<div>
Science Feature Articles</div>

נקודת שבירה

עברית
ד"ר גד גץ (מימין) וד"ר יותם דרייאר במכון ברוד. טביעת אצבע
 
 
 
בדומה ל"טביעות האצבע" הגנטיות, אשר משמשות את המשטרה במלחמתה נגד הפשע, יסייע פיענוח פרופיל הדי-אן-אי של גידולים ממאירים למדענים במלחמתם נגד הסרטן. אחד המכשולים הגדולים נעוץ בכך שלא מדובר בפושע אחד: קיימים לפחות 200 סוגי סרטן, ועוד תת-סוגים רבים. המטרה היא לפענח את "טביעות האצבע" של כל אחד ואחד מהסוגים השונים, כדי שבסופו של דבר יקבלו חולי הסרטן טיפולים מותאמים אישית.
 
התקדמות חשובה לקראת מטרה זו הושגה לאחרונה באמצעות שיתוף פעולה בין מכון ויצמן למדע לבין מכון ברוד (Broad Institute) של אוניברסיטת הרווארד ושל MIT. שני הצדדים של שיתוף פעולה זה מובילים למעבדתו של פרופ' איתן דומאני, במחלקה לפיסיקה של מערכות מורכבות במכון ויצמן: לפני כשלוש שנים החל תלמידו לשעבר, ד"ר גד גץ, כיום מנהל מדור לניתוח חישובי של גנום הסרטן במכון ברוד, לעבוד בשיתוף עם ד"ר יותם דרייאר, תלמיד מחקר (דאז) של פרופ' דומאני במכון.
 
פרופ' איתן דומאני
 
הגנום של הסרטן הוא מכלול הדי-אן-אי של התא הממאיר. כל סוג של סרטן מתאפיין בפגמים מסוימים בגנום. קבוצתו של ד"ר גץ במכון ברוד, הכוללת כ-30 ביולוגים, ביוכימאים, פיסיקאים ומהנדסי תוכנה, לוקחת חלק בפרויקט "האטלס של גנום הסרטן", שמנהלים מכוני הבריאות הלאומיים של ארה"ב, ובפרויקטים נוספים המכוונים לאותה מטרה: פענוח הגנומים של כל סוגי הסרטן העיקריים.
 
פרויקטים שאפתניים אלה התאפשרו בזכות הטכנולוגיה החדשנית שפותחה לפני כמה שנים, high-throughput sequencing, המאפשרת "לקרוא" מקטעי די-אן-אי רבים במקביל. היא הובילה להאצה דרמטית של ריצוף הדי-אן-אי, וגם לירידה לא פחות דרמטית בעלותו: מ-30 אלף דולר בשנת 1999 למיליון "אותיות" די-אן-אי, ל-10 סנט בשנת 2011. כתוצאה מכך יכולים המדענים כעת לרצף במהירות מאות גנומים של גידולים סרטניים, כל אחד מהם כולל מיליארדי זוגות של בסיסי די-אן-אי. אך בריצוף די-אן-אי אין די: לא פחות מאתגר להבין מה טמון במבול הזה של מידע גנומי.
 
קבוצתו של ד"ר גץ במכון ברוד מפתחת כלים חישוביים לניתוח מידע זה. בביקורו במכון ויצמן, בדצמבר 2008, שאל גץ את דומאני, המנחה שלו לשעבר, האם מישהו מתלמידיו הנוכחיים יהיה מעוניין לקחת חלק במחקר זה. דומאני המליץ על יותם דרייאר. העובדה שגץ ודרייאר באים מרקע דומה – שניהם שירתו בצה"ל במסגרת "תלפיות", שבמהלכה שניהם קיבלו תארים אוניברסיטאיים במתמטיקה ובמדעים מדויקים אחרים (גץ בפיסיקה, דרייאר במדעי המחשב) – הבטיחה שיתוף פעולה פורה.
 
כך אכן קרה. דרייאר פיתח אלגוריתם הקרוי BreakPointer, אשר סורק את כל הגנום האנושי ומוצא את סימני ההיכר של הסרטן: פגמים בתיקון הדי-אן-אי המובילים לחילופים מבניים שהם שונים מרצף הדי-אן-אי הרגיל. היה זה האלגוריתם הראשון שהצליח לזהות את נקודות השבירה המדויקות בדי-אן-אי בהן מתרחשים החילופים. "הכלי הזה הוא חלק חשוב ובלתי-נפרד כעת מהמאמץ שלנו למפות את כל הגנים ואת כל התופעות התורמות לסרטן", אומר ד"ר גץ.
 
ה-BreakPointer השתלב בכל הניתוחים של גנום הסרטן במכון ברוד, וכבר סייע במספר תגליות מדעיות משמעותיות, כולל גילוי השיבושים שעל שמם הוא קרוי: נקודות השבירה המובילות לחילופים בדי-אן-אי. כפי שדווח בכתב-העת Nature, ה-BreakPointer עזר לגלות דפוס חילופים בכרומוזומים בסרטן הערמונית שלא היה ידוע עד אז: שרשראות מורכבות של חילופים בתוך גנים של סרטן או לידם. יתר על כן, המדענים גילו קשר בין מיקום נקודות השבירה לבין מצב הכרומטין, מרכיב חשוב באריזת המגן של הכרומוזומים, דבר המצביע על כך שחילופים גנומיים עשויים להיות קשורים לא רק לגנים,
אלא גם לגורמים אפיגנטיים, כלומר, כאלה שאינם מקודדים ישירות בגנום.
 
במחקר על סרטן של המעי הגס, שהתפרסם בכתב-העת Nature Genetics, גילו המדענים באמצעות האלגוריתם 11 חילופי די-אן-אי שהובילו לגנים מאוחים בצורה לא נורמלית. ביניהם היה גן "סדרתי", המופיע במספר רב של גידולים שונים – וגן ראשון מסוג זה התגלה בסרטן המעי הגס. גנים המחוברים בצורה לא נורמלית מייצרים חלבונים לא נורמליים, ואלה יכולים להוות בעתיד מטרה לטיפולים ממוקדים, לא רק מפני שהם חיוניים לקיומו של הסרטן, אלא גם כי הם אינם קיימים בתאים בריאים, ולכן הטיפול יוכל להתמקד בתאי הגידול מבלי לפגוע ברקמות בריאות.
 
"ה-BreakPointer מזהה את המיקום המדויק של השבירות בדי-אן-אי באמצעות איתור רצפים 'חשודים' בגנום הסרטני, והשוואתם לאזורים המתאימים בגנום נורמלי", אומר ד"ר דרייאר, כיום חוקר בתר-דוקטוריאלי בבית ספר לרפואה של הרווארד ובמכון ברוד. "בעזרת האלגוריתם מצאנו קשרים אפשריים בין חילופים בדי-אן-אי לבין איפיונים אחרים של הגנום, כגון מוטציות או מצב הכרומטין". קשרים אלה ומשמעותם הביולוגית בסוגי סרטן שונים תוארו באחרונה בכתב-העת המדעי Genome Research.
 
 
המיפוי של כל גנומי הסרטן העיקריים יאפשר למדענים להבין טוב יותר את התהליכים המולקולריים הגורמים לסרטן, ובכך יקדם את פיתוח התרופות המותאמות לפגמים הגנומיים הייחודיים של כל גידול. טיפולים ממוקדים מסוג זה כבר קיימים לגבי כמה סוגי סרטן, ומספרם גדל כל הזמן. בעתיד ימפו הרופאים באופן שוטף את הגנום של כל החולים בסרטן, במטרה להתאים לכל אחד טיפול אישי, יעיל ובטוח.  
 
חילופי די-אן-אי ומספרי עותקים של גנים לא נורמליים בסוגים שונים של סרטן המעי. מקור: Nature Genetics
 
 
 
 

 

 
 
 
 
חילופי די-אן-אי ומספרי עותקים של גנים לא נורמליים בסוגים שונים של סרטן המעי. מקור: Nature Genetics
מתמטיקה ומדעי המחשב
עברית

פיצוץ קטן, פיצוץ גדול

עברית

מדעני המכון זיהו "התפוצצות מקדימה" לסופרנובה

 

מימין: ד"ר אבישי גל-ים וד"ר ערן אופק. תצפית ישירה

לפני שהם מתפוצצים כסופרנובה מרשימה, בכוכבים גדולים מסוימים מתחוללת מעין "התפוצצות מקדימה" קטנה יותר, שבמהלכה הם זורקים לחלל חלקים נכבדים מהמאסה שלהם. למרות שההתנהגות המיוחדת הזאת נחזתה על-ידי מספר מודלים תיאורטיים, ולמרות שקיימות עדויות המצביעות על קיומה, תצפיות ישירות בהתפוצצויות מקדימות כאלה הן נדירות ביותר. במסגרת מחקר חדש הצליח צוות מדענים, בראשות ד"ר ערן אופק ממכון ויצמן למדע, לצפות בהתפוצצות שהתרחשה זמן קצר – חודש אחד בלבד – לפני סופרנובה של כוכב מאסיבי.
הממצאים, שהתפרסמו באחרונה בכתב-העת המדעי Nature, מסייעים להבהיר את שרשרת האירועים המובילים להתרחשותה של סופרנובה, ומספקים תובנות באשר לתהליכים המתרחשים בליבתם של כוכבים גדולים ומאסיביים בשעה שהם מתקרבים לסוף חייהם.
 
ד"ר אופק, מהמחלקה לפיסיקה של חלקיקים ואסטרופיסיקה, לוקח חלק בתוכנית בין-לאומית לחקר סופרנובות (PTF) במצפה הכוכבים פלומר שבקליפורניה, בראשות פרופ' שרי קולקרני מהמכון הטכנולוגי של קליפורניה. חברי צוות המחקר, מישראל, מבריטניה ומארה"ב, ביקשו לבדוק האם ההתפוצצויות המקדימות אכן קודמות לסופרנובות, וזאת באמצעות סריקה של תצפיות שנעשו במצפה הכוכבים פלומר קודם לאירועי סופרנובה.
 
ד"ר אופק וצוותו אכן גילו התפוצצות שכזו כחודש לפני התרחשותה של סופרנובה. התזמון של ההתפוצצות, והנתונים על כמויות החומר שהשתחררו במהלכה, סייעו למדענים לאמת מודל תיאורטי מסוים, אשר ניבא אירועי התפוצצויות מקדימות מעין אלה. ניתוח סטטיסטי הראה, כי הסיכוי שאירוע הסופרנובה וההתפוצצויות המקדימות אינם קשורים זה לזה, עומד על עשירית האחוז בלבד.
 
הכוכב המתפוצץ, שסיים את חייו כסופרנובה מסוג IIn, החל את דרכו ככוכב מאסיבי – כבד לפחות פי שמונה מהשמש שלנו. כאשר כוכב כזה מזדקן, מייצרים תהליכי ההיתוך הגרעיניים הפנימיים, שמאפשרים את המשך קיומו, יסודות כבדים יותר ויותר, עד שמרבית הליבה עשויה מברזל. בנקודה זאת, הליבה הכבדה קורסת במהירות כלפי פנים, והכוכב מתפוצץ.
 
סופרנובה בערפילית הסרטן. צילום: נאס"א
לדברי ד"ר אופק, העוצמה של ההתפוצצות המקדימה, והמאסה של החומר שנזרק לחלל, מצביעות על כך שמקור האנרגיה בתהליכים שהתרחשו הוא בליבת הכוכב. האנרגיה הועברה מליבת הכוכב היישר אל פני השטח שלו באמצעות גלים אקוסטיים (דומים לגלי קול). המדענים סבורים, כי מחקרים נוספים יראו, שהתפוצצויות מקדימות מעין אלה נפוצות בסופרנובות מסוג IIn.
 
במחקר השתתפו גם פרופ' אבישי גל-ים, ד"ר עופר ירון ויאיר הרכבי, מהמחלקה לפיסיקה של חלקיקים ואסטרופיסיקה במכון ויצמן, ופרופ' ניר שביב מהאוניברסיטה העברית בירושלים.
 
 
חלל ופיסיקה
עברית

פרויקט התינוק הדיגיטלי

עברית
 
 
 
 
תינוקות לומדים במהירות להשליט סדר בעולם שסובב אותם; למעשה, יכולת התפיסה שלהם – כבר בגיל צעיר ביותר – עולה בהרבה על זו של מערכת אינטליגנטית ממוחשבת. השאלה, כיצד תינוקות יוצרים את תמונת העולם שלהם, מהווה אתגר לחוקרים בתחומי הפסיכולוגיה הקוגניטיבית ומדעי המחשב כאחד. התינוקות, מצד אחד, אינם יכולים להסביר לחוקרים כיצד הם לומדים להבין את סביבתם. מחשבים, מהצד האחר, למרות תיחכומם הרב, עדיין זקוקים לעזרה אנושית כדי לסווג ולזהות עצמים במטרה ללמוד אותם. מדענים רבים סבורים, כי כאן בדיוק קבור הכלב: כדי שמחשבים יוכלו "לראות" את העולם כפי שאנו רואים אותו, עליהם ללמוד לסווג ולזהות עצמים – בדומה מאוד לאופן שבו עושים זאת תינוקות.
 
חיזוי כיוון המבט: תוצאות האלגוריתם (באדום), לעומת תוצאות של שני נבדקים (בירוק). תמונות הפנים (מלמעלה למטה) הן של פרופ' שמעון אולמן, דניאל הררי, ונמרוד דורפמן
 

 

פרופ' שמעון אולמן, ותלמידי המחקר דניאל הררי ונמרוד דורפמן, מהמחלקה למדעי המחשב ומתמטיקה שימושית במכון, יצאו לחקור את אסטרטגיות הלמידה של תינוקות, ויצרו מודל ממוחשב המבוסס על העקרונות שלפיהם תינוקות מסתכלים על העולם. המחקר שלהם התמקד בידיים. תינוקות לומדים תוך חודשים ספורים להבחין בין הידיים לבין עצמים אחרים או חלקי גוף אחרים למרות שהיד היא איבר מורכב ביותר: היא עשויה להופיע במיגוון גדלים וצורות, ולנוע באופנים שונים. צוות המדענים יצר אלגוריתם לזיהוי ידיים, במטרה לבחון האם המחשב יכול ללמוד לזהות כפות ידיים באופן עצמאי מתוך סרטי וידאו, גם כאשר הידיים מופיעות בצורות שונות, או נראות מזוויות שונות. האלגוריתם לא אמר למחשב באופן ישיר "זו היא יד", אלא נדרש לגלות, תוך כדי הצפייה בסרטים, מה הם המאפיינים של ידיים.
 
האלגוריתם התבסס על מספר תובנות לגבי הגירויים שמושכים את תשומת ליבם של תינוקות. לדוגמה, תינוקות מסוגלים לעקוב אחרי תנועה מהרגע בו הם פוקחים את עיניהם, ותנועה זו עשויה "להצביע" על  עצמים מסוימים שאותם כדאי להם לבחור מתוך הסביבה. המדענים שאלו, האם סוגים מסוימים של תנועה עשויים להיות בעלי משמעות רבה יותר לתינוקות לעומת סוגים אחרים, והאם סוגים אלה יכולים לספק את המידע הנחוץ ליצירת מושג חזותי. לדוגמה, יד יוצרת שינוי בשדה הראייה של התינוק, משום שבדרך כלל היא מזיזה חפצים. בסופו של דבר התינוק לומד להכליל, ולקשר בין האירוע של עצם המזיז עצם אחר לבין הופעתה של יד. המדענים כינו את הפעולה הזאת בשם "אירוע הזזה".
 
לאחר שתיכננו אלגוריתם הלומד לזהות אירועי הזזה, המדענים "הראו" למחשב סדרה של סרטונים. בחלקם נראו אירועי הזזה: ידיים שמשנות את מיקומם של עצמים שונים. סרטונים אחרים צולמו מנקודת מבטו של תינוק, המתבונן בתזוזת הידיים שלו-עצמו, וסרטונים נוספים הראו תנועות ידיים אחרות, שאינן מעורבות בהזזת עצמים, או תבניות כלליות כמו אנשים וחלקי גוף שונים. תוצאות הניסויים האלה הראו בבירור, שדי באירועי הזזה כדי ללמד את המחשב לזהות ידיים, וכי אמצעי זה יעיל הרבה יותר מכל השיטות האחרות – כולל צפייה בידיים של הצופה עצמו.
 
 
פרופ' שמעון אולמן
בכך לא הושלם המודל. באמצעות אירועי ההזזה המחשב אמנם הצליח ללמוד לזהות ידיים, אולם הוא עדיין התקשה כשנתקל בתנוחות שונות שלהן. שוב חיפשו המדענים את הפתרון בעקרונות המנחים את תפיסתם של תינוקות: אלה יכולים לא רק לזהות את התנועה, אלא גם לעקוב אחריה. בנוסף, הם מקדישים תשומת לב רבה לפנים. כאשר הוסיפו לאלגוריתם מנגנון המאפשר לעקוב אחר הידיים שזוהו – וכך ללמוד את התנוחות האפשריות שלהן, וכן להשתמש בפנים ובגוף כבנקודת ייחוס למיקום ידיים, השתפר תהליך הלמידה במידה ניכרת.
 
בשלב הבא של המחקר התבוננו המדענים בעיקרון נוסף של למידת תינוקות, שמחשבים מתקשים לתפוס – לקבוע על מה מסתכל אדם אחר. המדענים התבססו על שתי התובנות בהן השתמשו קודם - שאירועי הזזה הם חיוניים, ושתינוקות מגלים עניין בפנים, והוסיפו תובנה שלישית: כאשר אנשים אוחזים עצם כלשהו בידיהם, הם מסתכלים בכיוון הידיים. בהתבסס על שלושת העקרונות האלה יצרו המדענים אלגוריתם נוסף, ובחנו את הרעיון שתינוקות לומדים לזהות את כיוון המבט באמצעות קישור בין פנים לבין אירועי הזזה. ואכן, המחשב הצליח ללמוד לעקוב אחרי כיוון המבט במידת הצלחה המשתווה לזו של אדם בוגר.
 
המדענים סבורים, כי המודלים שיצרו מראים, שתינוקות נולדים עם תוכניות "מחווטות" מראש במוחם, כמו העדפות לסוגים מסוימים של תנועה או של אותות ויזואליים. הם מתייחסים לתוכניות אלה כאל "מושג מוקדם", מעין אבני בניין מוכנות מראש, שבאמצעותן יכולים התינוקות להתחיל להרכיב ולהבין את תמונת העולם. כך, לדוגמה, "המושג המוקדם" הבסיסי של אירועי הזזה יכול להתפתח לכדי הבנת מושגים כמו ידיים או כיוון המבט, ובסופו של דבר להוביל לתפיסה של רעיונות מורכבים עוד יותר, כמו אנשים, עצמים, והיחסים ביניהם.
 
מחקר זה מהווה חלק ממאמץ מדעי נרחב יותר, המכונה "פרויקט התינוק הדיגיטלי". "הרעיון הוא ליצור מודלים ממוחשבים לתהליכים קוגניטיביים מוקדמים מאוד", אומר דניאל הררי. נמרוד דורפמן מוסיף: "מצד אחד, תיאוריות כאלה יכולות לשפוך אור על ההתפתחות הקוגניטיבית האנושית. מהצד השני, הן יקדמו את פיתוחן של טכנולוגיות חכמות כמו מחשבים רואים, מכונות לומדות, רובוטים וכדומה".
 
ארוע הזזה מתגלה בתא המסומן באדום: התנועה מגיעה אל תוך התא (שמאל), נשארת בו זמן קצר (מרכז), ועוזבת אותו (ימין), כשהיא משנה את מראהו. התנועה מוצגת בצבעים: צבעים חמים יותר מייצגים תנועה מהירה יותר
 
 
 
 
 
 
דניאל הררי ונמרוד דורפמן. מכונות לומדות
מתמטיקה ומדעי המחשב
עברית

שערי התקווה

עברית
המוח שלנו מוגן היטב, וטוב שכך. מרבית החלבונים המצויים בשפע במחזור הדם, כגון הנוגדנים וחלבון הדם אלבומין, מנועים מלחדור אל תוך המוח, כי הם עלולים לשבש את פעילותו. החדירה מתאפשרת רק לגלוקוז ולחומרי מזון נחוצים נוספים.
מימין: איציק קופר, פרופ' מתי פרידקין ופרופ' יורם שכטר. מחסומים
השמירה המדוקדקת על המוח מתבצעת באמצעות מערכת משוכללת, הקרויה מחסום הדם-מוח. מדובר במחסום שהוא גם פיסי – התאים בדפנות כלי הדם צמודים זה לזה, וגם כימי - הדפנות דוחות את החומרים המסוכנים באמצעות תגובה כימית. אשר לחומרים המזינים, הם נכנסים למוח דרך "שערים פיסיולוגיים": אלה הם שינויים פיסיים וכימיים בדפנות, המאפשרים את החדירה.
בעוד שנחיצותו של המחסום אינה מוטלת בספק, נוכחותו מהווה בעיה חמורה בטיפול במחלות קשות של המוח. כך, למשל, מרבית התרופות המשמשות לטיפול בסרטן הן חסרות אונים לחלוטין כנגד סרטן המוח, מפני שאינן מסוגלות לעבור את המחסום. כדי להתגבר על המכשול, מנסים המדענים "להבריח" את התרופות למוח באמצעות הצמדה כימית של התרופה לאחד החלבונים הבודדים החודרים דרך השערים הפיסיולוגיים. אך משום מיעוט השערים האלו, ניתן להחדיר בשיטה זו למוח כמויות זעירות בלבד של תרופה, שאינן מספיקות כדי להתגבר על הסרטן.
 
 
כפי שקורה לעיתים, פתרון עשוי לבוא מכיוון בלתי-צפוי לחלוטין - חקר נגיף ה-HIV הגורם לאיידס. HIV הוא אלוף החדירה: הוא נכנס בקלות לתוך תאי יונקים, במיוחד לתאים מסוג T של מערכת החיסון, ומסוגל אפילו לנדוד מתא אחד לשני. יתר על כן, בשנת 1996 התברר, שהנגיף חוצה גם את מחסום הדם-מוח, וחודר למערכת העצבים המרכזית, כלומר המוח וחוט השדרה. הייתה זו תגלית מפתיעה, מאחר ששני הקולטנים אשר עוזרים לנגיף לחדור לתאי T כלל אינם מצויים על תאי הרירית של המחסום. לבסוף נמצא, כי הנגיף מייצר "פותחן" עבור המחסום: חלבון הקרוי HIV-1-TAT, המכיל רצפים לא שגרתיים של חומצות אמינו בשניים מאזוריו. נמצא גם, שהחלבון לבדו, כשהוא מבודד מהנגיף, מסוגל לפתוח את המחסום.
 
יכולות אלה של החלבון משכו את תשומת לבם של חוקרי מכון ויצמן למדע. פרופ' יורם שכטר מהמחלקה לכימיה ביולוגית, פרופ' מתתיהו פרידקין מהמחלקה לכימיה אורגנית בפקולטה לכימיה, וד"ר איציק קופר מהמחלקה לנוירוביולוגיה, החליטו לבדוק את ההשערה, שאפשר לפתוח את מחסום הדם-מוח באמצעות פפטידים קצרים הבנויים מרצף חומצות אמינו אשר מבוסס על חלבון ה-HIV-1-TAT.
 
מחסום הדם-מוח. צילום: Ben Brahim Mohammed via Wikimedia Commons
כדי לבצע את הבדיקה, הסתמכו המדענים על המערכת הניסיונית שפותחה במעבדתו של פרופ' ויויאן טייכברג במחלקה לנוירוביולוגיה. מערכת זו, הבנויה מתאים שמקורם ברירית של מוח חזיר, מייצגת היטב את מחסום הדם-מוח באדם. יציבות המחסום נמדדת באמצעות קביעת ההתנגדות החשמלית של שכבת התאים במבחנה. כאשר יורדת היציבות, ניתן לכמת את חדירות השכבה בעזרת חלבונים המסומנים באטומים רדיואקטיביים.
 
הודות למערכת זו מצאו החוקרים, כי הפפטידים המלאכותיים אכן ערערו את יציבותו של מחסום הדם-מוח במידה המאפשרת חדירה מרובה של תרכובות שונות, כולל חלבונים גדולים המשמשים כתרופות נגד סרטן. כפי שדווח בכתב-העת Journal of Biological Chemistry, החדירה התרחשה בכמויות המספיקות לטיפול יעיל במחלות מוח קשות. כעת נבדקת השיטה בחולדות, בשיתוף פעולה עם פרופ' יוסף ירדן מהמחלקה לבקרה ביולוגית, ופרופ' יעל מרדור מהמרכז הרפואי על-שם חיים שיבא בתל השומר.
 
כמובן, פריצת מחסום הדם-מוח אינה רצויה בבני אדם בריאים, אך בחולי סרטן היא עשויה להיות הרע במיעוטו. למעשה, ידוע כי קיימות מחלות הגורמות לפתיחה של המחסום, עובדה המעידה כי ערעור המחסום לפרק זמן קצר אינו מסכן חיים. לכן, השיטה החדשה שפותחהבמכון ויצמן למדע בהחלט באה בחשבון לצורך טיפולים בגידולים ממאירים במוח ובמחלות נוירולוגיות אחרות. 
 
 
 
מימין: איציק קופר, פרופ' מתי פרידקין ופרופ' יורם שכטר. מחסומים
מדעי החיים
עברית

גיבוי זמני

עברית
 
 
אנשים המצויים בתנאי לחץ נוטים להגיב באופן קיצוני, ולפעמים אף משלמים על כך מחיר יקר, אך בחלוף זמן הם עשויים למצוא פתרונות "מאוזנים" יותר. גם תאים שנחשפים ללחץ סביבתי בוחרים לעיתים בפתרון רדיקלי, ומשנים את מספר העותקים של הכרומוזומים שלהם – מנגנון אבולוציוני מהיר ויעיל, אך נושא "תג מחיר" של נזקים לתא. מחקר בתאי שמרים, שנערך באחרונה במכון ויצמן למדע, מגלה כי התמודדות קיצונית כזאת עם אתגרים סביבתיים היא תגובה חולפת. במהלך הזמן, מאמצים תאי השמרים פתרונות מדויקים יותר, שמחירם נמוך יותר, והם גם יעילים יותר לטווח הארוך.
מימין: פרופ' צחי פלפל, אביהוא יונה וד"ר אורנה דהאן. גמישות
המנגנון האבולוציוני של שינוי מספר הכרומוזומים (מצב המכונה "אניאופלואידיות") מוכר ונחקר רבות. הכפלות כרומוזומים, לדוגמה, הן תוצאה של טעויות המתרחשות בזמן חלוקת התא, אך לעיתים מעניקה הטעות הזו לתא יתרון אבולוציוני, ומגבירה את עמידותו ואת שרידותו בתנאי סביבה מסוימים. במקרים כאלה, התא ישמור על הכרומוזום העודף ויוריש אותו לצאצאים. ההכפלה היא מנגנון מהיר ויעיל – היא מגבירה בבת-אחת את ההתבטאות של רוב הגנים שנמצאים על הכרומוזום הנוסף, ביניהם גנים המסייעים לתא להתמודד עם העקה. עם זאת, היא כרוכה במחיר כבד: התפתחות התא איטית יותר בגלל "בזבוז" האנרגיה, ובנוסף, בגלל כמויות עודפות של גנים, ייצור החלבונים בתא משתבש ויוצא מאיזון. יצורים רב-תאיים, לדוגמה, מתקשים מאוד לשאת בהשלכות השליליות של הכפלת כרומוזומים: בעובר המתפתח הן יגרמו להפלה טבעית, והכפלת כרומוזום 21 בבני אדם תגרום לתסמונת דאון. בנוסף לכך, כ-90% מהגידולים הסרטניים מאופיינים במספר לא תקין של כרומוזומים.
 
האם שינוי מספר כרומוזומים הוא "ד"ר ג'קיל", שמסייע לתאים, או שמא הוא "מיסטר הייד", מזיק והרסני? השאלה הזו, שזכתה לכינוי "פרדוקס האניאופלואידיות", עומדת במרכזה של מחלוקת מדעית ארוכת שנים. 
 
כדי לשחזר את תופעת הכפלת הכרומוזומים ולהבין אותה טוב יותר, יצר צוות המדענים, שכלל את פרופ' צחי פלפל מהמחלקה לגנטיקה מולקולרית, ואת חברי קבוצתו אביהוא יונה וד"ר אורנה דהאן, תהליך אבולוציוני במעבדה: במשך למעלה משנה הם גידלו שמרי אפייה, ועקבו אחריהם במהלך אלפי דורות. שנה של ניסוי עשויה להיראות כפרק זמן ארוך מאוד, אך יש לזכור כי המדענים מדמים תהליכים אבולוציוניים הנמשכים, למעשה, מיליוני שנים. ניסויי "אבולוציה במעבדה" מאפשרים לא רק לקצר את פרק הזמן, אלא מספקים סביבה מבוקרת, ללא הפרעות חיצוניות. בנוסף, בעוד הטבע מאפשר לנו להתבונן רק בתוצאה הסופית של התהליך האבולוציוני, הניסוי מאפשר לעקוב מקרוב אחר התפתחותו. השמרים נחשפו לתנאי עקה – חום או דרגת חומציות גבוהה – שפעלו כגורם סלקציה: תאים שהתאימו את עצמם באופן מיטבי לתנאים, שרדו טוב יותר. מדי מספר דורות נבדק הגנום של התאים, כדי לנסות לאתר את המנגנונים הגנטיים שמשפרים את ההישרדות בתנאי עקה.
 
המדענים גילו, כי כאשר השמרים גדלים בחום קיצוני, משתפרות העמידות ומהירות הגדילה שלהם במהלך הדורות. בדיקת הגנום גילתה נוכחות של עותק נוסף מאחד הכרומוזומים. גידול בתנאי חומציות גבוהה הוביל להכפלה של כרומוזום אחר. המדענים הסיקו, כי הכפלת הכרומוזומים היא זו שאחראית ליכולת ההתמודדות המשופרת של השמרים עם התנאים הקיצוניים. כדי להוכיח זאת, החדירו המדענים באופן מלאכותי את הכרומוזום הנוסף לשמרים שלא נחשפו לתנאי העקה. עם חשיפתם לטמפרטורה גבוהה, הראו שמרים אלה עמידות דומה לאלה שהכפילו את הכרומוזומים באופן טבעי.
 
בניגוד למחקרים אחרים, שהסתפקו בזיהוי ההכפלה ועצרו את הניסוי לאחריו, המדענים המשיכו לעקוב בסבלנות אחר תאי השמרים במשך תקופה נוספת. כך גילו תופעה מפתיעה: עם הזמן, הכרומוזום העודף נעלם, ובמקומו התקבעו פתרונות אחרים, ספציפיים יותר, שמחירם נמוך יותר – אך דורשים פרק זמן ממושך יותר. הפתרונות האלה אינם מבוססים על הכפלת כרומוזומים, ובכל זאת, הביטוי של הגנים שתפקידם להתמודד עם מצבי עקה נשמר גבוה – כאילו הכרומוזום הנוסף עדיין קיים. "במקרה של עקה חזקה ופתאומית, התא בוחר בפתרון אפקטיבי, מהיר, ולא אופטימלי, מפני שמשתלם לו לשלם את המחיר", אומר פרופ' פלפל. "כשיש זמן הסתגלות, הפתרון הזה מוחלף בפתרונות מדויקים יותר".
 
כדי לבחון את המסקנה הזו בדרך נוספת, עשו המדענים ניסוי של "אבולוציה הדרגתית", שבו, במקום לגדל את השמרים בתנאי עקה קיצוניים קבועים, "הרעו" את התנאים בהדרגה. במקרה זה לא התרחשו הכפלות כרומוזומים, כנראה משום שהשינוי ההדרגתי אינו מחייב פתרון מהיר וקיצוני, אלא מאפשר לשמרים להסתגל בהדרגה לתנאים החדשים. "משטרים אבולוציוניים שונים מובילים לפתרונות מסוג שונה", אומר פרופ' פלפל. מתברר, כי גם היעילות של הפתרונות האלה שונה: בניסוי האבולוציה המדורגת הסתגלו התאים בצורה טובה יותר לתנאים הסביבה, ומנגנוני ההסתגלות נשמרו לטווח ארוך יותר. ממצאי המחקר התפרסמו בכתב-העת PNAS.
 
המדענים סבורים, כי ממצאיהם עשויים להיות רלבנטיים גם עבור תאים סרטניים, ובפרט לאופן בו תאים סרטניים נפטרים מגנים מדכאי סרטן, כדי שיוכלו להתרבות ולשגשג ללא הפרעה. אם חלה מוטציה באחד הכרומוזומים, אשר פוגעת בגן הבולם סרטן, התא עשוי להכפיל את הכרומוזום המוטנטי, ולאחר מכן להשמיט את זה התקין, וכך להיפטר מה"בלמים" המגבילים אותו. בנוסף, הבנת האופן בו משפיעים אתגרים סביבתיים, קיצוניים או מדורגים, על יכולת ההתמודדות של התא, עשויה לתרום לתכנון טיפול כימותרפי יעיל, שיפחית במידת האפשר את יכולתו של התא הסרטני לפתח מנגנוני עמידות. 
 
מימין: פרופ' צחי פלפל, אביהוא יונה וד"ר אורנה דהאן. גמישות
מדעי החיים
עברית

המחסום

עברית
שי צורים. ואז הסתבך הכל, אוסף בנו כלב

כאשר אנחנו מזדקנים, הזיכרון שלנו מתחיל "לחרוק". הירידה ביכולת הקוגניטיבית בגיל המבוגר נחשבת לתהליך כמעט בלתי-נמנע, אך שני מחקרים שנעשו באחרונה במעבדתה של פרופ' מיכל שוורץ, מהמחלקה לנוירוביולוגיה, קושרים את ההידרדרות בתיפקוד המוחי להזדקנות המערכת החיסונית. המחקרים מגלים כיצד תאים חיסוניים מסוימים, הממוקמים – בניגוד לכל הציפיות – בתוככי המוח עצמו, תורמים לבריאותה של מערכת העצבים המרכזית. הממצאים מראים כיצד, לאורך זמן, האיזון העדין בו נתונים תאים אלה מופר, ומוביל למצב חדש – אשר עשוי לפגוע בתיפקוד המנטלי. מחקרים אלה עשויים לספק רמזים לאופן בו נוכל, בעתיד, להאט או למנוע את ההידרדרות הקוגניטיבית.

 
זה למעלה מעשור חוקרת פרופ' שוורץ כיצד תאים חיסוניים הנעים בזרם הדם מסייעים ליכולת הריפוי והשיקום של המוח, ושל חלקים אחרים במערכת העצבים המרכזית. מחקריה איתגרו, לעיתים קרובות, את התיאוריות הרווחות, לפיהן תאים חיסוניים אינם יכולים להיכנס לתוך המוח, וכי אם הם מצליחים בכל זאת לעשות זאת, הרי שהם "מסתננים" דרך פרצות במערך המחסומים המגינים על המוח.
 
ממצאי המחקר הראשון, שהתפרסמו באחרונה בכתב העת-המדעי Immunity, מראים, כי כאשר התאים החיסוניים המרפאים "מזומנים" אל המוח בעקבות פגיעה, הם אינם נדרשים לחמוק ממערך המחסומים. תאים אלה נכנסים למוח באופן "חוקי" דרך מבנה הקרוי "מקלעת הדמים" (choroid plexus), אשר יוצר את מה שמכונה "מחסום הנוזל המוחי השדרתי" (cerebrospinal-fluid). המעטפת של מקלעת הדמים היא המקום בו נוצר הנוזל המוחי השדרתי – המהווה מעין "בלם זעזועים" אשר מגן על רקמות המוח. המבנים של מקלעת הדמים – אחד מהם מצוי בכל חדר במוח – מכילים שלוחות דמויות אצבע, שדרכן, מצד אחד, מועבר נוזל המוח השדרתי אל רקמות המוח המקיפות את השלוחות, ומצד אחר, פלסמה וחומרי פסולת מתפנים מהמוח אל כלי הדם.
 
חברי קבוצת המחקר של פרופ' שוורץ הופתעו לגלות, כי התאים החיסוניים נכנסים למערכת העצבים המרכזית ממבנה מרוחק זה גם כאשר הפגיעה מתרחשת בעמוד השדרה במיקום מרוחק מהמוח, וכי הם אינם נסחפים מהמוח באופן פסיבי דרך פרצות במחסום הדם-מוח, אלא מזומנים בצורה מבוקרת. התאים החיסוניים חצו את מחסום נוזל המוח השדרתי, החוצץ בין זרם הדם לבין רקמת המוח, ומשם הם עשו את דרכם למקום הפגיעה במערכת העצבים המרכזית. הסיבה להפתעה הייתה, שעד כה נחשבה הכניסה למוח כ"פריצת גבולות". "הממצאים שלנו מראים, כי כניסה למוח דרך מקלעת הדמים איננה פריצת גבולות, אלא כניסה דרך שער המתפקד כמו מסננת", אומרת פרופ' שוורץ. "תאים חיסוניים עוברים דרך השער כאשר יש בהם צורך. לפני כן הם נבדקים, וגם נדרשים לאימון מקדים, ורק התאים הנכונים, שעברו את האימון הנכון, מורשים לעבור דרך השער ולהיכנס למערכת הדם".
 
במחקר השני, שהתפרסם בכתב-העת של האגודה האמריקאית למדעים של ארה"ב (PNAS), ביקשו המדענים לזהות במדויק את סוג התאים החיסוניים המווסתים את הכניסה למוח. המדענים זיהו את התאים החיסוניים שבמקלעת הדמים כסוג של תאי Tהמותאמים במיוחד למערכת העצבים המרכזית, וגילו כי בתוך מקלעת הדמים נשמרת תמיד אספקה קבועה של תאים אלה. כאשר עקבו בדקדקנות אחר מהלך החיים של התאים, מגיל צעיר ועד זיקנה, גילו המדענים, כי הפרת האיזון בין שני חומרים כימיים המיוצרים על-ידי תאי  T במקלעת הדמים, משפיעה באופן קריטי על תכונות ה"שער".
 
אחד מהחומרים, הקרוי אינרטלאוקין-4 (IL-4), ידוע כמונע דלקת וכמגן על בריאות המוח. עם זאת, באופן פרדוקסלי, כשרמתו עולה מעבר לסף מסוים, הוא מעורב בייצור חומר הקרוי CCL11, אשר קשור, בין היתר, בירידה קוגניטיבית. ניסויים שעשו המדענים – הן בעכברים והן בתרביות תאים – גילו שבמקלעת הדמים מצוי אינטרלאוקין-4 בדרך כלל בשיווי משקל עם חומר אחר, אינטרפרון-גאמא (IFN-γ). אך כאשר העכבר מזדקן, גורמים שינויים המתחוללים בתאי T לשיבוש היחס בין שני החומרים לטובת אינטרלאוקין-4. חוסר שיווי המשקל שנוצר מוביל להתפתחות תהליך דלקתי ולייצור CCL11 על-ידי תאי מקלעת הדמים.  CCL11 חודר לנוזל המוח ומצטבר במוחות העכברים המזדקנים – כפי שקורה גם בבני אדם.
 
בהמשך, הצליחו המדענים למנוע את תהליך ההידרדרות הקוגניטיבית של העכברים הזקנים באמצעות שימוש בטיפול דרסטי: הם "איפסו" את המערכת החיסונית של העכברים באמצעות הקרנת לשד העצמות שלהם, והשתלת לשד עצמות חדש. פרופ' שוורץ סבורה, כי הממצאים רומזים על האפשרות, שבעתיד אפשר יהיה להשיב את האיזון למערכת החיסונית במוח באמצעים קיצוניים פחות. ראשית, תאי ה-T המחוללים את הדלקת, שנמצאו במקלעת הדמים בגיל המבוגר, נפוצים בעת הזיקנה גם במקומות אחרים בגוף. לכן, שיטת ריפוי שתכוון לפגיעה כוללת בתאים מסוג זה עשויה להועיל. שנית, המדענים גילו דמיון מעניין בין התהליך הדלקתי במוח לבין אסתמה. "אסתמה היא מחלה אחרת בה מעורב מסנן – במקרה זה, דרכי האוויר", אומרת פרופ' שוורץ. גם דמיון זה פותח פתח לאפשרויותטיפול. בנוסף, ממצאי הניסויים מבהירים, כי המחסומים המפרידים בין המוח לבין המערכת החיסונית אינם בלתי-חדירים – אם רק מוצאים את הדרך הנכונה לפתוח את השער.
 
במילים אחרות, במקום שתיחשב כתופעת לוואי בלתי-נמנעת של הזיקנה, ההידרדרות הקוגניטיבית עשויה להיות יום אחד תופעה שניתן לרפאה, כמו כל מחלה אחרת של המערכת החיסונית.  
 
שי צורים. ואז הסתבך הכל, אוסף בנו כלב
מדעי החיים
עברית

איפה הגבול?

עברית

מימין: ד"ר אלעד שניידמן וירדן כהן. דפוסי למידה

מה באמת אנשים יכולים ללמוד? מהו גבול הלמידה? אילו חוקים שולטים בתהליך הלמידה? מה קורה במוח שלנו כאשר אנחנו לומדים? ויכוח מסדרון בשאלות האלה, בין שני תלמידי מחקר, הוביל את חברי קבוצתו של ד"ר אלעד שניידמן, מהמחלקה לנוירוביולוגיה במכון ויצמן למדע, לתכנון משחק למידה ממוחשב שאיפשר להם "ללכת על הגבול". ממצאיהם התפרסמו בכתב העת PNAS.
המשחק שפיתחו מורכב משילוב של משבצות צבעוניות. לנבדקים מוצג שילוב של שש משבצות צבעוניות, בשבעה צבעים אפשריים, והם מתבקשים להתבונן וללמוד את החוק השולט במבנה של המצב המוצג. למשל: אדום, כחול צהוב, אדום כחול צהוב. או: אדום, אדום, כחול, צהוב, כחול כחול. מכיוון
שהשילובים האפשריים לסידור שש משבצות בשבעה צבעים שונים הם רבים מאוד, החליטו המדענים להסתפק במצבים המייצגים שישה חוקים בלבד. התוצאה המעניינת הראשונה עלתה, כאשר התברר שכל אחד הצליח במשהו, אנשים שונים הצליחו ללמוד מספר שונה של חוקים – אבל איש מבין הנבדקים לא הצליח לזהות וללמוד את כל ששת החוקים.
השאלה הבאה הייתה, כיצד אנחנו משתמשים במה שאנחנו לומדים; למשל, כיצד אנחנו מכלכלים את צעדינו כאשר אנחנו מרכיבים תיק השקעות על-פי עצותיהם של חמישה יועצים, שכל אחד מהם מציע לנו חמש מניות. עד כמה אנחנו מענישים את היועצים על ביצועים גרועים של המניות שהציעו, או מתגמלים אותם על ביצועים טובים? "עונש" במקרה זה הוא הפחתת חלקו היחסי של היועץ בתיק ההשקעות שלנו, ותיגמול הוא הגדלת חלקו בתיק. ד"ר שניידמן אומר, שכאן נכנסים לתמונה גורמים נוספים, כמו דעה קדומה שאיתה הגענו, וביטחון עצמי של הנועץ, בעל התיק. יש מי שכל מדידת ביצועים מובילה אותם לחלוקה מחודשת של התיק בין היועצים השונים; ויש כאלה שממעטים לעשות שינויים, ומאפשרים למי שנכשל (עד גבול מסוים, כמובן), להשתפר. השילובים האפשריים בין התכונות האלה יוצרים דפוסי למידה שונים, אשר מאפיינים טיפוסי לומדים שונים.
 
ד"ר שניידמן וחברי קבוצתו פיתחו מודל מתמטי אשר מאפשר לנתח את דרך הלמידה של נבדקים שונים, ולדעת מה המשקל שהם נותנים לדעה קדומה, לניסיון וללמידה. מודל כזה, שדימה את תהליך הלמידה של נבדקים שונים, הצליח לחזות נכונה 88% מתהליכי הלימוד שביצעו הנבדקים. אבל האם זיהוי תהליכי הלמידה מאפשר לחזות נכונה גם את ההחלטות שיקבלו הנבדקים בעקבות הלמידה? כאן ירדו מעט שיעורי ההצלחה של המודל, אך עדיין נותרו גבוהים למדי: 75%.
 
מכאן עברו המדענים לשאלה הבאה: איך אפשר לשפר את תהליך הלמידה? למשל, איך אפשר לשפר את תהליך הלמידה של המדענים עצמם, כך שהמודל שירכיבו יגיע ליותר מ-75% הצלחה בחיזוי החלטות שיקבלו הנבדקים בעקבות למידה? אילו דוגמאות אפשר לתת לנבדקים, כדי לעזור להם ללמוד מהר יותר את החוק שלפיו סודרו המשבצות הצבעוניות במשחק? מתברר, שהתערבות בתבנית אחת בלבד משפרת משמעותית את ביצועי הלמידה של רוב הנבדקים.
דגנית ברסט. ללא כותרת, 1976. עבודה זו הייתה חלק ממיצב שהוצג בגלריה ג'ולי מ. בשנת 2010, וממיצב שנכלל בתערוכה "בריסטולים", שהוצגה בשנת 2012 במוזיאון בת-ים לאמנות עכשווית, והביאה נקודות מבט שונות על מערכת החינוך בישראל. אוצרת: טלי תמיר
בניסוי דומה, שבוצע בבעלי-חיים, הצליחו המדענים לזהות נירונים בודדים שמעורבים ומגדירים את תהליך הלמידה. המיקוד הזה רומז על אפשרויות עתידיות להתערבות שתשפר במידה רבה את יכולת הלמידה.
 
בניסוי האחרון בסדרה (בינתיים), התגלה הבדל בין דרכי הלמידה של פיסיקאים וביולוגים. כך, למשל, כאשר פיסיקאי מקבל שילוב מורכב של משבצות צבעוניות, הוא מחשב מיד את מספר האפשרויות לפתרון, מזהה את המורכבות - ומתחיל לחפש פתרונות מורכבים. לעומת זאת, ביולוגים שניצבים לפני מערכת מסובכת מעדיפים דווקא להתחיל לבדוק פתרונות פשוטים, ולעלות בהדרגה בסולם המורכבות. מה זה אומר על הדרך שבה מדענים שונים פועלים? זו שאלה שעדיין ממתינה לפתרון. 
 
מימין: ד"ר אלעד שניידמן וירדן כהן. דפוסי למידה
מדעי החיים
עברית

תוספת סיכון

עברית
איתור גורמי סיכון למחלות ואיבחון מוקדם שלהן, עוד לפני התפרצותן, הם הדרכים היעילות ביותר להילחם בהן. ככל שהגילוי מוקדם, כך גדל הסיכוי למניעה ולריפוי. כך, לדוגמה, אפשר לזקוף חלק נכבד מהירידה התלולה במחלות לב בעשורים האחרונים לזכות גילויו של גורם סיכון מרכזי – רמות כולסטרול גבוהות בדם – והטיפול בו. לעומת זאת, בכל הנוגע לסרטן, המצב מעודד הרבה פחות. גילוי סמנים ביולוגיים המעידים על סיכון מוגבר להתפתחות סרטן הוא אתגר שמעסיק קבוצות מדענים רבות ברחבי העולם.
 
חיפושיהם של פרופ' צבי ליבנה וד"ר תמר פז-אליצור, מהמחלקה לכימיה ביולוגית במכון, מתמקדים בסמנים גנטיים מסוג מסוים: הם בוחנים את מערך ה"מכונות" התאיות הזעירות, שתפקידן לשמור על שלמותו של החומר הגנטי. הדי-אן-אי האצור בגרעיני כל התאים שבגופינו נפגע אלפי פעמים מדי יום, כתוצאה מקרינה, מתוצרי לוואי של חילוף החומרים בגוף, ומחומרים מזיקים שונים. פגיעות אלה עלולות לגרום שיבושים ברצף הדי-אן-אי (מוטציות), אשר עשויים לחולל מחלות שונות – ובהן סרטן. כדי להימנע מהיווצרות מוטציות מזיקות מפעילים התאים מערך מכונות מולקולריות, שתפקידן לאתר נזקים הנגרמים לחומר הגנטי בתא, ולתקן אותם. "הנחת העבודה שלנו היא, שהבדלים קטנים בין בני אדם ביכולת התיקון של הדי-אן-אי משפיעים על מידת הסיכון לפתח סרטן", אומר פרופ' ליבנה. "השילוב של שני גורמים – חשיפה לגורם סיכון, ביחד עם יכולת תיקון נמוכה של הדי-אן-אי, מגביר את הנטייה לפתח את המחלה".
מימין: דליה אלינגר, ד"ר יעל לייטנר-דגן, ד"ר זיו סביליה, ד"ר תמר פז-אליצור ופרופ' צבי ליבנה. רגישות מוגברת
לפני כעשור הצליחו פרופ' ליבנה וד"ר פז-אליצור להוכיח את ההנחה הזו, כאשר גילו סמן ביולוגי המצביע על סיכון מוגבר להתפתחות סרטן הריאות. זהו אחד מסוגי הסרטן השכיחים בעולם, והקטלני שבהם: הוא אחראי לכ-30% ממקרי המוות מסרטן. מדי שנה מתים ממנו בארה"ב 160,000 איש, ו-220,000 חולים חדשים מתווספים. גורם הסיכון העיקרי לסרטן הריאות הוא עישון, אך הנתונים מראים כי "רק" 15%-10% מכלל המעשנים הכבדים מפתחים אותו, וכי כ-15% מהחולים בסרטן הריאות אינם מעשנים. משמעות הנתונים היא, שמרבית בני האדם מצליחים להתגבר על הנזקים שגורם עשן הסיגריות לדי-אן-אי (אם כי, הוא בכל זאת עלול לגרום מחלות אחרות), אולם מיעוטם סובל מרגישות גנטית מוגברת לעשן, שמגדילה מאוד את הסיכון ללקות במחלה. פרופ' ליבנה וד"ר פז-אליצור הצליחו לפתח שיטה מדויקת למדידת הפעילות של אחת ממכונות התיקון, אנזים הקרוי OGG1, וגילו כי הרגישות המוגברת קשורה לפעילות מופחתת של האנזים: פעילות מופחתת של OGG1 העלתה את הסיכון ללקות בסרטן הריאות פי חמישה, ולכך יש עוד להוסיף את "תוספת הסיכון" הנגרמת על-ידי עישון. 
 
במחקר הנוכחי ביקשו פרופ' ליבנה, ד"ר פז-אליצור וד"ר יעל לייטנר-דגן להרחיב את היריעה, ולהגיע לדרגת דיוק גבוהה יותר ביכולת לנבא את הסיכון ללקות בסרטן הריאות. לשם כך פיתחו שיטה למדידת הפעילות של מכונת תיקון נוספת, הקרויה MPG. גם אנזים זה, כמו OGG1, מטפל בנזקי חימצון, אך הוא מכסה טווח רחב יותר של נזקים – כמו, לדוגמה, את אלה שגורם טיפול כימותרפי. בשיתוף עם פרופ' גד רנרט מהטכניון ומהמרכז הרפואי "כרמל", וד"ר רן קרמר מהמרכז הרפואי רמב"ם, אספו המדענים דגימות דם מ-100 חולים בסרטן הריאות, ומ-100 נבדקים בריאים, ששימשו כקבוצת ביקורת, ובדקו בהן את רמת הפעילות האנזימטית של MPG. הניסוי נעשה בצורה עיוורת, והנבדקים החולים הותאמו לנבדקי הביקורת מבחינת הגיל, המין, ואיזור המגורים– כדי לנטרל גורמי הטיה אפשריים.
 
המדענים גילו, כי אכן קיים מיתאם בין מידת הפעילות של MPG לבין הנטייה לחלות בסרטן ריאות, אולם למרבה הפתעתם היה זה מיתאם הפוך מהצפוי: בחולי סרטן הריאות התגלתה דווקא פעילות מוגברת של האנזים. כיצד מסבירים את הנתונים?  "MPG פועל על טווח רחב של נזקים, אולם יש לכך מחיר: לא תמיד הוא מצליח לחתוך החוצה את החלק הפגום מהדי-אן-אי", מסביר פרופ' ליבנה. "במקרים כאלה הוא 'נתקע' על גבי הדי-אן-אי, ומונע את הגישה לאנזימי תיקון שמסוגלים לבצע את התיקון. כלומר, ברמות גבוהות מדי, MPG מזיק יותר משהוא מועיל". כאשר חישבו המדענים ציון משוקלל, המבוסס על פעילותם של שני האנזימים, עלה בידם לחזות ברמת דיוק גבוהה יותר את הנטייה לחלות בסרטן הריאות. ממצאי המחקר התפרסמו באחרונה בכתב-העת המדעי Journal of the National Cancer Institute.
 
המדענים מקווים, כי על בסיס השיטה למדידת הפעילות של המכונות המתקנות נזקי די-אן-אי אפשר יהיה בעתיד לפתח שיטות לתיקון מכונות פגומות, ולוויסות פעילותן, וכך למנוע רגישות מוגברת לסרטן. מאחר שבחלק מהמכונות מדובר בפעילות יתר, ואילו במכונות אחרות מדובר בפעילות חסר, ייתכן שיהיה צורך בקוקטייל תרופות לצורך ויסות מדויק של כל מכונה בנפרד. אפשרות אחרת היא, שקיים גורם בקרה "עליון" משותף לכל המכונות, שתיקונו יחזיר את כל המערכת לאיזון. פרופ' ליבנה וחברי ציוותו מתכננים לבדוק את האפשרויות האלה באמצעות המיכשור המתקדם שיעמוד לרשותם במכון הלאומי לרפואה מותאמת אישית, אשר נחנך באחרונה במכון.
 
במחקר השתתפו גם ד"ר זיו סביליה ודליה אלינגר, מקבוצתו של פרופ' ליבנה, וד"ר מילה פינצ'ב והדי רנרט מקבוצתו של פרופ' רנרט. את הניתוחים הסטטיסטיים ערכו פרופ' לורנס פרידמן ממכון גרטנר לחקר אפידמיולוגיה ומדיניות בריאות בתל השומר, ופרופ' עדנה שכטמן מאוניברסיטת בן גוריון בנגב.  
 
מימין: דליה אלינגר, ד"ר יעל לייטנר-דגן, ד"ר זיו סביליה, ד"ר תמר פז-אליצור ופרופ' צבי ליבנה. רגישות מוגברת
מדעי החיים
עברית

מעגל הגופרית

עברית

ד"ר איתי הלוי. "זהב שוטים"

גופרית – היסוד ה-16 בטבלה המחזורית – הוא אחד היסודות הנפוצים על פני כדור הארץ: הגופרית משתחררת בעת התפרצויות של הרי געש ושריפה של דלקים מאובנים, נצרכת על-ידי יצורים חיים, מתמוססת במי גשם ובמימי האוקיינוס,  ומתגבשת בסלעים. מעגל הגופרית בטבע נע דרך האטמוספרה, הימים והיבשות של כדור הארץ. תוך כדי תנועה מתחוללים בגופרית שינויים כימיים, ואלה קשורים לעיתים לכימיה של יסודות אחרים, כמו פחמן וחמצן. כך, לדוגמה, יצורים חד-תאיים מסוימים משתמשים בתרכובות גופרית כדי לעכל את האוכל שלהם, בדומה לאופן בו יצורים אחרים משתמשים בחמצן. פעילות זו משפיעה אמנם על ריכוז החמצן החופשי באוויר, אבל הגופרית נחשבת בדרך כלל לגורם משני בתהליך בקרת רמות החמצן באטמוספרה, בעוד שהפחמן נחשב תמיד ל"שחקן המרכזי". ממצאים חדשים, שהתפרסמו באחרונה בכתב-העת המדעי Science, רומזים שתפקידה של הגופרית גדול ממה שחשבנו.

ד"ר איתי הלוי, מהמחלקה למדעי הסביבה וחקר האנרגיה שבפקולטה לכימיה במכון, יחד עם ד"ר שנן פיטרס מאוניברסיטת ויסקונסין וד"ר ודוורד פישר מהמכון הטכנולוגי של קליפורניה, ביקשו להבין את מעגל  הגופרית העולמי במשך 550 מיליוני השנים האחרונות – במהלכן היו רמות החמצן באטמוספרה קרובות לאלה המצויות בה היום – כ-20%. לשם כך הם השתמשו במאגר מידע הקרוי "מקרוסטראט" (Macrostrat), שפיתח ד"ר פיטרס. המאגר מכיל מידע מפורט על הגיאומטריה, הגיל והתכונות המינרלוגיות של אלפי יחידות מסלע בצפון אמריקה ומחוצה לה.
 
 
אבן פיריט-ברזל. צילום: Thinkstock
החוקרים השתמשו במאגר המידע כדי להתחקות אחר אחת הדרכים בהן יוצרת גופרית המומסת במי האוקיינוסים משקעים בקרקעיתם, וכך יוצאת מהאוקיינוסים - באמצעות ייצור של מינרלים הקרויים אוופוריטים גופריתיים. מינרלים נושאי גופרית אלה, כמו לדוגמה גבס טבעי, שוקעים בקרקעית של ימים רדודים כתוצאה מהתאיידות מי הים. הצוות מצא, שקצבי הייצור והשיקוע של אוופוריטים גופריתיים השתנו בתדירות גבוהה יחסית במהלך 550 מיליוני השנים האחרונות. השינויים האלה קשורים לשינויים בשטח הימים הרדודים, לקווי הרוחב הגיאוגרפי בהם נמצאו היבשות הקדומות, ולגובה פני הים. אך התגלית שהפתיעה את ד"ר הלוי ואת עמיתיו הייתה, שרק אחוז קטן, יחסית, של הגופרית אשר מגיעה למי האוקיינוסים יוצאת מהם בדרך זו. הממצאים שלהם הצביעו על דרך חשובה הרבה יותר לשיקוע גופרית – באמצעות מינרל אחר, הקרוי פיריט (pyrite).  

הפיריט (הידוע גם בשם "זהב שוטים") הוא תרכובת של ברזל וגופרית, אשר נוצרת כאשר יצורים חד-תאיים השוכנים במשקעים בתחתית הים משתמשים בגופרית מומסת במי הים כדי לעכל חומר אורגני. יצורים אלה קולטים גופרית בצורת סולפט (כלומר, קשורה לארבעה אטומי חמצן), ומשחררים אותה כסולפיד (ללא חמצן). תוך כדי התהליך משתחררים ארבעה אטומי החמצן, ולכן הוא נחשב כמקור לחמצן באוויר. עם זאת, חלק זה של מעגל הגופרית נחשב תמיד למשני – ביחס להשקעת אוופוריטים גופריתיים (שאינה כרוכה בשחרור חמצן), ולכן השפעתו על רמות החמצן באוויר נחשבת לזניחה.
 
בעקבות בדיקת מודלים תיאורטיים של מעגלי גופרית שונים מול המידע שבמאגר הבינו חברי הצוות, כי הייצור והשיקוע של הפיריט הוא למעשה משמעותי הרבה יותר משמקובל היה לחשוב: למעלה מ-80% מהגופרית המומסת במי האוקיינוסים יוצאת מהם בדרך זו (לעומת אומדנים קודמים - 40%-30%). לעומת השונות הגבוהה בשיקוע אוופוריטים לאורך התקופה,שיקוע הפיריט שמר על יציבות יחסית. הניתוח הראה גם, שמקור מרבית הגופרית הנכנסת לים הוא בבלייה של פיריט מהיבשה. במילים אחרות, התגלה כי קיים איזון בין ייצור הפיריט ושיקועו – בתהליך המשחרר חמצן, לבין בליית הפיריט מהיבשה, תוך צריכת חמצן. הממצאים מצביעים על החשיבות הגדולה של מעגל הגופרית בבקרת ריכוז החמצן באטמוספרה.  
 
ד"ר פיטרס: "זהו השימוש הראשון במאגר המידע 'מקרוסטראט' לצורך מדידת שטפים כימיים במערכת כדור הארץ. אני סבור, שהמחקר הזה יפתח פתח לשימושים רבים אחרים של המאגר, לתיאור מעגלים ביו-גיאוכימיים".
 
ד"ר פישר: "עבורי, התוצאה המפתיעה ביותר היא העובדה שהבלייה והשיקוע של הפיריט היו, ככל הנראה, תהליכים חשובים מאוד לאורך כל ההיסטוריה של כדור הארץ. מעגל הפחמן ידוע כשחקן מרכזי, אשר שולט בכימיה של החמצן. עם זאת, על-פי הממצאים שלנו, מספר דומה של אלקטרונים נע דרך מעגל הגופרית".
 
ד"ר איתי הלוי: "הממצאים האלה לא רק שופכים אור חדש על תפקיד הגופרית בבקרת רמות החמצן באטמוספרה, אלא גם מהווים צעד חשוב בפיתוח הבנה כמותית של התהליכים השולטים במעגל הגופרית הגלובלי".
 
 
 

אישי 

איתי הלוי גדל בקרית טבעון ובזכרון יעקב, ובילדותו נדד עם משפחתו לג'מייקה ולניגריה. הוא נחשף לראשונה לגיאולוגיה בזמן שירותו הצבאי, ונרשם ללימודי תואר ראשון בגיאולוגיה ובמדעי המחשב באוניברסיטת בן גוריון בנגב. השילוב בין שני התחומים נותן בידיו כלי מיוחד: הוא מאפשר לו ליצור תוכנות מחשב לפתרון בעיות ושאלות מתחום מדעי כדור הארץ. לאחר סיום לימודי התואר הראשון יצא ללימודי תואר שני ושלישי באוניברסיטת הרווארד. לאחר מחקר בתר-דויקטוריאלי במכון הטכנולוגי של קליפורניה (Caltech) הצטרף, בשנת 2011, לסגל המחלקה למדעי הסביבה וחקר האנרגיה במכון.
 
איתי נשוי ואב לשתי ילדות. בזמנו הפנוי הוא רץ, מטייל ועובד בגינה. הוא גם בעליו של אוסף דרקונים ובו יותר ממאה פסלונים מעץ, מחימר, מזכוכית, מאבן ועוד.
 
 
מדעי הסביבה
עברית

ביטוי ובקרה

עברית
עם פיענוח גנום האדם הושלם זיהויים של כ-20,000 הגנים שבגוף האדם. בסמוך לכל אחד מאותם גנים מצוי רצף די-אן-אי קצר, המהווה מקטע בקרה: קשירת חלבון לאותו מקטע היא שקובעת האם אותו גן יתבטא, מתי, ובאיזו כמות. חשיבותם של אותם מקטעים קצרים אינה נופלת מזו של הגנים "הרגילים", ואולי אף עולה עליהם: הם שאחראים להתפתחות הנכונה של האיברים והרקמות בעובר; הם שקובעים כי תאי העין – ורק הם – יכילו קולטנים רגישים לאור, וכי תאי הלבלב – ורק הם – יפרישו אינסולין; והם שמנחים את מערכות הגוף כיצד להתמודד עם איומים חיצוניים. כ-90% מהשינויים הגנטיים (מוטציות) הגורמים למחלות בבני אדם מצויים באזורי בקרה אלה. לכן, הבנה מעמיקה של אופן פעולתם, ושל השיבושים הנגרמים להם, תסייע בפיתוח דרכי ריפוי ממוקדות – המותאמות אישית לכל חולה. 
מימין: ד"ר רוני בלכר, ד"ר זהר ברנט יצחקי, חמוטל בורנשטין וד"ר עידו עמית. היררכיה

 

גורמי הבקרה מתחלקים באופן היררכי לשלוש רמות פעילות. גורמי הרמה הגבוהה ביותר (למעלה) משפיעים על מצב החומר הגנטי, וכך קובעים את זהותו הבסיסית של התא. גורמי הרמה השנייה (במרכז) קובעים את רמות הביטוי של הגנים וכך מעצבים את תכונותיו של התא. גורמי הרמה השלישית (למטה) הם דינמיים יותר באופיים, ומפעילים גנים בתגובה למצבי סביבה משתנים
על אף חשיבותם הרבה, מנגנוני הפעילות של גורמי הבקרה עדיין אינם מובנים. כעת הצליח צוות מדענים, בראשותו של ד"ר עידו עמית מהמחלקה לאימונולוגיה במכון ויצמן למדע, בשיתוף עם מדענים ממכון Broad שבמסצ'וסטס, וביניהם מנואל גרבר וניר יוסף, וכן אביב רגב וניר פרידמן מהאוניברסיטה העברית, לפתח שיטה מתקדמת לסריקה ולמיפוי שלהם. ממצאי המחקר, שהתפרסמו בכתב- העת המדעי Molecular Cell, חושפים את עקרונות הפעולה של "קוד הבקרה" של הגנום: מתברר, שגורמי הבקרה פועלים באופן היררכי, כשהם מחולקים לשלוש דרגות. החוקרים מיפו את פעילותם של 50 גורמי בקרה, בנקודות זמן שונות, בתאי חיסון שנחשפו לנגיף, וכך, למעשה, הצליחו לרדת לפרטי הפרטים של המנגנונים המווסתים תגובה חיסונית מסוג זה.
"בימים אלה מתקיים מירוץ דומה בחשיבותו ובמורכבותו למיפוי גנום האדם - המאמץ להבין את השינויים הגנטיים באזורי הבקרה, ואת הקשר שלהם למחלות ולשונות בין בני אדם", אומר ד"ר עמית. "המירוץ הזה נתקל במכשול משמעותי: התהליך שאמצעותו ממפים מנגנוני בקרה כבר 30 שנה הוא מורכב, מסובך ואיטי, משום שהוא נעשה באופן ידני, דוגמה אחר דוגמה. לכן נעשו מחקרים כאלה רק על-ידי צוותי-ענק של מדענים. באמצעות השיטה החדשה הצלחנו – קומץ אנשים – לבצע מחקר בקנה- מידה זהה, אך בחלקיק הזמן". המטרה היא לזהות את החלבונים הנקשרים לרצפי הבקרה (הקרויים "גורמי שיעתוק"), ולקבוע איזה חלבון נקשר לאיזה רצף, באיזה תא, ובאיזה מצב. לשם כך מקובעים החלבונים לדי-אן-אי, ולאחר מכן הדי-אן-אי עובר פיענוח ("ריצוף") לצורך קביעת המיקום המדויק שבו נקשר החלבון לגנום. השיטה שפיתח ד"ר עמית משלבת אוטומציה מתקדמת ושיטות חישוביות, ומודדת במקביל כמות גדולה של חלבונים.
 
המדענים חשפו תאים מסוימים של המערכת החיסונית לחיידקים, ולאחר מכן עקבו אחר 50 חלבוני בקרה הידועים כחשובים לתגובה החיסונית, בארבע נקודות זמן שונות. כך עלה בידיהם לזהות את אתרי הקישור אליהם נקשרים חלבוני הבקרה, לקבוע אילו גנים הם מפעילים, באיזו רמה, ובאילו מנגנונים. בנוסף, הם גילו כי קיימת היררכיה בפעילותם של 50 החלבונים, וכי ניתן לסווג אותם לאחת משלוש רמות: הרמה הראשונה של גורמי בקרה היא הקובעת את זהותו הבסיסית של התא ואת מסלול ההתמיינות שלו. גורמים אלה מסוגלים לבדם לקבוע את תכונות התאים המרכיבים את רקמות השריר, את אלה היוצרים את מערכת העצבים, וכדומה. בעוד הרמה הראשונה של גורמי הבקרה יוצרת חלוקה גסה לזהויות בסיסיות של תאים, הרמה השנייה קובעת תת-זהויות, באמצעות ויסות עוצמת הביטוי של הגנים. כך נוצרים, לדוגמה, ההבדלים בין תאים שונים של מערכת החיסון, או בין תאי שריר חלק לבין תאי שריר משורטט. הרמה השלישית של הבקרה היא הספציפית ביותר, ומשפיעה על ביטויים של גנים מסוימים. ברמה זו נקבעת תגובת התאים לגורמים חיצוניים: פלישת חיידקים, איתות הורמונלי, רעב ועוד.
הבנת המבנה ההיררכי מאפשרת לחזות כיצד יתבטאו מחלות הנגרמות עקב פגמים בגורמי הבקרה. שיבושים בגורמי בקרה מהרמה השלישית עלולים לפגוע, לדוגמה, ביכולתו של הגוף להתמודד עם מחלות נגיפיות. שיבושים בגורמי הבקרה מהרמה הראשונה עשויים לגרום לוקמיה, משום שבמחלה זאת נפגעים מסלולי ההתמיינות של תאי הדם. בנוסף, בהבנה מעמיקה של תוכנית הבקרה טמון גם פוטנציאל בתחום הרפואה השיקומית, שכן היא מאפשרת לגרום להתמיינות מחודשת של תאים באמצעות גורמי הבקרה המתאימים. חולים הזקוקיםלהשתלת תאים מסוג מסוים יוכלו להשתמש בתאים שלהם-עצמם לאחר שימוינו מחדש, וכך להתגבר על הקושי שבמציאת תורם מתאים.
 
 
ד"ר עמית: "השיטה החדשה למיפוי תוכנית הבקרה הגנטית פותחת אפיקים חדשים למדידת תהליכים ביולוגיים ולהבנה עמוקה שלהם, וכך תסייע להבין את השיבושים המתרחשים במחלות שונות. דוגמה לכך היא מחלת הלוקמיה, אשר קשורה בגורמי בקרה כאלה. תהליכי מחלה זו נחקרים על-ידי בימים אלה, בשיתוף עם פרופ' שי יזרעאלי מהמרכז הרפואי בתל השומר". 
 

אישי

עידו עמית גדל בקיבוץ יזרעאל, וכבר מילדותו הסתקרן לדעת כיצד פועלות מכונות ביולוגיות, וכיצד אפשר לתקן ולשפר אותן. הסקרנות הזו הובילה אותו ללמוד מדעי החיים: את התואר הראשון והשני עשה באוניברסיטת בר-אילן, ואת התואר השלישי במכון ויצמן למדע, בהדרכתו של פרופ' יוסף ירדן, במחלקה לבקרה ביולוגית. לאחר מכן יצא למחקר בתר-דוקטוריאלי במכון Broad של המכון הטכנולוגי של מסצ'וסטס (MIT) ושל אוניברסיטת הרווארד. בשנת 2011 הצטרף לסגל המחלקה לאימונולוגיה במכון ויצמן למדע, שם הוא חוקר את מערכת החיסון מזווית גנומית ומערכתית.
 
עידו עמית מתגורר במכון עם אשתו דנה ועם שלושת ילדיו: עומרי בן 13, יונתן בן 9, ועלמה בת שנה. בזמנו הפנוי הוא רוכב על אופני כביש ושטח.
 
מימין: ד"ר רוני בלכר, ד"ר זהר ברנט יצחקי, חמוטל בורנשטין וד"ר עידו עמית. היררכיה
מדעי החיים
עברית

עמודים