לאיתור מידע גנטי באינטרנט".

GeneCards בן ה-13 הוא כבר ממש "סבא" במונחי האינטרנט, אבל הוא פופולרי יותר מאי-פעם. הוא מושך כחצי מיליון כניסות בחודש, שמבצעים מדענים וסטודנטים מכ-1,000 אוניברסיטאות, בתי-חולים, חברות ביוטכנולוגיה ומוסדות אחרים בעולם. "סוד ההצלחה", אומרת המהנדסת מרלין שפרן, ראש צוות הפיתוח של GeneCards, "נובע מכך שהוא נשאר ידידותי למשתמש על אף היקפו הגדול: הוא משלב מידע מכ-80 מקורות שונים, לרבות מידע על מוצרים גנטיים של חברות מסחריות".

GeneCards מציע עמוד אינטרנטי לכל גן. הוא מתעדכן באופן שוטף באמצעות תוכנות כריית מידע - "רובוטים" חכמים אשר מבצעים חיפוש במאגרי מידע גנומיים ובאתרים שונים, ומציגים את המידע הזה באופן נוח לקריאה. הוא גם מדרג את התוצאות של כל חיפוש, כך שהתוצאות הרלבנטיות יותר יופיעו בראש הרשימה.
 
 
פיתוח GeneCards החל בשנת 1997 במעבדתו של פרופ' דורון לנצט מהמחלקה לגנטיקה מולקולרית במכון ויצמן למדע. הצוות כלל אז את ד"ר חיים פרילוסקי, כיום ראש היחידה לביואינפורמטיקה במכון, וכן את החוקרים הבתר-דוקטוריאליים ד"ר מיכאל רבהן, כיום בעל תפקיד בכיר בתעשיית התרופות בשווייץ, וד"ר ורד כליפא-כספי, כיום ראש היחידה לביואינפורמטיקה באוניברסיטת בן-גוריון בנגב. הגישה העומדת בבסיס GeneCards הייתה פורצת דרך, ושימשה אב-טיפוס למאגרי מידע וליישומים רבים נוספים בתחום הגנומיקה.
 

אנציקלופדיה של חלבונים

ערן הודישיותר מתריסר פרסי נובל, כולל זה שקיבלה בשנת 2009 פרופ' עדה יונת ממכון ויצמן למדע, הוענקו למדענים אשר חקרו את מבניהן של מולקולות ביולוגיות גדולות. דימויים תלת-מימדיים של חלבונים מעטרים באופן קבוע את השערים של כתבי עת מדעיים מובילים, אך אפילו ביולוגים מנוסים מתקשים לעיתים לפענח את הידע המבני, שלא לדבר על שילובו במחקרים שלהם.
 
כאן בדיוק נכנסת לתמונה פרוטיאופדיה (Proteopedia), זוכת פרס Labby Multimedia Award לשנת 2010, שמעניק כתב העת המדעי The Scientist. זוהי אנציקלופדיה של מבנים תלת-ממדיים של חלבונים ומולקולות ביולוגיות גדולות אחרות, אשר נוצרה במכון ויצמן למדע. המשאב הזה קל לשימוש ונגיש למדענים בכל העולם, ללא תשלום.

מאז שנוצרה בשנת 2007, פרוטיאופדיה גדלה ומתפתחת ללא הרף. כיום היא כוללת כ-70 אלף מבנים אינטראקטיביים. כל אחד מהם אפשר לסובב או להגדיל על המסך. אפשר גם לשנות את אופן הצגת המבנים תוך כדי קריאת הטקסט המלווה: הקשה על מילים מסוימות בטקסט מתאימה את התצוגה כך שתתמקד בפרטים הרלבנטיים.
 
פרוטיאופדיה מבוססת על תוכנת WIKI, המאפשרת למשתמשים לשנות את התוכן (כמו בוויקיפדיה), דבר שמאפשר שיתוף במידע בין מדענים. אך להבדיל מוויקיפדיה, רק מדענים מומחים בתחומם רשאים לבצע את השינויים.

פרוטיאופדיה פותחה על-ידי צוות מדענים ממכון ויצמן למדע, בראשית פרופ' יואל זוסמן מהמחלקה לביולוגיה מבנית, ד"ר חיים פרילוסקי מהשירותים הביולוגיים, וערן הודיש מהמחלקה למדעי המחשב ומתמטיקה שימושית.
 

עוסקים במלאכה

הצוות הנוכחי של מפתחי GeneCards כולל 12 תלמידי מחקר, חוקרים בתר-דוקטוריאליים ומתכנתים: מרלין שפרן, ד"ר גיל שטלצר, ד"ר אריק הראל, אירינה דלח, נעמי רוזן, נעם נתיב, ד"ר ציפורה עיני-שטיין, אלכסנדרה מדי, ד"ר איריס בהיר, חגית קרוג, ד"ר מיכאל שמויש (מהטכניון) ופרופ' דורון לנצט. כיום, ממשיך הצוות לפתח יישומים ואלגוריתמים חדשים, כמו GeneDecks, המאפשר לזהות שיתוף תכונות בקבוצות גנים, ו-GeneALaCart, המציג טבלאות נוחות עם תכונותיהם של גנים רבים לפי דרישה. מימון המחקר בא, בין היתר, מתמלוגי חברת זנקס (Xennex), שהקימה "ידע מחקר ופיתוח" כדי לאפשר שימוש מסחרי ב-GeneCards.
 

תוצרת המכון

Made in Weizmann הוא שמו של יום עיון על כלים אינטרנטיים בעלי חשיבות עולמית אשר פותחו במכון ויצמן למדע, שייתקיים במכון ב-26 בינואר 2011. בין הנושאים שיידונו בכנס: דרכים לעידוד היצירתיות ושיפור העברת הכלים אשר פותחו במכון לתעשייה ולמרכזי מחקר.
 
את כל התוכנות שפותחו במכון ויצמן למדע אפשר למצוא באתר.
 

בידוד ביולוגי

כאשר ביצע פרופ' מאיר וילצ'ק, כמדען צעיר, את מחקרו הבתר-דוקטוריאלי, בשנות ה-60 של המאה הקודמת, נדרשו מאמצים אדירים, שנמשכו לעיתים מספר שנים, כדי לבודד חלבון אחד מתוך תערובת. בשנת 1968 פיתח פרופ' וילצ'ק, יחד עם שותפיו, שיטה הקרויה כרומטוגרפיית זיקה (affinity chromatography), אשר מאפשרת לבצע את המשימה תוך שעות ספורות בלבד. השיטה חוללה מהפכה בבידוד חומרים ביוכימיים, וסללה דרכים חדשות בביולוגיה, בביוטכנולוגיה, בכימיה, בננוטכנולוגיה ובתחומים רבים נוספים, כולל פיסיקה. היא הובילה לאין-ספור פיתוחים מודרניים במדעי החיים, כמו שבבי די-אן-אי ושבבי חלבונים. לשיטה השפעה עמוקה במיוחד על רפואה: כך, לדוגמה, היא האיצה במידה ניכרת את פיתוחן של כל התרופות העשויות מחלבון. על פיתוח השיטה, ועל מחקריו הענפים הנוגעים לזיקה בין מולקולות שונות, זכה פרופ' וילצ'ק בפרסים רבים, ובהם פרס ישראל ופרס וולף לרפואה.
 
מימין: פרופ' יואל זוסמן, ד"ר חיים פרילוסקי, פרופ' דורון לנצט, מרילין שפרן ופרופ' מאיר וילצ'ק. מידע גנטי
מתמטיקה ומדעי המחשב
עברית

צעירים לנצח

עברית
 
 
 
פרופ' דוד גבעול ופרופ' שמואל (שפילק'ה) רוזנבלט תיכנות מחדש
 
 
תאי גזע הם כמו מעיין הנעורים - סם חיים שעתיד יום אחד לתקן שריר לב עייף ופגוע, או לשים קץ למחלה ניוונית. אבל המציאות רחוקה עדיין מהציפיות. מחקר שביצעו באחרונה פרופ' דוד גבעול ושותפיו למחקר מהמחלקה לביולוגיה מולקולרית של התא במכון ויצמן למדע עשוי, אולי, בעתיד, להציע פתרון לחלק מהבעיות הכרוכות בשימוש רפואי בתאי גזע.

מחקרים רבים בתאי גזע מבוצעים בתאי גזע עובריים - התאים הראשוניים של העובר המתפתח. תאי הגזע העובריים מסוגלים להתמיין בכל כיוון ולהפוך לכל סוג תא בגוף. הודות לתכונה הייחודית הזו הם נחשבים לא רק לכלי מחקר אידיאלי, אלא גם - לפחות באופן תיאורטי - לתרופה אידיאלית, אשר עשויה להוות בסיס לטיפול בשורה ארוכה של מחלות, בפרט כאלה הקשורות בהזדקנות ובניוון תאים. הבעיה היא, שהמקור היחיד לתאים אלה הוא עוברים של בני-אדם, דבר שמציב הגבלות אתיות על השימוש בהם.

בשנת 2006 הציע המדען היפני שיניה יאמאנאקה דרך לפתרון הבעיה, וגרם סערה בעולם המדע: מחקריו הראו, כי אפשר "לתכנת מחדש" תאי עור בוגרים, כך שיהפכו לתאים דמויי תאי גזע עובריים. תאים אלה אינם זהים לחלוטין לתאי גזע עובריים, אבל יש להם יכולת להתמיין לכל סוג תא. תהליך ה"תיכנות מחדש" של התאים היה פשוט במידה מפתיעה: התברר, כי די בהחדרת ארבעה גנים לתוך הדי-אן-אי של תא העור כדי להחזיר את השעון אחורנית, ולשנות תאים שגורלם נקבע לפני זמן רב. התאים החדשים קיבלו את השם (iPS(induced pluripotent stem.

"חשיבותה של התגלית הזאת", אומר פרופ' גבעול, "הייתה לא רק ביישומיה הביו-רפואיים העתידיים האפשריים, אלא גם בכך שהיא הפכה על פיה את ההנחה הישנה, שהתמיינות תאים היא תהליך חד-כיווני שלעולם אי-אפשר להחזירו לאחור". במציאות, אמנם, התאים שלנו "נעולים" בדרך כלל במסלול סגור, אך למעשה תאי כל הרקמות שלנו - משרירים ועד עור - מכילים את כל הכלים הגנטיים הדרושים כדי ליצור את כל סוגי התאים. כדי לתכנת אותם מחדש צריכים, במובן מסוים, לגלות כיצד להפעיל גנים מסוימים ולהפסיק את פעילותם של גנים אחרים, וכך לחזור למצב של תא הגזע העוברי. התברר, כי ארבעת הגנים הדרושים לתיכנות מחדש שייכים לקבוצת גנים קטנה אשר מפעילה גנים אחרים בתאי הגזע העובריים. לאחר התמיינות התא, גנים אלה "משתתקים".
 
למרות פריצת הדרך, תאי ה-iPS החדשים אינם יכולים לשמש כמכשיר רפואי. הבעיה היא, שארבעת הגנים המוחדרים לתוכם לצורך התיכנות מחדש נשארים במקומם בתוך הדי-אן-אי, וממשיכים לפעול - ולהפעיל גנים נוספים - גם בשלב בו הם אמורים להשתתק. פעילות כזאת עלולה לחולל תהליכים סרטניים ומוטציות מזיקות. "למעשה", אומר פרופ' גבעול, "כל החדרה של די-אן-אי לתוך הגנום היא מסוכנת, ועלולה לגרום לתוצאות לא-צפויות".

מסיבה זו, מאז שנוצרו תאי ה-iPS הראשונים מחפשים מדענים רבים דרך להימנע מהסיכון. בין היתר הוצעו שיטות מורכבות להוצאת פיסות הדי-אן-אי לאחר שסיימו את עבודתן. בגישה אחרת היא מחליפים את החדרת הגנים בהחדרה ישירה של תוצרי הגנים - חלבונים. אך שתי הגישות עדיין בעייתיות.
 
תאי גזע שעברו תיכנות מחדש באמצעות אר-אן-אי (RiPS) מגדלים שלוחות ארוכות האופייניות לתאי עצב, לאחר העברתם למשטח גידול חדשפרופ' גבעול, יחד עם עמיתיו, ד"ר אדוארד יעקובוב ופרופ' שמואל (שפילק'ה) רוזנבלט מאוניברסיטת תל-אביב ופרופ' גדעון רכבי מהמרכז הרפואי על-שם שיבא בתל-השומר ומאוניברסיטת תל-אביב, בחרו בדרך ביניים. השיטה שלהם מבוססת על הגורם המתווך בין הדי-אן-אי לחלבון: מולקולות האר-אן-אי-שליח (mRNA), אשר מובילות את התוכנית לייצור חלבונים מגרעין התא אל בתי החרושת לחלבונים - הריבוזומים. מולקולות האר-אן-אי מתפרקות לאחר זמן קצר - דבר שיכול למנוע את הבעיות הנובעות מחומר גנטי זר הנשאר בתא. תכונה חשובה אף יותר של האר-אן-אי היא, שהוא אינו משתלב בגנום, ולכן אינו מהווה סכנה להיווצרות מוטציות. מנגד, החלבונים שהוא מקודד נוצרים, מתקפלים ומעובדים על-ידי מכונות התא המאכסן, ולכן הם צפויים לתפקד כראוי וללא הפרעה בתוכו.
 
המדענים יצרו במבחנה אר-אן-אי-שליח של ארבעת הגנים הנדרשים לתיכנות מחדש, והחדירו אותו לתאים בוגרים שגודלו בתרבית. הם חזרו על ההחדרה מספר פעמים, ולאחר שבוע ימים ביטאו התאים הבוגרים גנים אופייניים לפעילות של תא גזע עוברי. כאשר העבירו את התאים למשטח גידול אחר, התחילו התאים - שמקורם ברקמת חיבור - לגדל זרועות ארוכות האופייניות לתאי עצב. החוקרים קראו לתאים אלה iPS-RiPS שנוצרו באמצעות אר-אן-אי.
 
נדרשים ניסויים נוספים כדי לבדוק אם התאים החדשים אכן ניחנים בכל תכונותיהם של תאי iPS. פרופ' גבעול: "בשלב זה הוכחנו כי אפשר לבצע תיכנות מחדש באמצעות אר-אן-אי-שליח, וכי הוא משמש תחליף יעיל לדי-אן-אי. נראה ששיטות המבוססות על אר-אן-אי יתפסו חלק חשוב מאוד בתיכנות תאים". מספר קבוצות מחקר, ובהן גם כאלה המקוות לפתח יישומים ביו-רפואיים, כבר גילו עניין בשיטה החדשה. פרופ' גבעול: "תאי גזע המתוכנתים מחדש באמצעות אר-אן-אי עשויים לקדם את פיתוחה של רפואה אישית על-ידי תאים. בעתיד, אפשר יהיה ליצור תאי iPS באמצעות תיכנות מחדש של תאי של אדם בוגר, ובהמשך להפוך את תאי הגזע האלה לסוג התאים הרצוי - גם זאת באמצעות אר-אן-אי-שליח של הגנים האחראים להתמיינות הרצויה, כמו שריר, עצב וכדומה. תאים אלה יוכלו לשמש לטיפול במחלות רבות, כולל כאלה שכיום לא ניתן לרפאן".
 
 
 
ד"ר אדוארד יעקובוב                                 פרופ' גדעון רכבי
 
                                                                                 
ד"ר אדוארד יעקובוב
 
 
גכ                                                                                                                                                                                          
פרופ' גכעגכגדעון רכבי
 
 
 
 
תאי גזע שעברו תיכנות מחדש באמצעות אר-אן-אי (RiPS) מגדלים שלוחות ארוכות האופייניות לתאי עצב, לאחר העברתם למשטח גידול חדש
מדעי החיים
עברית

מבט על

עברית
 
 
מימין: ד"ר שגית מאיר, ד"ר אילנה רוגצ'ב, סרגיי מליצקי וד"ר אסף אהרוני. מולקולות קטנות
 
ההולך על הקרקע באיזור נסקה, פרו, אינו יכול לנחש כי מבט מן האוויר על המדבר יגלה צורות ענק מורכבות - ובהן עכבישים, קופים ואנשים - שאין כל דרך לראותן בשלמותן מקרוב, מגובה פני הקרקע. האפשרות להשתמש במבט-על כדי לחשוף תבניות, מגמות ותהליכים הולכת ומתקבלת בחקר מדעי החיים, והיא מגובה על-ידי התפתחויות טכנולוגיות. אל הפרויקטים הגנומיים, המספקים תמונה מקיפה של החומר הגנטי, הצטרפו טכנולוגיות אשר מאפשרות מיפוי של מערכי חלבונים ("פרוטאומיקס") ושל כלל הגנים המתבטאים ("טרנסקריפטומיקס"). השחקן הצעיר יחסית במגרש הזה הוא ה"מטבולומיקס": טכנולוגיה המאפשרת קבלת פרופיל של כלל המולקולות הקטנות - כמו הורמונים, ויטמינים, חומצות אמינו וחומרים רבים נוספים - המצויות בתא, ברקמה או ביצור חי. פרופיל כזה יכול לשמש הן ככלי דיאגנוסטי והן ככלי מחקרי, שיישומיו כוללים, בין היתר, קביעת תפקידים של גנים לא מוכרים, זיהוי מסלולים מטבוליים חדשים, אופטימיזציה של הנדסה גנטית, ועוד.
 
מעבדתו של ד"ר אסף אהרוני במחלקה למדעי הצמח היא היחידה בארץ - ואחת ממספר מעבדות בודדות בעולם - בה הוקמה מערכת מטבולומיקס המסוגלת לספק פרופיל מטבולי כזה ולנתח אותו. ד"ר אהרוני וחברי קבוצתו - עמיתת המחקר ד"ר אילנה רוגצ'ב, תלמיד המחקר סרגיי מליצקי, טכנאית המעבדה ד"ר שגית מאיר, ד"ר לאוניד ברודסי, האמון על הצד המתמטי-סטטיסטי, ובשיתוף עם ד"ר אריה תשבי מהמחלקה לתשתיות למחקר כימי - משלבים שיטות מתחום הכימיה האנליטית, הביולוגיה המולקולרית ושיטות לעיבוד מידע, באופן המאפשר להם לבחון את ה"עצים" מבלי להזניח את ה"יער". בשל היותה מערכת כללית, הפכה המעבדה למוקד עלייה לרגל עבור מדענים מהמכון, וממוסדות מחקר נוספים, המעוניינים להשתמש בשירותיה לצורך מחקרים בנושאים שונים. ד"ר אהרוני, מצידו, משתמש במערכת שפיתח עבור שורה של מחקרים העוסקים בוויסות מסלולים מטבוליים בצמח.
 
עיקר העניין של ד"ר אהרוני מופנה למטבוליטים משניים - שם כולל לחומרים שאינם חיוניים לתיפקודו של הצמח אך ממלאים בו תפקידים חשובים, בעיקר בהגנה מפני גורמי מחלות ומפני תנאי סביבה קשים. מספר הסוגים של מטבוליים משניים מוערך ב-200,000 בממלכת הצמחים כולה, ובתא בודד קיימים בין 5,000 ל-20,000 חומרים כאלה. ברור כי שיטות האנליזה המסורתיות, אשר יודעות "לחפש" חומרים בודדים ומוכרים, אינן מסוגלות להתמודד עם אתגר כזה. כאן בדיוק נכנסת לפעולה גישת ה"מטבולומיקס". במערכת הנמצאת במעבדתו של ד"ר אהרוני - המבוססת על ספקטרוסקופיית מאסות, ומשלבת מספר שיטות להפרדת החומרים ולזיהויים - מתקבלים נתונים המייצגים אלפי חומרים לא מוכרים. כך, לדוגמה, בצמד מחקרים, שהתפרסם בכתבי העת Plant Physiology ו-PLoS Genetics, יצרו ד"ר אהרוני וחברי קבוצתו פרופיל מטבולי מקיף של רקמות שונות בפרי העגבניה, ועקבו אחר השינויים המתחוללים בו במהלך ההבשלה. בתוך כך התגלה מסלול מטבולי לא מוכר, האחראי על הצטברות חומר הגנה בקליפת הפרי הבשל.
 
אבל למערכת לא איכפת אם מכניסים לתוכה רסק עגבניות או מיצוי תאי כבד. מדענים בפקולטות למדעי החיים במכון מנצלים אותה למיגוון רחב של מחקרים. כך, בין היתר, משתמש בה ד"ר רון מילוא כדי להשוות חיידקים שעברו הנדסה גנטית לחיידקים רגילים; פרופ' צחי פלפל ביצע אנליזה מטבולית של מוטנטים בשמרים; פרופ' דן תופיק מנסה לזהות את תוצרי "העבודות הצדדיות" של אנזימים שונים; ופרופ' אבי לוי מתחקה אחר השינויים המטבוליים שהתחוללו בחיטה במהלך האבולוציה ותהליכי הביות. נראה שכמו הרבה פעמים בהיסטוריה של המדע, כלי חדש פותח שדות מחקר חדשים ואפשרויות חדשות ללמוד על עובדות החיים.
 
מימין: ד"ר שגית מאיר, ד"ר אילנה רוגצ'ב, סרגיי מליצקי וד"ר אסף אהרוני. מולקולות קטנות
מדעי החיים
עברית

שלום, אני נוסעת

עברית
 

 

 
ד"ר איל שכטר ושאול יוגב
 
תא העצב הוא פלא הנדסי אמיתי: מולקולות מעבירות אותות וחומרים אחרים שנוצרים בגוף התא למרחקים עצומים לאורך שלוחות התא (אקסונים). לשם השוואה, אם רוחבו של גוף תא העצב היה כמטר, אורכם של האקסונים הארוכים יכול היה להגיע לעשרות קילומטרים.
 
כדי להבטיח תנועה מהירה של מולקולות על פני מרחקים מרשימים אלה, משתמשות המולקולות במסגרת הפנימית הנוקשה של שלד התא, אשר מקנה לתא את צורתו ומשמש כמערך פסי רכבת אשר עליהם מתנהלת התחבורה לאורך האקסון. מולקולה אשר צריכה להגיע לקצה האקסון תעשה את דרכה בדרך כלל לאורך השלד התאי, בתוך "קרון" שהוא שלפוחית קטנטנה.
 
שלב בהתפתחות העין של זבוב "תסיסנית המחקר" (דרוזופילה). השלוחות העצביות של תאי העצב שבעין עוברות מהעין (שמאל) דרך הגבעול האופטי, ומתחברות לאונה האופטית במוחאבל מדעני מכון ויצמן למדע הראו באחרונה, שקיים "אמצעי תחבורה" אחר לחלוטין המציע את שירותיו למולקולות שמבקשות לנוע לאורך האקסונים של תאי העצב. זוהי מערכת פנימית של קרומים הקרויה רשתית אנדופלסמתית(endoplasmic reticulum). מדובר באברון תאי גדול אשר מסוגל לאחסן ואף לייצר חומרים שונים. הוא עוטף את גרעין התא, אך נמשך גם לאורך השלד התאי, ומגיע לחלקים שונים של התא. תגלית זו, שפורסמה באחרונה בכתב-העת המדעי המקוון PLoS Biology, עלתה ממחקר שביצע תלמיד המחקר שאול יוגב ביחד עם ד"ר איל שכטר, במעבדתו של פרופ' בן-ציון שילה במחלקה לגנטיקה מולקולרית במכון ויצמן למדע.
 
המחקר בוצע ברימות של זבוב "תסיסנית המחקר" (דרוזופילה). המדענים התמקדו במולקולה מעבירת אותות אשר חיונית לתקשורת בין העין למוח, ושייכת למשפחת חלבונים הקרויים "גורמי צמיחה אפידרמלים",הממלאים תפקידים מרכזיים בגדילה ובהישרדות של תאים ביונקים. מתברר שמולקולה זו, אשר נוצרת בגוף תא העצב, "נוסעת" בתוך הרשתית האנדופלסמתית עד קצה האקסון. היא עושה את דרכה בליווי שני עוזרים: "שומר ראש" מולקולרי אשר מגן עליה מפני נזק, ואנזים אשר חותך את החיבור שלה לתא כשהיא מגיעה לקצה האקסון, ובכך מאפשר לה לצאת החוצה מתא העצב.

המדענים עקבו אחרי תנועותיה של השלישייה באמצעות סמנים פלואורסנטיים. בניסויים נוספים הם ביטלו את נוכחותו של האנזים החותך באמצעות מניפולציה גנטית בתוך הרשתית האנדופלסמתית. כתוצאה מכך, המולקולה המאותתת כלל לא שוחררה מתא העצב, דבר המוכיח שמסלולה התקין אכן חייב לעבור דרך הרשתית האנדופלסמתית, ולא דרך חלקים אחרים של התא.

למרות שהמחקר בוצע בזבובי פירות, הממצאים רלבנטיים ליונקים, לרבות בני-אדם. הבירור המדויק של מעבר האותות בתוך תאי עצב עשוי לתרום להבנת התיפקוד של התאים האלה במצבי בריאות ומחלה.
 
 
פרופ' בן ציון שילה               
 
 
 
מימין: ד"ר איל שכטר ושאול יוגב. תקשורת
מדעי החיים
עברית

כלים שלובים

עברית
 

ד"ר יגאל גת ופרופ' מוטי הייבלום

 

 
מהנדס שהפך לרופא פוגש פיסיקאי. זו לא התחלה של בדיחה, אלא תחילתו של מסלול מחקר יצירתי ומפתיע, אשר עשוי לשנות ללא הכר את אחד מתחומי הרפואה הנפוצים ביותר: רפואת דרכי השתן ומערכת הרבייה של הגבר.

בפרק הראשון של הסיפור, המהנדס יגאל גת השתעמם. העיסוק בהנדסה כבר לא עשה לו את זה. אז הוא הניח את הכל מאחוריו והלך ללמוד רפואה. בפרק השני הוא למד לדעת, להפתעתו, שהידע שצבר במקצועו הקודם מסייע לו בפתרון בעיות בתחום שבו התמחה: תהליכי פריון בגברים. "החדירה של תא הזרע מבעד לקרום הביצית, למשל, היא פעולה מכנית מורכבת, שידע הנדסי עשוי בהחלט לסייע בהבנתה".
 
בפרק השלישי, שבו הרחיב את תחום עיסוקו גם לרפואת דרכי הזרע והשתן בגברים, כבר עשה שימוש נרחב ומשמעותי בידע ההנדסי שלו. אחת התופעות הנפוצות ביותר בתחום רפואי זה היא הגדלת בלוטת הערמונית בגברים שעוברים את גיל 60. "מדובר בתופעה הנובעת מגורם אחד בלבד", הוא אומר. "כמויות גדולות מדי של הורמון המין הגברי, טסטוסטרון, המגיעות אל הערמונית. גודלה של בלוטה זו תלוי לחלוטין באספקה הזאת. יותר טסטוסטרון גורם לגידול של הבלוטה. הפחתה בכמות הטסטוסטרון המגיעה אליה מקטינה את הבלוטה - גם לאחר שכבר גדלה אל מעבר לרצוי".
 
במקרים רבים, כמויות הטסטוסטרון שמגיעות אל הערמונית גדלות במידה רבה מאוד כתוצאה מהרס של שסתומים חד-כיווניים במערכת הניקוז של האשכים. בעצם, אפשר לומר שהצרות בתחום הזה נובעות מהעובדה שבני-אדם הולכים זקופים על שתי רגליים, בניגוד לחיות שהולכות על ארבע, שלהן אין בעיות ניקוז כאלה. אבל יצור שמתעקש ללכת זקוף צריך להעלות דם ורידי מהאשכים אל הלב. הבעיה היא, שהעלאה כזאת של נוזל הדם הוורידי נעשית כנגד כוח הכבידה. לשם כך קיימים בוורידים שסתומים חד-כיווניים שמאפשרים תנועה כלפי מעלה, וחוסמים תנועה כלפי מטה (שסתומים דומים מבצעים פעולה דומה בוורידי הרגליים).
 
"אלא שבחלוף השנים", אומר ד"ר גת, "נשחקים ומתבלים השסתומים האלה. כך, למעשה, לכל הגברים המגיעים לעשורהתשיעי או העשירי לחייהם כבר אין שסתומים תקינים בוורידי האשכים".

התקלה בשסתומים גורמת עלייה בלחץ של נוזל הדם הוורידי באיזור הניקוז של האשכים, שמתגבר על הלחץ של נוזל הדם העורקי הנושא עמו חמצן הנחוץ לאשכים. "התוצאה", אומר ד"ר גת, "היא הידרדרות של ה'מפעל' המייצר תאי זרע". זו הסיבה העיקרית לאי-פריון בגברים. בעקבות תובנות אלו פיתח ד"ר גת, יחד עם שותפו למחקר, ד"ר מנחם גורן, שיטת צינתור לפתרון בעיית הפריון שתועדה בכתבי-עת מדעיים ורפואיים, וכן בספר הלימוד התקני בתחום. שיטה זו גם זכתה להמלצה בספר על פוריות הגבר.

מבחינה הנדסית, לד"ר גת היה ברור ששיבוש בלחצים, המתחולל במערכת אחת, משפיע, בשל עקרון הכלים השלובים, גם על מערכת אחרת. במקרה זה, דם ורידי שיצא מהאשכים כשהוא נושא טסטוסטרון, בדרכו אל הלב, מגיע בחלקו - בשל שיבוש הלחצים - בכיוון הלא-רצוי אל הערמונית, דרך מערכת הניקוז הוורידית שלה.

ההבנה ההנדסית של מערכת הלחצים וכיווני הזרימה הביאה להבנה שסייעה בפתרון תעלומה אשר מעסיקה רופאים במשך שנים רבות: איך קורה שבגילים גבוהים יותר, דווקא כאשר ייצור הטסטוסטרון בגוף הגבר פוחת, מגיעה כמות גדולה יותר של ההורמון הזה אל בלוטת הערמונית וגורמת לגדילתה? התשובה: הדם הוורידי, שמנקז את האשכים, נושא עמו טסטוסטרון בריכוז גבוה מאוד. במערכת תקינה, הדם הזה זורם אל הלב, וממנו, ב"סיבוב החדש", דרך העורקים, הוא מגיע אל הערמונית. אלא שבינתיים, במהלך המסע הזה, הטסטוסטרון מדולל, וריכוזו המגיע אל הערמונית קטן מאוד בהשוואה לריכוז המקורי ביציאה מהאשכים. ד"ר גת: "אבל ככל שהגבר מתבגר, והשסתומים החד-כיוניים בגופו נשחקים, מתקלקלים וחדלים מלפעול, הזרימה החוזרת של הדם הוורידי היוצא מהאשכים ישירות אל הערמונית מביאה אליה טסטוסטרון בריכוז גבוה, הגדול פי 130 בהשוואה לריכוז שהיה אמור להגיע אליה לאחר המסע אל הלב וממנו, בחזרה, דרך העורקים".

מה הפתרון? כמהנדס, הדרך לפתרון הבעיה הייתה ברורה לד"ר גת: יש להחזיר את מערכת הלחצים של כלי הדם הוורידיים לתיקנה, כדי למנוע את הזרימה החוזרת מהאשכים אל הערמונית. מכיוון שהשסתומים שנועדו לפקח על הלחצים האלה יצאו מכלל פעולה, יש לחסום את כלי הדם הוורידיים האנכיים, ובכך להפחית את הלחץ במערכת הניקוז של האשכים (במצב זה, הדם הוורידי יגיע אל הלב בדרכים עקיפות). הניקוז הוורידי ימשיך לתפקד בעזרת ורידים חליפיים.

באופן טבעי, הקהילה הרפואית לא ממהרת לאמץ את ההסבר המדעי ואת שיטת הטיפול החדשה. רופאים לא ממש אוהבים להתעמק בעקרונות מדעיים, וחידושים, בייחוד כשהם פשוטים כל-כך,  מעוררים ספקות. ד"ר גת מצא את עצמו מנסה להסביר, לשכנע, אך בהצלחה חלקית בלבד. לעיתים הוא נדרש להציג תוצאות של ניסויים בבעלי-חיים (למשל, עכברים), אלא שבעלי-חיים ההולכים על ארבע גפיים אינם סובלים מתופעה הנובעת מהליכה זקופה על שתי רגליים.

בתהליכים הראשונים של גיבוש הרעיון בדבר השפעת מערכת הניקוז של האשכים על תיפקוד הערמונית, חבר ד"ר גת אל פרופ' מוטי הייבלום מהמחלקה לפיסיקה של חומר מעובה במכון ויצמן למדע. פרופ' הייבלום הבין את ההיגיון הפיסיקלי-הנדסי שמונח בבסיס הצעתו של ד"ר גת, בחן יחד אתו מספר שאלות, ועודד אותו לפנות למסלול המחקרי, הכרוך בכתיבת מאמרים מדעיים, בפרסומם בכתבי-עת מתאימים, ובהצגתם בכנסים מקצועיים. כל אלה, במקביל לעבודתו כרופא מטפל. התוצאה: ד"ר גת מיישם כיום את שיטתו, אם כי בקנה-מידה קטן, ומבצע צינתורים בגברים המגיעים אליו על-פי המלצת רופאיהם, או בדרכים אחרות. שיעור הצלחה בצינתורים האלה גבוה מאוד (הצלחה במקרה הזה היא הקטנה משמעותית של הערמונית).
 
למעשה, טיפולים ראשוניים בשיטה החדשה, שבוצעו בחולים בסרטן הערמונית הלא-מפושט, הביאו לתוצאות מעוררות תקווה, ובחלק מהמקרים אף הביאו לצמצום ניכר, עד כדי היעלמות של הגידול.  
 
מימין: ד"ר יגאל גת ופרופ' מוטי הייבלום. השוואת לחצים
מדעי החיים
עברית

פתאום באמצע החיים

עברית
 
 
 
חזי שטיינברג, שרון הרמתי, ד"ר ערן הורנשטיין וד"ר אלון חן. האיזון הנכון
 
מחלת ה-ALS היא אחת המחלות הנפוצות הגורמות לניוון תאי עצב. במהלך המחלה - המתפרצת בדרך כלל באמצע החיים - תאי העצב המוטוריים, השולטים בתנועת השרירים הרצוניים, מתנוונים בהדרגה. כתוצאה מכך מאבד החולה את תיפקוד מרבית השרירים, כולל אלה האחראיים על הבליעה ועל הנשימה. עד כה, לא רק שלא נמצא מרפא למחלה, אלא שהגורמים לה עדיין אינם מובנים במלואם.

במחקר שהתפרסם באחרונה בכתב העת המדעי רשומות האקדמיה הלאומית למדעים של ארה"ב (PNAS), מראה ד"ר ערן הורנשטיין, מהמחלקה לגנטיקה מולקולרית במכון ויצמן למדע, כי ליקויים בפעילותן של מולקולות אר-אן-אי קטנות, הקרויות מיקרו-אר-אן-אי, עשויים להסביר את הנזק הקשה שגורמת המחלה. רצפי האר-אן-אי הקצרים האלה, המוצפנים בגנום, הם חלק מארגז הכלים המשמש לבקרת ייצור החלבונים בגוף. הפיסות הקטנות נקשרות לגדילים הארוכים של מולקולות האר-אן-אי - עליו מצויות ההוראות הגנטיות לבניית חלבון - ומונעות מהוראות אלה לצאת אל הפועל.

כדי לבדוק את התפקיד שממלאים מיקרו-אר-אן-אי בתאי עצב מוטוריים, פיתחו ד"ר הורנשטיין מהמחלקה לגנטיקה מולקולרית, יחד עם ד"ר אלון חן מהמחלקה לנוירוביולוגיה במכון, ותלמידי המחקר שרון הרמתי, אליק צפניק ויחזקאל שטיינברג, שיטה המאפשרת לחסום באופן בררני את פעילותם בתאי עצב של עכברים. עכברים אלה פיתחו תסמינים אופייניים של ניוון תאי העצב המוטוריים, ואורך החיים שלהם היה כשליש מזה של עכברים הבריאים. כך קיבלו המדענים הוכחה ראשונה לכך שמחקרם מתקדם בכיוון הנכון. בנוסף, השיטה שפיתחו עשויה להפוך לכלי מחקר שגרתי לייצור מודל של מחלת ה-ALS בעכברים, לצורך מחקרים נוספים.
 
בהמשך ביקש צוות המדענים לברר אילו חלבונים בתאי העצב מושפעים מאובדן המיקרו-אר-אן-אי. תוצאות החיפוש שלהם היפנו את הזרקור לקבוצה של חלבונים הממלאת תפקיד בתמיכה הפנימית של תאי העצב, לרבות האקסונים - השלוחות הדקות והארוכות בהן עובר האיתות העצבי. חלבונים מבניים אלה, הקרויים נוירופילמנטים, קיימים בשלוש "מידות" - קל, בינוני וכבד - והארגון המסודר של תא העצב מבוסס על שמירת האיזון הנכון בין כל השלושה. "זה כמו בניית בית: אם אין יחס נכון בין לבנים למלט, או בין בטון לפלדה, המבנה יתמוטט", אומר ד"ר הורנשטיין.
 
צביעה של אזורי המפגש בין תאי עצב (ירוק) לשריר (אדום). הצביעה הצהובה מייצגת חפיפה מלאה בין תאי העצב לשריר בעכברים נורמליים (למטה). בעכברים מהונדסים, החסרים מיקרו-אר-אן-אי בתאי עצב המעצבבים שרירים, ניכרת צביעת השריר בלבד (למעלה, באדום), משום שהעצב באיזור המפגש חולה
 
המדענים גילו, כי אחד משלושת הנוירופילמנטים - הכבד שביניהם - נשלט באופן הדוק וחזק על-ידי מולקולה מסוימת של מיקרו-אר-אן-אי. על-גבי רצפי האר-אן-אי שליח המקודד לייצור חלבון זה התגלו תשעה אתרי קישור למיקרו-אר-אן-אי הקרוי miR-9 (בנוירופילמנטים האחרים מצא רק אתר אחד כזה, או שלא נמצא אפילו אתר אחד). בהיעדר מולקולות miR-9 - המתפקדות כבלם - עלול ייצור עודף של הנוירופילמנטים הכבדים לעלות על זה של הסוגים האחרים, דבר שיפר את שיווי המשקל ויפגע בתיפקוד האקסונים.
 
בשלב הבא של המחקר גרמו המדענים למוטציה גנטית מסוימת אשר גורמת למחלה נדירה - דומה ל-ALS - הקרויה ניוון שרירים שידרתי (spinal muscular atrophy). בעכברים אלה הם גילו, כי רמות ה-miR-9 היו נמוכות פי 15 מאלה הקיימות בעכברים רגילים. "זהו הבדל עצום, שעשוי להסביר מדוע תאי העצב המוטוריים של חולי ניוון שרירים שדרתי אינם מצליחים לתחזק את מבנה הנוירופילמנטים", אומר ד"ר הורנשטיין. "משמעות הדבר היא ש-miR-9, כמעט בוודאות, הוא מרכיב חשוב בפעילותם התקינה של תאי העצב המוטוריים".
 
ד"ר הורנשטיין וחברי קבוצתו ממשיכים לעקוב אחר כמה רמזים שעלו ממחקרם. כיוון אחד הוא בדיקת השאלה כיצד בדיוק מתנהג miR-9 בתאי העצב המוטוריים. כיוון אחר הוא חקר חלבונים שנראה כי הם יוצרים קשר ישיר עם miR-9 בתאי העצב. בנוסף, הם בודקים מולקולות מיקרו-אר-אן-אי נוספות שרמותיהן השתנו בעכברים המוטנטים. הממצאים החדשים מציגים כיוון חדש ומבטיח למחקר מחלת ה-ALS - כיוון שעשוי, בעתיד, לחשוף את התמונה המקיפה של גורמי המחלה, ובהמשך, להוביל לטיפולים המבוססים על מיקרו-אר-אן-אי.
 
מימין: חזי שטיינברג, שרון הרמתי, ד"ר ערן הורנשטיין וד"ר אלון חן. האיזון הנכון
מדעי החיים
עברית

המתיחה הגדולה

עברית
מימין: ד"ר צבי טלוסטי ויונתן סביר. תיקון
 
 
אדם או בעל-חיים שמחליט להתרבות ניצב בפני ברירה לא פשוטה. הוא יכול להעביר אל הדור הבא, אל העתיד, רק מחצית מכמות הגנים שלו (שיחד עם מחצית מכמות הגנים של בן או בת הזוג ירכיבו שוב מטען גנטי שלם). כדי להימנע מברירה אכזרית - שגם אינה יעילה מבחינה הישרדותית - התפתחה במהלך האבולוציה שיטה שמאפשרת לחלק באופן אקראי את ה"השקעה" ב"סלים" שונים.

בפועל, התהליך הזה מתחולל בתאי הנבט שמהם נוצרים תאי הרבייה. בשלב הראשון מוכפל המטען הגנטי של תאי הנבט. לאחר מכן, כל שני כרומוזומים תואמים (הומולוגיים) מחליפים ביניהם מקטעים גנטיים. ההחלפה מבוצעת על בסיס התאמה מלאה ככל האפשר של הרצף הגנטי בין המקטעים המוחלפים. זהו תהליך השיחלוף הגנטי.בהמשך נחלק המטען הגנטי הכפול בין ארבעה תאי רבייה (תאי זרע או ביציות),שכל אחד מהם נושא מחצית מכמות הגנים שקיימת בתא רגיל - ב"סל גנטי" בעל הרכב שונה ו"אישי". כך מבטיחה האבולוציה שייווצרו צאצאים שהם דומים במידה מסוימת להוריהם, אך גם שונים מהם ובעלי אישיות ותכונות ייחודיות משלהם (שאולי יתגלו כחיוניות להישרדות בתנאים מסוימים).
 
שיחלוף גנטי מתבצע גם בתהליכי תיקון של הדי-אן-אי: מקטע שהתגלתה בו תקלה, או שגיאה, נקטע, ובמקומו "מותקן" עותק חדש, שנוצר על-פי המקטע התואם בכרומוזום המקביל. אבל איך בדיוק מקטעים גנטיים תואמים "מגלים" זה את זה כדי להחליף ביניהם מקומות? מדובר במקטעים שגודלם (אורכם) הוא כמיליונית אחת מהאורך הכולל של הגנום. כל שיחלוף מחייב את המקטעים למדוד את עצמם שוב ושוב מול מאות אלפי מקטעים, עד שיימצא המקטע האחד שהרצף הגנטי שלו תואם במלואו את הרצף שלהם.

ד"ר צבי טלוסטי ותלמיד המחקר יונתן סביר, מהמחלקה לפיסיקה של מערכות מורכבות במכון ויצמן למדע, בחנו את התהליך הזה בכלים פיסיקליים. ממצאי מחקרם פורסמו באחרונה בכתב העת המדעי Molecular Cell. "ידוע שבשלב השיחלוף נמתח מקטע הדי-אן-אי ב-50% בממוצע", אומר ד"ר טלוסטי. "למתיחה אחראי חלבון הקרוי RecA, שהוא ודומיו קיימים בכל עולם החי".

המדענים חקרו את תופעת המתיחה במטרה להבין אם היא מהווה שלב חיוני במהלך השיחלוף, או שאינה אלא תופעת לוואי כלשהי. סימן השאלה התעצם לנוכח העובדה, שתהליך המתיחה צורך אנרגיה לא מבוטלת, ומקשה על תהליך איתור המקטע התואם ועל ההתארגנות של החומר הגנטי במבנה הסלילי הידוע שלו.
 
במחקרם השתמשו המדענים במודל בסיסי המוכר מחיי היום-יום - רווח והפסד. למשל, כאשר מקטע גנטי מסוים מודד את עצמו מול מקטע מועמד, אפשר לומר שהוא מרוויח כאשר הוא מזהה נכון את טיבו של המקטע המועמד. אם מתגלה התאמה, הוא מבצע את השיחלוף, ואם לא, הוא ממשיך לחפש הלאה. לעומת זאת, ברור שהוא "מפסיד" אם הזיהוי שגוי, כלומר אם מתבצע שיחלוף עם מקטע שאינו תואם, או אם הוא מחמיץ את המקטע התואם. כך, מן הסתם, חשים אנשים שיוצאים לפגישה עיוורת. לעיתים יש התאמה, והשקעת האנרגיה מניבה פרי, ולעיתים אין התאמה, ועוברים לחפש הלאה. אבל אם ממשיכים ללא התאמה, מגלים בהמשך שמדובר ב"בזבוז זמן".
 
המדענים בחנו נתונים על שיחלוף גנטי בחיידקי אי. קולי, שהתקבלו בניסויים במספר מעבדות ברחבי העולם. ד"ר טלוסטי: "כשבדקנו את הנתונים במודל של רווח והפסד, גילינו שהמתיחה מגיעה בדיוק עד לנקודה שבה ההפרש בין הרווח (התאמה נכונה) להפסד (התאמה לא נכונה) יהיה הגדול ביותר האפשרי, כך שעבור החיידק מדובר במאזן הטוב ביותר שניתן להשיג". כך גילו המדענים, כי הקשיים שנלווים לתופעת המתיחה כדאיים, מכיוון שבדרך זו מופחת עד למינימום הסיכון שמקטעים "יתפתו" להשתחלף עם מקטעים נגדיים שאינם תואמים, דבר שעלול להוביל ליצירת צאצאים פגומים ולהכחדה. למעשה, נמצא שככל שמתיחת המקטע גדולה יותר, קטן בהתאמה הסיכון לשיחלוף שגוי; וכי מתיחה של 50% - כפי שאכן קורה בפועל - היא שיווי המשקל בין עלות (קושי למצוא מקטע גנטי תואם) לבין תועלת (הפחתת הסיכון לטעות).
 

 
מימין: ד"ר צבי טלוסטי ויונתן סביר. תיקון
מתמטיקה ומדעי המחשב
עברית

עמודים